Uno de los objetivos de los liberales era impulsar la economía a través de la desamortización de los bienes eclesiásticos y de las comunidades indígenas, bienes que se consideraban en "manos muertas" porque estaban sustraídos del mercado, de la libre compra-venta. Los liberales creían que si esas tierras y bienes se introducían al mercado impulsarían fuertemente la economía nacional y darían lugar a la formación de una clase media agraria. Derrotada la fuerza conservadora, los liberales procedieron a impulsar esas reformas. En Chihuahua, el gobernador Terrazas publicó el decreto de 25 de enero de 1861 que autorizaba y fijaba las reglas para esas ventas. En el decreto se establecía que el producto de las ventas ingresaría a la tesorería estatal, hecho que contradecía a la ley general del 5 de febrero siguiente. Esta contradicción mostraba que aún no se resolvían del todo las relaciones entre el gobierno general y los gobiernos locales. Seguía vigente la fragilidad de la estructuración política nacional. Terrazas también vendió terrenos baldíos y dispuso de diversas rentas federales, todo ello en contra de disposiciones del presidente Benito Juárez.
Pero Terrazas impulsó las reformas. Repitió la publicación de las Leyes de Reforma, instauró el registro civil en abril de 1861 y extinguió las diputaciones territoriales de minería, que fueron sustituidas por los jueces de primera instancia. Terrazas resultó triunfador en las elecciones para concluir el periodo 1861-1865.
El proceso de desamortización de los bienes de la Iglesia y la consolidación de Terrazas pasaron a segundo plano ante la invasión francesa. Provocada inicialmente por la falta de pago de la deuda externa, decretada por Juárez a mediados de 1861, la aventura francesa en México tuvo que ver también con el proyecto de varios políticos mexicanos, quienes seguían creyendo que el país requería un gobierno centralista y conservador. Por eso convencieron a Maximiliano. A mediados de 1863 la capital fue tomada por los franceses, por lo que el gobierno juarista se retiró hacia el norte, en un viaje que culminaría el 12 de octubre de 1864, cuando llegó a la ciudad de Chihuahua. Allí permaneció casi dos años. En un principio, la relación entre Juárez y Terrazas no fue del todo cordial. El problema de las rentas federales subyacía en esa mala relación. Por ello, el gobierno juarista se deshizo de Terrazas e impuso a Ángel Trías como gobernador en junio de 1864, Terrazas intentó resistir por la fuerza, pero finalmente cedió. Juárez vivió en la ciudad de Chihuahua durante varios meses, hasta que en agosto de 1865, alarmado por el avance de las tropas francesas, se retiró hacia. Paso del Norte. Los franceses tomaron la capital del estado en agosto, pero nunca se atrevieron a incursionar más allá. Sin duda la cercanía de Juárez con el gobierno norteamericano inhibió semejante maniobra militar. En noviembre Juárez regresó a Chihuahua, pero en diciembre de 1865 nuevamente se refugió en Paso del Norte. Allí duró hasta junio de 1866, una vez que las fuerzas juaristas recuperaron la capital del estado.
En las elecciones de 1865 los chihuahuenses votaron nuevamente por Terrazas, que resultó electo para el periodo 1865-1869. En este tiempo, Terrazas mostró gran lealtad al gobierno juarista, participando incluso en la organización de fuerzas armadas y en su dirección. Así se explica que Juárez lo haya ascendido a general en diciembre de 1865 y que le haya conferido el cargo de jefe de las tropas republicanas que actuaban en Chihuahua. Los malos momentos entre los dos habían quedado atrás.
Derrotada la fracción conservadora, sin un clero poderoso y sin comunidades indígenas situadas en lugares o áreas estratégicas, la desamortización en Chihuahua se llevó a cabo de manera más bien pacífica. Almada ha calculado que en estos años se vendieron más de 160 fincas urbanas y rústicas que produjeron unos 400 000 pesos al erario local. Sin embargo, el traslado de estas propiedades a particulares redundó en el acaparamiento y en la concentración de la riqueza. Los terracistas sacaron grandes beneficios de esta enajenación de bienes eclesiásticos. El mismo Almada ha documentado la manera como los miembros del grupo político en el poder adquirieron gran número de propiedades provenientes de la desamortización. Terrazas, por ejemplo, adquirió buena parte de la hacienda de Encinillas —aquella que arrendaba Trías— así como terrenos en los distritos de Galeana y de la capital del estado. Cuilty, Cordero, Zuloaga y otros también entraron al reparto de esa riqueza.
El gran beneficiario de la lucha contra la intervención francesa y el imperio de Maximiliano fue Luis Terrazas. Con el prestigio obtenido por sus servicios en favor de la república y con el cercano apoyo del presidente Juárez, Terrazas y su grupo mostraban una solvente hegemonía política a lo largo y ancho del estado. Terrazas tenía apenas 38 años; en cambio, Ángel, el gran personaje de la generación anterior, fallecía en agosto de 1867. En 1869 el general Terrazas resultaba ganador una vez más de las elecciones para la gubernatura, en este caso para el cuatrienio que concluía en 1873.
Para entonces, las propiedades ganaderas del general Terrazas ya alcanzaban la respetable cifra de 112 000 hectáreas; pero en una sola operación, realizada en 1868, adquirió 386 000 hectáreas más en la famosa y antigua hacienda de Encinillas, un predio que el año anterior había sido confiscado a la familia Martínez del Río por su apoyo al imperio de Maximiliano. Su vocación por la ganadería de gran escala conocía sus primeros éxitos, a pesar de los reiterados ataques de los apaches. Sin duda, en Chihuahua los avatares de la guerra apache en estos años no pueden entenderse sin considerar con todo cuidado el hecho de que el general Terrazas era uno de los ganaderos más poderosos y al mismo tiempo gobernador del estado. Dicho de otro modo, que lo público y lo privado coincidían en la lucha contra los nómadas. No parece coincidencia que un pariente de Terrazas, el coronel Joaquín de ese apellido, fuera el gran líder en el combate a los nómadas en este tiempo.
A partir de 1871 Terrazas comenzó a diversificar sus inversiones. En ese año adquirió acciones de una fábrica textil ubicada en las afueras de la capital del estado; en 1874 adquirió un molino de trigo. En 1879 incursionó en el negocio bancario al constituir el Banco Mexicano, junto con Antonio Asúnsolo, Luis Faudoa, Félix F. Maceyra y Miguel Salas. Terrazas, había contraído matrimonio en febrero de 1852 con Carolina Cuilty, matrimonio del que surgieron 14 hijos. En la década de 1870 estos hijos comenzaron a casarse y con ello se crearon relaciones de parentesco que dieron nuevos bríos al imperio económico terracista.
Terrazas era incondicional juarista. Apoyaba las reelecciones del presidente Juárez, tal vez porque Juárez apoyaba las suyas. En 1871, cuando Porfirio Díaz se alzó enarbolando el Plan de la Noria y la no reelección de gobernadores y presidentes, Terrazas encabezó las tropas para aplastar a los rebeldes. Desde diciembre de 1871 varios grupos se alzaron en Urique y Batopilas, y a mediados de 1872, casi coincidiendo con la muerte del presidente Juárez, las tropas rebeldes del general porfirista Donato Guerra derrotaban a Terrazas en la hacienda de Tabalaopa y tomaban la capital del estado. Pero la derrota de los porfiristas en otros lados del país debilitó su triunfo local. En septiembre de 1872 Guerra llegaba a un acuerdo con Terrazas para abandonar el estado. Sin embargo, el mismísimo Porfirio Díaz se apareció en Chihuahua huyendo de las tropas federales. Díaz intentó disuadir a Donato Guerra de su acuerdo con Terrazas, pero el 10 de octubre el rebelde oaxaqueño no tuvo más opción que rendirse a las fuerzas del gobernador Terrazas.
Sofocada la rebelión de Díaz, Terrazas entregó el poder al nuevo gobernador, el abogado Antonio Ochoa, elegido para el cuatrienio 1873-1877. En este periodo, de relativa tranquilidad, la economía local inició un tímido repunte; llegaron algunas inversiones extranjeras a la minería; se iniciaron las explotaciones de las salinas de Jaco y Palomas; los servicios de diligencias unían de manera regular los distintos puntos del estado e incluso con San Antonio, Texas. Se emitieron iniciativas para fomentar la educación obligatoria, y en abril de 1876 las primeras líneas de telégrafo comunicaron a la capital del estado con Rosales; en agosto de 1877 las líneas unieron a la ciudad de Chihuahua con la capital de la república. Cuatro años después se instalaba la primera línea telefónica que no por coincidencia comunicaba la oficina del Banco Mexicano (uno de cuyos dueños era Terrazas) con la Casa de Moneda.
Este periodo de relativa tranquilidad y prosperidad se vio súbitamente interrumpido por la rebelión provocada una vez más por Porfirio Díaz, quien se oponía a la reelección del presidente Sebastián Lerdo de Tejada. En junio de 1876 el hijo de Ángel Trías, del mismo nombre, se levantó en armas y sus fuerzas rápidamente tomaron control del gobierno estatal. En agosto, el general Terrazas, mostrando su lealtad con el gobierno supremo, salió a combatir a los porfiristas. En septiembre las fuerzas leales, incluidas las de Terrazas, derrotaron a los rebeldes que se hallaban sitiados en la ciudad de Chihuahua. Una de las víctimas de esa batalla fue el general Donato Guerra, el porfirista que había pactado la paz con Terrazas en 1872. De nuevo, el terracismo imponía su dominio en Chihuahua. Pero las cosas en el resto del país no le favorecían. Todavía a la caída de Lerdo de Tejada el gobierno local reconoció al abogado Iglesias, y más aún el 7 de febrero de 1877, casi dos meses después de que Díaz había tomado la presidencia, los combates proseguían en Chihuahua. Fue necesario enviar una columna al mando del general Juan B. Caamaño para someter al estado dominado por los terracistas, que logró sin problemas. El 6 de febrero de 1877 se iniciaba la época porfiriana; para Terrazas significaba una grave derrota. Un antiguo amigo suyo, el abogado José Eligio Muñoz, fue nombrado gobernador del estado por el presidente Díaz.
