Despu�s de larga navegaci�n lleg� el adelantado a la isla Tercera, del grupo de las Azores, en febrero de 1537. Obligado a permanecer en ella por la presencia de corsarios franceses en aquellas aguas, as� como por el mal tiempo reinante, tuvo que esperar mejor oportunidad para proseguir su viaje. Finalmente se embarc� en una de las naves de la armada del rey de Portugal, que lo condujo a Lisboa. Desde esta ciudad informaba de su arribo a los oficiales de la Casa de Contrataci�n de Sevilla, en carta fechada el 10 de agosto de 1537, y les anunciaba que se pon�a en camino para la Corte.
Un a�o despu�s de su salida de Honduras hizo Alvarado su aparici�n en la Corte del rey de Espa�a y present� sus descargos. Su defensa descansaba en dos puntos principales: el descubrimiento de la Especier�a y la pacificaci�n de Honduras.
Respecto al primer punto, aseguraba tener algunas naves listas y otras en construcci�n en la costa del Mar del Sur, as� como los tripulantes y hombres necesarios para emprender la jornada hacia el poniente al recibir las �rdenes del emperador.
En cuanto al segundo punto, Alvarado presentaba los testimonios de la pacificaci�n, y fundaci�n de villas, adjudicaci�n de tierras y apertura de puertos, trabajos encaminados a poblar y fortalecer la provincia de Honduras y a explotar las minas de oro y otras riquezas que hab�a descubierto en las sierras de Gracias y Valle de Naco. Los procuradores de Honduras y el tesorero Garc�a de Celis ponderaban por su parte los servicios que el adelantado hab�a prestado a los espa�oles de la provincia en los d�as de su mayor necesidad, y ped�an que le fuera confirmada la gobernaci�n de que provisionalmente hab�a sido investido.
El obispo Marroqu�n escrib�a al propio tiempo comunicando la partida de Alvarado y sus conquistas en Honduras y la apertura del Puerto de Caballos, cuyas condiciones recomendaba por su capacidad y cercan�a. Observaba, en efecto, el obispo que este puerto se hallaba solamente a ochenta leguas de Guatemala, por buen camino, mientras que al de la Vera Cruz de que hasta entonces se serv�a la ciudad, hab�a trescientas leguas de camino fragoso y lleno de peligros por los muchos r�os en donde perec�a la gente, es decir los indios, a cuyas espaldas viajaba el cargamento.
Dol�ase el obispo de que Alvarado hubiera salido ya de Guatemala cuando se recibieron cartas de Pizarro en que le participaba la sublevaci�n de los indios del Per� y la p�rdida de muchos espa�oles, y agregaba que no se sab�a nada de Almagro, a quien ten�an por muerto, y que el hermano de Pizarro estaba sitiado en el Cuzco. El conquistador del Per� rogaba a Alvarado en aquellas cartas que le prestara ayuda en tan cr�ticas circunstancias, y el obispo comentaba por su parte: "Pluguiera a Dios que se hubiera dilatado la residencia [de Alvarado], que Naco y la sierra, que es muy buena tierra, quedara m�s asentado, y el Per�, que es lo de m�s importancia, tuviera capit�n que lo socorriera".
En cuanto al regreso del adelantado a su gobernaci�n, el obispo dec�a que no deseaba dar parecer, pero que si S.M. as� lo dispon�a, pensaba que deb�a ser "con aditamento que venga casado, que no pueda tomar m�s de lo que tiene... porque siendo casado tendr�a respeto a que ten�a de vivir y morir en ella, y ans� procurar�a aumentarla".
Con todas estas recomendaciones, el apoyo de sus protectores de Espa�a y su elocuente verba, Alvarado logr� el perd�n de sus faltas y recuper� el favor del emperador y del Consejo de Indias. Espa�a necesitaba de hombres del temple del conquistador de M�xico y Guatemala para extender sus dominios a todas partes del mundo, y necesitaba igualmente la riqueza de Am�rica y del lejano Oriente para costear las guerras contra el turco y contra sus enemigos del continente de Europa.
Hacia el mes de agosto de 1538, el emperador se mostraba satisfecho de las promesas de Alvarado de emprender nuevamente el descubrimiento y conquista de las tierras al poniente de la Nueva Espa�a, y ofrec�a en c�dula firmada el 9 de dicho mes proveerle de la gobernaci�n de Guatemala por el t�rmino de siete a�os, siempre que de la residencia que le tomaba el licenciado Maldonado no aparecieran culpas por las cuales se le debiera privar de ella.
El texto de esta real c�dula demuestra que, por el tiempo en que fue editada, Alvarado no hab�a alcanzado la absoluci�n completa de sus faltas, y que su suerte se hallaba en la balanza, pendiente todav�a del resultado de la residencia. El adelantado hab�a comenzado a preparar su viaje a Guatemala, y hab�a contratado las naves que deb�an conducirlo a �l y a su gente. En el mes de septiembre se hab�an inscrito ya los primeros hombres y mujeres que deb�an partir con su armada. Y sin embargo, no contaba hasta entonces sino con una promesa condicional de la gobernaci�n. Como hombre precavido era natural que tratara de obtener m�s segura prenda, y as� lo hizo movi�ndose activamente para conseguir la extensi�n y aclaraci�n de los poderes con que hab�a de volver a su puesto.
Apelando de nuevo a la influencia de sus protectores, Alvarado logr� que intercedieran ante el soberano y que �ste ampliara los t�rminos de la c�dula del 9 de agosto y emitiera otra que firm� en Valladolid el 22 de octubre de 1538. En esta nueva c�dula, el emperador hac�a saber al licenciado Maldonado y a todos los consejos, justicias y regidores de la provincia, que deb�an recibir a Alvardo como a tal gobernador y dejarle usar y ejercer libremente sus funciones, no obstante cualesquiera cl�usulas de la primera provisi�n.
V�zquez escribe que en una capitulaci�n firmada el 17 de abril de 1538, el emperador concedi� a Alvarado, entre otras cosas, hacerle merced de una de las veinte y cinco partes de las islas y tierras que descubriere, con t�tulo de conde, se�or�o y jurisdicci�n; hacerle gobernador y capit�n general por toda su vida de todo lo que descubriere y hacerle merced, adem�s, del oficio de alguacil mayor perpetuo en ellas. Le conced�a, igualmente, salvoconducto e inhibici�n de cualesquiera justicias para todo lo concerniente a la expedici�n de la armada que el adelantado se compromet�a a hacer para el mencionado descubrimiento.
Noticia parecida figura en la "Informaci�n de los cuatro hijos de don Manuel Alvarado y Guzm�n", en la cual se lee "que en la segunda ocasi�n que [Pedro de Alvarado] pas� a los Reinos de Castilla, por ciertas capitulaciones que tuvo con S.M. sobre el descubrimiento del Poniente y la China, se le dio esperanza de t�tulo de Marqu�s del Sur".
Por su parte, Fuentes y Guzm�n escribe que en este viaje de Alvarado, Su Majestad a�adi� a los honores que le hab�a conferido el de Almirante de la Mar del Sur. Sin embargo, la concesi�n de este t�tulo honor�fico no consta en ning�n documento conocido.
El Ayuntamiento de Guatemala, por razones id�nticas a las que invocaba el obispo Marroqu�n, hab�a solicitado tambi�n, en memorial de 20 de febrero de 1538, que se procurara que el gobernador que hab�a de residir en la provincia "fuese casado y permaneciese que se doler�a m�s de la tierra y perpetuaci�n della".
Alvarado coincid�a con ellos en el deseo de tomar esposa, y en sus horas de meditaci�n so�aba tal vez en formar un hogar y llevar una vida descansada; pero antes ten�a que cumplir las obligaciones contra�das con el soberano y deb�a coronar su obra de espa�ol del siglo XVI
con la conquista de las ricas tierras del poniente.
Frecuentando la casa de do�a Mar�a Manrique, madre de su primera esposa do�a Francisca de la Cueva, prend�se Alvarado de su cu�ada do�a Beatriz, en quien brillaba de nuevo la hermosura de su hermana, y siendo por ella correspondido su afecto, decidieron contraer matrimonio. Para realizar esta uni�n era necesaria, sin embargo, la dispensa del papa, trat�ndose de tan pr�ximos parientes. Esta licencia se daba rara vez en aquellos tiempos, pero poniendo en juego una vez m�s la influencia de sus amigos, especialmente la del secretario del Consejo de Indias, Francisco de los Cobos, t�o de do�a Beatriz, Alvarado logr� allanar todos los obst�culos, y por la intercesi�n del propio emperador obtuvo la dispensa y puedo celebrarse el matrimonio.
"Y entonces pareci� mayor la liberalidad del Sumo Pont�fice dice Remesal por haber sido el primer matrimonio consumado." El soberano hizo merced, adem�s, a do�a Beatriz, de mil quinientos pesos de oro para ayuda de su matrimonio.
En la carta de dote extendida por el adelantado a favor de su segunda esposa en Santiago de Guatemala, el 31 de mayo de 1540, reconoce haber recibido �sta y otras cantidades que suman en total diez mil quinientos pesos de oro. Estaban incluidas en esta suma las cantidades que Alvarado declara haber recibido anteriormente en concepto de dote de su primera esposa, do�a Francisca de la Cueva. En garant�a de su adeudo, hipotecaba en dicho documento, a favor de do�a Beatriz, "las casas que tiene en la plaza de la ciudad de Santiago de Guatemala, que lindan con las del tesorero Francisco de Castellanos y con otras de Alonso de Velasco y hacen frente a la plaza p�blica". Hipotecaba, adem�s, un hato de ganado vacuno que ten�a hacia el pueblo de Iztapa a diez leguas de la ciudad, con 700 cabezas; un hato de ovejas en t�rminos de los pueblos de Quezaltenango y Totonicap�n, en que hab�a 4000 cabezas; y una milpa en el valle de la ciudad, con todos los esclavos que en ella estaban, herrados con el hierro de S.M. y el suyo propio, milpa que colindaba con las de Marco Ruiz y Juan de Celada.
El matrimonio del adelantado y do�a Beatriz debe haberse efectuado antes del 17 de octubre de 1538, pues en esa fecha aparece extendida la licencia para que pudieran pasar a Am�rica las damas y gente de casa de Alvarado y "do�a Beatriz de la Cueva, su mujer".