La insurrecci�n de Miguel Hidalgo tom� por sorpresa a las autoridades de la intendencia de Zacatecas, quienes estaban incapacitadas para evitar su propagaci�n y moderar el descontento de un amplio sector de la poblaci�n. Las gestiones del intendente para organizar la resistencia fueron in�tiles. Al estallar la insurrecci�n, los criollos que representaban los intereses americanos se enfrentaron a los peninsulares aliados a un sector criollo que defend�a tambi�n los intereses de Espa�a y cuya impotencia para enfrentar la rebeli�n los oblig� a abandonar la provincia. Debido a esto, los criollos desplazados del ayuntamiento en 1809 pudieron recuperarlo y crear as� un gobierno aut�nomo de la Corona y de la insurgencia; la finalidad primordial era evitar una guerra sangrienta en Zacatecas, como la ocurrida en Guanajuato. Asimismo, se pretend�a salvaguardar la planta productiva, clave para la estabilidad social y la recuperaci�n econ�mica.
Al frente de este gobierno aut�nomo qued� el conde de Santiago de la Laguna, cuyo principal m�rito fue impedir el colapso de la econom�a zacatecana otorgando garant�as a las vidas y propiedades de todos los habitantes, incluso las de los espa�oles. Antes de que los rebeldes tocaran el territorio de la provincia, el conde entabl� conversaciones con ellos y mantuvo controlada a la poblaci�n, la cual le otorg� su respaldo.
La insurgencia entr� en Zacatecas a principios de octubre de 1810 por diversos puntos del sur de la provincia. En noviembre lleg� a la capital y los l�deres reconocieron al gobierno aut�nomo del conde de Santiago. Sin embargo, los intentos del conde por conciliar a insurgentes y realistas provocaron finalmente el enojo de los dos bandos y acab� siendo apresado. El gobierno se fractur� en dos facciones: la que reprobaba los excesos de la rebeli�n y la radical, que era partidaria de los procedimientos violentos de la insurrecci�n y entre cuyas filas se hallaban Jos� Mar�a Cos y V�ctor Rosales. Finalmente, a principios de febrero de 1811, este gobierno se disolvi� y fue sustituido por otro que, al igual que su antecesor, intent� conciliar in�tilmente las fuerzas beligerantes. En distintos momentos, tanto insurgentes —Ignacio Ray�n y Jos� Mar�a Liceaga en abril de 1811— como realistas tomaron la capital de la provincia, hasta que Calleja la recuper� en 1812.
En Zacatecas la insurgencia se concentr� en la regi�n del sur, debido a las condiciones de la vida agraria, semejantes a las del Baj�o pero diferentes a las del norte de la provincia: semides�rtico y despoblado, donde predominaban las haciendas ganaderas. Despu�s de 1812 se redujo a espor�dicas guerrillas, como la encabezada por Francisco Javier Mina en Pinos (1817), que no consiguieron alterar el orden impuesto por las fuerzas realistas. De ah� que los l�deres insurgentes originarios de Zacatecas decidieran emigrar a otras regiones para defender su causa.
