A principios de 1590 el virrey marqu�s de Villamanrique, en informe a su sucesor, Luis de Velasco, segundo, le explic� que en el territorio chichimeca "dej� ordenado que en siete poblaciones que se van haciendo en Galicia, en el Valle de San Luis, y en el de Mexquitic, y San Francisco, Las Charcas, Tequaltiche, Tealtenango, San Andr�s y otras partes, se les diesen algunos indios amigos y ma�z y diez yuntas de bueyes y un espa�ol con sueldo de soldado para que les mostrase a cultivar y arar la tierra y fuesen cogiendo su fruto y aficion�ndose a la cultura y vida pol�tica".
Con la llegada de los tlaxcaltecas en 1591, la poblaci�n —originalmente guachichil— del puesto de San Luis aument�. Estaban asentados junto a la ermita de la Santa Veracruz, en lo que hoy ocupa la plaza de los Fundadores y los antiguos colegio y templo de la Compa��a, en la ciudad de San Luis Potos�.
Las minas del cerro de San Pedro del Potos� se descubrieron en marzo de 1592, por noticias dadas por los ind�genas al capit�n Miguel Caldera, alcalde de la villa de Jerez. Sus descubridores fueron Pedro de Anda, Pedro Benito, Pedro G�mez de Butr�n y Pedro Su�rez, residentes de San Miguel Mexquitic.
La plata encontrada mostraba mezclas de oro, raz�n por la que se le calific�, desde un principio, como un descubrimiento de importancia.
La falta de agua en el cerro de San Pedro imposibilit� los asentamientos y el beneficio de los metales. A corta distancia se encontraba el puesto de San Luis, habitado por guachichiles y tlaxcaltecas, donde abundaba el agua. Por la prohibici�n expresa de asentarse junto a los ind�genas, los espa�oles comenzaron a establecerse en lo que despu�s fue Tlaxcalilla. Caldera intervino y los ind�genas dejaron que los espa�oles se asentaran en el puesto de San Luis y ellos poblaron Tlaxcalilla.
La fundaci�n legal del pueblo de San Luis Potos� se hizo el 3 de noviembre de 1592, de acuerdo con el acta de fundaci�n levantada por comisi�n que el virrey Luis de Velasco dio a Miguel Caldera y Juan de O�ate, alcalde mayor de las minas del Potos� (Cerro de San Pedro), en los siguientes t�rminos:
Se�alen parte c�moda para hacer la poblaz�n que se ha de hacer para los mineros de las dichas minas de Potos�, y adonde puedan con m�s comodidad los dichos mineros asentar y beneficiar sus minas, han conferido y tratado d�nde se podr� hacer el dicho pueblo, que est� sin perjuicio de los indios naturales, con los cuales se ha tratado y comunicado, y ellos han sido y son de parecer que se haga la dicha poblaz�n en el pueblo de San Luis, y ans� les ha parecido por la comunicaci�n que los naturales tern�n con los espa�oles; y para que se ponga en ejecuci�n y se haga la dicha poblaz�n, visto el consentimiento y ser con voluntad de los dichos naturales han acordado de hacer e fundar la dicha poblaz�n en el pueblo que se dice de San Luis.
Juan de O�ate, como alcalde mayor, hizo la traza del pueblo y el reparto de solares —terminado el 6 de abril de 1593— para viviendas, haciendas de beneficio, casas reales y la iglesia mayor.
Juan L�pez del Riego fue nombrado alcalde mayor de las minas que llaman del Potos�, de San Luis de la Paz y su partido, en octubre de 1593. El virrey Luis de Velasco le encomend� amparar a los indios y cuidar especialmente del cumplimiento de las ordenanzas de minas; por ello y en obediencia de un mandato virreinal sobre la manifestaci�n del oro, pidi� a los mineros manifestar la plata con oro que hubiesen rescatado. Por �l sabemos que hab�a cinco haciendas de beneficio pobladas, pr�ximas a concluirse dos m�s y que adem�s de las minas ya registradas se labraban las de Santiago, San Antonio, la Cueva de Juan de la Torre, otra que tambi�n se dec�a la Cueva y la del Rosario.
Entre los primeros vecinos de San Luis encontramos fundamentalmente mercaderes y mineros, adem�s de los funcionarios reales y los miembros del clero secular y los frailes de la orden de San Francisco.
La jurisdicci�n eclesi�stica del pueblo de San Luis qued� bajo el obispado de Michoac�n. Es probable que haya habido disputas con el obispado de Guadalajara por cuesti�n de l�mites, pero ya para mayo de 1602 San Luis se reconoce como jurisdicci�n de Michoac�n. La primera iglesia parroquial era provisional, y en 1596 los vecinos trataron de hacerla grande y s�lida, en correspondencia con la riqueza circundante. El minero Juan de Zavala contrat� la obra con Juan de Butrago, oficial de alba�il que se comprometi� a entregarla en a�o y medio a partir del d�a primero de 1597. Butrago muri� en 1606 sin haber terminado la iglesia. La cubierta y la obra de enmaderamiento la contrataron los diputados del pueblo Antonio de Espinosa y Miguel Maldonado con Francisco Gilbiera, maestro de ensamblaje y lazo, vecino de la ciudad de M�xico, quien se comprometi� a terminarla para mediados de 1609.
A finales de 1593 Juan L�pez Pallares descubri� las minas de Sierra de Pinos; para febrero de 1594, Antonio Rodr�guez, encargado por Juan L�pez del Riego de administrar justicia en las nuevas minas y su comarca, tomar posesi�n de ellas en nombre del rey y dar el asiento correspondiente, puso asiento en el Real de Nuestra Se�ora de la Concepci�n del Cuzco y minas de Sierra de Pinos; se�al� la plaza el sitio de la iglesia y los solares para los primeros vecinos. Los metales eran secos y de fundici�n y no se lograba beneficiarlos m�s que lig�ndolos con los plomosos del Cerro de San Pedro. La minas fueron dif�ciles de labrar y al principio dieron poca plata, por lo que las descuid� el alcalde mayor de San Luis y propici� que la Audiencia de Guadalajara tomara posesi�n de ellas y enviara alcalde mayor para administrarlas.
En los primeros meses de 1597, el alcalde mayor Luis Valderrama Saavedra hizo merced a unos indios mexicanos, que viv�an en Tlaxcalilla, de unas tierras junto al convento de San Francisco. Este pueblo, con sus barrios de San Miguel, San Francisco y la Sant�sima Trinidad, formaron lo que hoy conocemos como San Miguelito, en la ciudad de San Luis Potos�.
En esos primeros a�os hubo muchas mercedes de tierras a los vecinos y reci�n llegados. El administrador de justicia de las nuevas poblaciones ten�a a su cargo la provisi�n de carne y ma�z que por cuenta de la Real Caja se daba a los nuevos pobladores.
Leonel de Cervantes, alcalde mayor de San Luis en 1599, empez� la construcci�n de las Casas Reales y de la c�rcel, para lo que impuso contribuci�n de medio real sobre cada carga de ma�z y harina que entrara al pueblo. En ese mismo a�o llegaron los agustinos a San Luis, y a pesar de las contradicciones de los franciscanos, lograron obtener el permiso virreinal en 1603. Los agustinos eran ministros en lengua tarasca y tarascos eran los fundadores del pueblo de San Miguel de la Sant�sima Trinidad; tarascos los de Santiago y probablemente los de San Sebasti�n. Hab�an venido a San Luis porque conoc�an el laboreo de las minas y porque la poblaci�n guachichil hab�a descendido r�pidamente. De acuerdo con la provisi�n del virrey, se acord� que como el pueblo estaba dividido en seis cuadras y eran tres las iglesias edificadas, se repartiera de modo que cada una llevase lo correspondiente a su cercan�a y su derecera.
