Uno de los acontecimientos más trascendentes ocurridos entre 1700 y 1767 en la gobernación de Sinaloa y Sonora fue lo que llamamos la crisis del sistema misional, o sea, una serie de transformaciones en la organización de las comunidades de misión que, unidas a otros cambios en las relaciones entre los misioneros y el sector de los colonos, dieron como resultado la progresiva desaparición del sistema de misiones a partir de 1767. El conflicto surgido entre los misioneros y los colonos por causa de los trabajadores indígenas de repartimiento porque no eran suficientes para atender todas las unidades productivas, tanto las misionales como las de los colonos, creció y se agravó en la primera mitad del siglo XVIII
y acabó por provocar la ruina del sistema misional.
En esta época la caída de la población indígena llegó a su punto mínimo aunque tuvo una ligera recuperación hacia 1760; por su parte, la población de colonos creció de manera sostenida. Estos cambios en la población significaron que hubiera menos trabajadores indígenas disponibles, más minas en operación y más consumidores de alimentos en los reales mineros; las misiones, entonces, debían producir mayor cantidad de granos con menos trabajadores. Para resolver el problema, decidieron que los indios trabajaran cuatro días a la semana en los campos de la misión y sólo dos en sus parcelas familiares. Así mitigaron sus dificultades pero provocaron la inconformidad de los indios. A todo esto hay que agregar que otra carga pesaba sobre las misiones de Sinaloa, Ostimuri y Sonora, la del abastecimiento de la Baja California. En efecto, en el año de 1697, los jesuitas iniciaron la evangelización de los indígenas peninsulares, pero como en Baja California no fue posible el cultivo de la tierra, los productos agrícolas se enviaban desde el continente, a costa de las comunidades de los ríos Yaqui, Mayo y Fuerte, principalmente.
En el sector de los colonos la inconformidad también crecía por los mismos motivos que en el periodo anterior, es decir, por las dificultades para obtener operarios indígenas que laboraran en las minas. Entre 1700 y 1767 hubo también colonos que quisieron establecer ranchos agrícolas y ganaderos, pero los misioneros los frenaron. Por una parte, disponían de las mejores tierras y del agua para riego en cada comarca y, además, estorbaban a los colonos que querían establecer su rancho cerca de las misiones, o bien los hacía retirarse alegando que las tierras eran de la misión o llevaban a aquel sitio su ganado con el fin de impedir la labranza de la tierra.
En el año de 1722, los principales vecinos de Sonora y Ostimuri, junto con sus autoridades, celebraron una reunión en el real de San Juan Bautista de Sonora para examinar la situación de las provincias y proponer soluciones a sus problemas. Los congregados consideraron que los misioneros jesuitas eran responsables de que los indios no trabajaran con los colonos y de que las minas estuvieran paralizadas. La solución que propusieron fue la secularización de las misiones, es decir, el retiro de los jesuitas y la transformación de los pueblos en parroquias, la distribución de las tierras de las misiones entre indios y colonos y la libertad de los indios para trabajar con quien quisieran. Por estas fechas el conflicto estaba claramente definido y los colonos presionaban a las autoridades para resolverlo conforme a sus intereses, cosa aún muy difícil, dado el poder económico de las misiones y el considerable peso político de la Compañía de Jesús en el noroeste, en México y en Madrid. Es preciso aclarar que esta crisis afectó a las misiones de las provincias de Sinaloa, Ostimuri y Sonora y no a las de Culiacán, porque allí las circunstancias fueron diferentes; como ya lo hemos indicado, las misiones de Culiacán no tenían una población considerable, ni aportaban tapisques ni producían de alimentos.