El movimiento pol�tico y social al que Sinaloa se adhiri� en septiembre de 1855 fue llamado de Reforma, o la revoluci�n liberal, porque efectivamente ambos t�rminos se ajustaban a los preceptos pol�ticos enunciados por los insurrectos. La Reforma modific� profundamente la organizaci�n de la sociedad mexicana e imprimi� una nueva orientaci�n a la econom�a nacional. Fue una revoluci�n liberal porque fueron tales principios los que delinearon su proyecto de naci�n. Durante el periodo que llamamos la Reforma y el Segundo Imperio (1854-1867), la revoluci�n liberal apenas se iniciaba, pues lo m�s importante que se consigui� fue neutralizar las fuerzas sociales que se opon�an al cambio, luego de dos guerras cruentas y devastadoras.
La revoluci�n liberal surgi� de las condiciones econ�micas y sociales del centro del pa�s. A grandes rasgos podemos describirla como la violenta confrontaci�n entre dos sectores del grupo dominante: los conservadores, integrado por los grandes propietarios, la jerarqu�a eclesi�stica y los militares de alto rango, quienes detentaban privilegios heredados de la �poca colonial: y los liberal o progresistas, los peque�os propietarios, profesionistas e intelectuales que surgieron de los estratos medios de la sociedad.
Las dos facciones en pugna ten�an su propio proyecto de naci�n. Los conservadores, adem�s de mantener sus privilegios, pretend�an lograr el desarrollo del pa�s principalmente por medio de la industrializaci�n. En las circunstancias del momento, este proyecto era muy dif�cil de realizar porque M�xico carec�a de tecnolog�a industrial, de cr�dito y de la infraestructura necesaria para la econom�a de mercado, como por ejemplo las comunicaciones; en efecto, el pa�s no ten�a medios de transporte expeditos y esto le imped�a formar un mercado nacional. Del mismo modo, en el mercado internacional ser�a muy dif�cil la competencia con las potencias capitalistas.
El proyecto impulsado por los liberales preve�a la implantaci�n de instituciones democr�ticas y conseguir el crecimiento econ�mico por medio de la adecuaci�n de la econom�a nacional a las exigencias del mercado internacional que, en esos momentos, demandaba a los pa�ses no industrializados que produjeran y exportaran las materias primas para la industria capitalista, as� como que abrieran sus fronteras a la importaci�n de manufacturas y a las inversiones directas de capitales extranjeros. Este proyecto era factible y, de hecho, los notables del noroeste ya hab�an dado grandes pasos en ese sentido; sin embargo, conduc�a a la econom�a nacional a una dependencia cada vez mayor de las naciones industrializadas, como tambi�n ya se hab�a constatado en Sinaloa. Ambos proyectos econ�micos, m�s que excluyentes, pudieron haber sido compatibles si las circunstancias de confrontaci�n no hubieran radicalizado las posiciones. Coincid�an en mantener sujeta y sin participaci�n pol�tica a la mayor parte de la poblaci�n. El discurso de los liberales proclamaba los derechos individuales y la igualdad de todos los ciudadanos, pero en realidad no se entend�a que fuera para todos los mexicanos, contradicci�n que mostr� el partido liberal a la hora de aplicar su proyecto.
Al triunfo de la revoluci�n liberal, el general Juan �lvarez asumi� la presidencia de la rep�blica y nombr� un gabinete integrado por pol�ticos de una nueva generaci�n que ostentaban una ideolog�a liberal. Se inici� entonces la aplicaci�n del programa pol�tico contenido en el Plan de Ayutla que, a la larga, llevar�a a la reforma profunda y general de la naci�n. �lvarez tambi�n orden� la renovaci�n de los poderes estatales para eliminar a los antiguos santanistas de los puestos de gobierno. En Sinaloa, el general Blanco dej� la gubernatura y la asumi� Pomposo Verdugo (18 de octubre de 1855), quien a pesar de ser uno de los notables de Culiac�n, nada pudo hacer para devolver a su grupo el control de los poderes locales. A este gobierno correspondi� expedir el estatuto org�nico del estado de Sinaloa (3 de enero de 1856) que deb�a regir la vida pol�tica del estado mientras se elaboraba la nueva constituci�n que anunciaba el plan de Ayutla. Pomposo Verdugo tambi�n dispuso la celebraci�n de elecciones para designar a los diputados que representar�an a Sinaloa en el Congreso constituyente, que fueron Mariano Y��ez, Ignacio Ram�rez y Antonio Mart�nez de Castro; asimismo, traslad� la capital del estado a Culiac�n. En los dos a�os que dur� su periodo, hubo muchas rebeliones militares en contra de su r�gimen o del gobierno de la Rep�blica, adem�s de los motines que segu�an provocando los comerciantes de Mazatl�n.
En el lapso que dur� el gobierno preconstitucional de los liberales de Ayutla (2 de octubre de 1855 a 5 de febrero de 1857), algunos de los ministros del gabinete expidieron cuatro leyes que iniciaron la reforma de la sociedad, pero tambi�n la confrontaci�n entre conservadores y liberales: la Ley Ju�rez (23 de noviembre de 1855), que abol�a los tribunales especiales para impartir justicia en la naci�n, exceptuando a los eclesi�sticos y a los militares; la Ley Lerdo (25 de junio de 1856), que dispon�a la desamortizaci�n de los bienes inmuebles de las corporaciones religiosas y civiles; la Ley del Registro Civil (27 de enero de 1857) y la Ley sobre Cementerios (30 de enero de 1857), a la que se a�adi� la Ley Iglesias, sobre el pago de derechos parroquiales (11 de abril de 1857). Estas leyes limitaban ciertos derechos que las instituciones eclesi�sticas hab�an ejercido por siglos, sobre todo la Ley Lerdo, que obligaba a las corporaciones religiosas a deshacerse de sus bienes ra�ces, excepto los necesarios para el ejercicio del culto, por medio de su venta a las personas a quienes estaban arrendadas, fueran casas en las ciudades o ranchos en el campo. La aplicaci�n de la Ley Lerdo en Sinaloa afect� m�s a la comunidades ind�genas que a las corporaciones religiosas, porque eran muy pocos los bienes de las instituciones eclesi�sticas y muchas las tierras comunales de los indios mayos en el norte del estado, los cuales fueron obligados a repartirlos en forma de propiedad privada. La desamortizaci�n de las tierras comunales no era cosa nueva en Sinaloa, ya que se ven�a practicando desde 90 a�os antes, pero las leyes reformadoras aceleraron la p�rdida.
En ciertas regiones del pa�s, como las del altiplano, las leyes reformadoras afectaron a las comunidades religiosas porque pose�an muchos bienes ra�ces y ejerc�an una influencia pol�tica considerable, as� que la confrontaci�n entre liberales y conservadores se anunciaba como violenta. En cambio, en lugares como Sinaloa el enfrentamiento pudo haber sido menor, porque aqu� las circunstancias eran diferentes y ya se estaban aplicando los principios liberales desde tiempo atr�s, como lo podemos ver en la privatizaci�n de las tierras comunales de los indios y en la adecuaci�n de los notables a las exigencias de los comerciantes extranjeros; sin embargo, fue el aspecto religioso el que vino a encender los �nimos al publicarse la nueva constituci�n liberal. En efecto, la constituci�n, que fue promulgada el 5 de febrero de 1857, conten�a las leyes reformadoras y otras m�s que limitaban la participaci�n pol�tica del clero. Los obispos consideraron que la ley era antirreligiosa y declararon que incurrir�a en excomuni�n el cat�lico que la jurara; en realidad, la constituci�n afectaba privilegios de los altos jerarcas de la Iglesia cat�lica, pero no lesionaba los sentimientos religiosos del pueblo creyente.
El obispo de Sonora, don Pedro Loza y Pardav�, con residencia en Culiac�n, sigui� el acuerdo de los dem�s prelados mexicanos y prohibi� a los cat�licos que juraran la constituci�n bajo pena de excomuni�n. Este hecho provoc� la escisi�n en la sociedad, porque muchos sinaloenses eran creyentes y respetuosos de la voz de su obispo y se enfrentaban a esta aparente contradicci�n; aparente porque en la realidad no hubo esa violencia en contra de la religiosidad del pueblo que los obispos condenaron. El 19 de abril de 1857 jur� la constituci�n en Culiac�n el gobernador interino Miguel Ram�rez, porque Pomposo Verdugo pidi� licencia temporal para separarse del cargo y librarse de la obligaci�n de jurar la nueva ley. En el partido de El Fuerte, el prefecto Francisco Camilo Orrantia se neg� a jurarla por lo que en su lugar lo hicieran los milicianos de la localidad. En Mazatl�n se realiz� con grandes muestras de regocijo, pero en la mayor parte de las ciudades sinaloenses, aunque se verific� el juramento, muchos de los funcionarios del estado y de las municipalidades se abstuvieron de participar. Sin duda, esta conmoci�n religiosa del pueblo influy� en la guerra intestina que sobrevino a causa de la reforma liberal.
Pomposo Verdugo reasumi� la gubernatura en junio de 1857, tan s�lo para convocar a elecciones de diputados al Congreso constituyente que habr�a de adecuar la Constituci�n de Sinaloa a la nueva constituci�n nacional y tambi�n para la elecci�n de gobernador del estado. Efectuados los comicios, resultaron electos el general Jos� Mar�a Y��ez y Leonardo Ibarra como gobernador y vicegobernador. Y��ez, quien era comandante militar del estado, asumi� la gubernatura y traslad� la capital a Mazatl�n, donde tuvo el m�s amplio apoyo de los comerciantes extranjeros porque pensaban que ser�a su colaborador, como lo hab�an sido los anteriores comandantes del ej�rcito federal. Pero la gubernatura de Y��ez result� muy breve; lo �nico que hizo en Sinaloa fue sumarse al Plan de Tacubaya (17 de diciembre de 1857) por el cual los conservadores de la capital desconocieron la Constituci�n de 1857 e iniciaron la confrontaci�n militar con los liberales. El general Y��ez fue llamado a M�xico por sus superiores en febrero de 1858, pero dej� Sinaloa adherida al bando conservador, pues logr� que los militares, un buen n�mero de pol�ticos, la mayor parte de los diputados constituyentes y los notables apoyaran el golpe de Tacubaya.
El general Pedro Espejo sustituy� en la gubernatura a Jos� Mar�a Y��ez y, al parecer, recibi� un estado tranquilo; sin embargo, los liberales preparaban una insurrecci�n en favor del r�gimen constitucional, encabezados por Pl�cido Vega, miliciano radicado en El Fuerte. Como carec�an de tropa y equipo militar, los conspiradores recurrieron al gobernador de Sonora, el general Ignacio Pesqueira, y cuando �ste les asegur� su respaldo proclamaron, el 19 de agosto de 1858, el Plan de El Fuerte, que ped�a la restauraci�n de la Constituci�n de 1857 y el reconocimiento de Benito Ju�rez como leg�timo presidente de la Rep�blica. Eran unos cuantos los sinaloenses levantados en armas, pero Pesqueira envi� al coronel Jes�s Garc�a Morales con 400 soldados y algunas piezas de artiller�a. Sinaloenses y sonorenses se reunieron en la villa de Sinaloa donde formaron la "brigada de occidente", que qued� al mando de Garc�a Morales (15 de octubre de 1858).
El general Manuel Arteaga, al frente de las fuerzas del gobierno, sali� de Mazatl�n para batir a los sublevados pero fue derrotado en La Noria, punto situado entre Mocorito y Culiac�n. Arteaga huy� por Altata para refugiarse en Mazatl�n al tiempo que los constitucionalistas entraban en Culiac�n (19 de noviembre de 1858). Aparecieron otras guerrillas liberales, como la de Fortino Le�n, en Concordia, que hostilizaban a la capital del estado (que se encontraba en Mazatl�n).
A fines de 1858, Mazatl�n era la principal plaza que ocupaban los golpistas de Tacubaya, y el general Pesqueira decidi� dar contra ella el asalto definitivo. �l mismo se puso al frente de la reorganizada brigada de occidente, que en esos momentos contaba con 2 000 hombres de las tres armas con 20 piezas de artiller�a. Ese d�a, 4 de enero de 1859, Pesqueira fue aclamado como comandante militar y gobernador del estado de Sinaloa. Las fuerzas liberales no pudieron tomar Mazatl�n y se retiraron a Cosal� donde recibieron la adhesi�n del general Esteban Coronado, quien ven�a de Durango al frente de un destacamento de constitucionalistas. El general Arteaga, al frente de las tropas del gobierno, quiso sorprender a los liberales y sali� precipitadamente contra ellos; los ej�rcitos chocaron en Los Mimbres (15 de marzo de 1859), donde Arteaga fue de nuevo derrotado y se repleg� a Mazatl�n. Pesqueira avanz� sobre la capital, al mismo tiempo que parte de sus tropas ocupaban las ciudades del sur del estado. Tras un breve sitio, Mazatl�n cay� en manos de los constitucionalistas (3 de abril de 1859), mientras los jefes conservadores hu�an protegidos por la marina inglesa.
El gobernador Ignacio Pesqueira emple� dos meses en reorganizar la brigada de occidente con objeto de que operara en el vecino territorio de Tepic, donde fuerzas conservadoras amenazaban la regi�n sur del estado. Luego convoc� a elecciones para gobernador y legisladores con la intenci�n de regularizar la situaci�n pol�tica del estado, nombr� a Pl�cido Vega como depositario del poder Ejecutivo para que concluyera las acciones iniciadas y volvi� a Sonora el 4 de junio de 1859.