Por la guerra, por la escasez de población, porque los nuevos colonos preferían asentarse en lugares más seguros, porque la aventura los llevaba a los centros mineros por estas y otras razones la villa de Aguascalientes no progresaba. Para su crecimiento se requería tiempo, y éste llegó favorecido por los empeños de un hombre: Juan de Monroy. De la misma madera que Hernando Martel, pero con mejores condiciones, Juan de Monroy, nombrado alcalde de Lagos hacia 1599, tomó bajo su control el progreso y mejora de la desamparada villa. Logró atraer nuevos vecinos españoles, gente sencilla, trabajadora, a quienes se les repartió tierra dentro de la traza para que construyeran sus casas y formaran huertos. Hacia 1605 vino también un pequeño grupo de indios, posiblemente tlaxcaltecas, que fundó el pueblo de San Marcos. Se obtuvo la gracia de establecer un curato. Y aunque no se tenga información, seguro es que empezó el acarreo de esclavos para suplir la falta de mano de obra.
La visita del oidor De la Fuente y las medidas que dictó para que la villa siguiera progresando, reforzaron la tarea de Monroy. De la Fuente ordenó que a partir de esa fecha, 25 de octubre de 1609, los edificios que se construyeran deberían estar "juntos y congregados de manera que la traza que ha de guardar ha de dejar una plaza de 100 varas en cuadro y que en la escuadra frontera a la del sureste esté la iglesia y entre una cuadra y otra haya un cuadro de veinte varas en ancho y largo...."
El oidor ordenó también que a la gente que se le diera solar no lo podría vender en tanto no hubiese construido casa y vivido un año. Ordenó que se hicieran "...milpas y sementeras..." y se publicara un bando que prohibiera a los criadores traer sus ganados en ninguna época del año, pues de hacerlo tendrían que pagar una multa de dos reales por cada res.
En estos ordenamientos es claro que la iglesia parroquial con que contaba entonces la villa no ocupaba aún el lugar que poco más tarde se le designó. Esto se ve claramente en la orden que dio el emisario del obispo en 1612: "que la iglesia que está comenzada se acabe con brevedad donde se puedan celebrar los oficios divinos".
Los avances que paulatinamente afianzaron el futuro de la villa y su región dieron por resultado que, hacia 1610, se le concediera la categoría de alcaldía mayor, separándola de la de Lagos, a la que pertenecía desde su fundación. Ignoramos los alcances territoriales de la nueva alcaldía, pero pensamos que deben de haber variado con el tiempo, hasta definir su configuración.
En 1619 se registraron para la villa de Aguascalientes 15 o 20 vecinos, lo que en los usos de la época quiere decir cabezas de familia, por lo que podemos calcular unos 80 pobladores. De la gente que vivía en el campo no se da cuenta, tan sólo se dice que "hay muchos otros en estancias".
Podemos considerar que con la obtención del rango de alcaldía, la villa terminó con una etapa y empezó una nueva, la de cabecera de una región. ¿Pero formaría realmente una unidad el territorio que la compuso? Probablemente no, pero tenía el futuro por delante para lograrlo.
Hacia 1630 la alcaldía mayor de Aguascalientes debe de haber estado compuesta por el territorio que conservó casi hasta finales del gobierno colonial. Esto lo podemos presumir porque ya existían las alcaldías vecinas que delimitaban la nuestra, y porque sabemos cuán cuidadosa y quisquillosa fue la burocracia colonial para definir los territorios sobre los cuales tenía autoridad. Estaba compuesta por el territorio que formaría más tarde los partidos de Aguascalientes, Asientos, San José de Gracia y Monte Grande. Tenía una forma más delgada de la que ahora le conocemos al estado porque el territorio del partido de Calvillo pertenecía a la alcaldía de Juchipila, y más alargada porque le pertenecía el distrito de Monte Grande, más tarde conocido como San José de la Isla.
El reparto de tierras en forma de mercedes y el intercambio por medio de compra-venta cimentaba la sociedad que se formaba. En ella la posesión de tierras fue el medio más importante para obtener riquezas y reconocimientos. Dos tipos de propiedades rústicas se empezaron a constituir: por un lado grandes propiedades compuestas por 10, 12 o más sitios (un sitio de ganado mayor equivalía a 1600 hectáreas; un sitio de ganado menor era igual a 800 hectáreas, y una caballería de tierra era igual a 42 hectáreas) de ganado mayor y por el otro lo que podemos llamar pequeñas haciendas formadas por uno o dos sitios de ganado mayor y unas cuantas caballerías de tierra. La diferencia en la extensión de las mercedes concedidas por la Corona obedece, en gran medida, al rango social del propietario. Un alcalde mayor, un general, un hijo de conquistador, podía pedir que se le mercedaran tantos sitios como estuvieran libres y de cuantos pudiese pagar los costos de las diligencias de medidas. Un simple vecino podía aspirar a que se le mercedara una extensión correspondiente a su calidad. Claro que aquí estamos hablando de personas españolas, pues los indios tuvieron derecho a pedir que se les mercedaran tierras, pero no en forma individual sino como pueblos constituidos. Los mestizos y las castas quedaron fuera de este beneficio.
Los primeros en beneficiarse con mercedes en las tierras de lo que es nuestro estado fueron conquistadores. Hernán Flores de la Torre, por ejemplo, recibió en el distrito de Juchipila no nada más tierra, sino también encomienda. Otro tanto ocurrió con Diego Fernández de Proaño, Gallegos, Martel, Saldívar.
A las primeras mercedes dadas a los conquistadores siguieron muchas más, repartidas entre principales y pobladores comunes y corrientes. Durante algún tiempo, los alcaldes mayores y los cabildos tuvieron autoridad para repartir tierras. En Aguascalientes los primeros repartos los efectuaron los fundadores como miembros del cabildo, y hacia 1637 el alcalde mayor aún seguía repartiendo tierras dentro de la traza de la villa. Los malos manejos de este atributo orillaron a la Corona a dejar el reparto en manos de las audiencias. En el Nuevo Mundo hubo gente que se dedicó a obtener mercedes de tierras para después venderlas o traspasarlas a un tercero; por eso cuando pasó el visitador De la Fuente señaló la obligación de construir casa y vivir en ella un año para poder venderla. Este tráfico de mercedes provocó que en poco tiempo la tierra se concentrara en unas cuantas manos y formara lo que conocemos como grandes latifundios. En nuestra región tenemos un claro ejemplo de concentración de tierras en una sola familia: los Rincón Gallardo.