Después de esa victoria, se inició la rápida construcción de una estacada para la defensa. La planta del presidio o fuerte se construyó con simplicidad; los planos respectivos señalan que la edificación era perfectamente cuadrada y regular, y que tenía baluartes en sus ángulos.
Poco después, y casi acostumbrados a la réplica, más de un centenar de bucaneros quisieron retomar el territorio, pero valerosamente fueron rechazados, con la respuesta contundente de "hombres, balas y pólvora suficiente para defenderse"; además, la construcción del presidio estaba concluida. En el combate falleció el sargento mayor Andrade. Desde entonces nunca más volvieron los bucaneros, quienes estuvieron en posesión de la isla por cerca de 150 años, explotando sus recursos y atacando navíos. Sin duda que los ingleses expulsados son los que pasaron a la vertiente opuesta —Belice— a continuar su oficio de traficantes y contrabandistas, almácigo de estos halcones de los mares. En celebración del día de la victoria, 16 de julio de 1717, se fundó la villa del Carmen, nombre de la festividad religiosa de ese memorable día, consagrado a la Virgen del mismo nombre.
Años después, en 1747, Enrique Díaz Pimienta hizo una descripción del cuartel, diciendo que por el lado exterior del polígono tenía unas 300 varas, siendo todo él de estacas o palizadas plantadas sobre el terreno, de ocho pies de alto; la artillería asomaba por las aberturas.
Se estableció el presidio o cuartel y poco a poco fueron llegando pobladores que se dedicaron a la explotación maderera. La relación documental de Prieto la describió en 1758 en los siguientes términos: "La mayor parte son manglares, sobre las orillas de su circunstancia; lo demás del terreno abunda de cedros, jabines, bícacos, guayos, palmeras, cocos, y otras especies de menor consideración". La obra de defensa contaba a mediados del siglo XVIII con una guarnición de 174 hombres y la estacada clavada en tierra, unida y sostenida por dos fajas de madera, interior una y exterior la otra. Dentro de ella estaba la capilla de la Virgen del Carmen, situada como a 200 pasos del presidio, con la iglesia de Jesús de Nazareno y una población de 1450 personas. La relación de Prieto señala al lado opuesto de la entrada principal de la Laguna, en tierra firme, la existencia de dos pueblecitos llamados Palizada y Sabancuy. También advierte la situación de cuatro vigías y, después de recomendar la erección de la fortaleza de piedra, habla de la actividad de los habitantes, dedicados sólo a la pesca y al tráfico interior, ponderando la importancia de la riqueza forestal.
Hubo varios intentos para que la fortaleza tuviera mayor consistencia, entre éstos la designación, en 1756, de un responsable de los trabajos, el ingeniero francés Gaspar de Courselle, quien llevó a cabo una serie de trabajos preliminares, lo que muestra la seriedad con que se consideraba esta cuestión. De Courselle levantó primero el plano de la laguna de Términos (en la que se podía desembarcar por toda la costa norte de la isla y por la Boca Nueva, pudiéndose transportar artillería contra el castillo; la isla no podía mantener un cuerpo de tropa para combatir al enemigo, pues apenas producía el suficiente maíz para la guarnición y el pueblo) y después presentó el plano del castillo, que era una simple estacada a raíz de suelo. En el proyecto se notaba un cuadrado perfecto, de 200 varas de polígono exterior, con cuatro baluartes y puesto dentro y en el mismo centro del fuerte de la estacada. Se proyectaba en el interior del recinto una habitación casa del gobernador y sus dependientes. Por otra parte, aunque consideraba suficientes los fuegos proyectados, no excluía la posibilidad de una batería a barbeta y una plataforma o batería circular en el frente, que miraba al mar. Con respecto al agua, bastaba hacer aguadas o pozos, ya que era excelente. Consideraba que la piedra podía obtenerse en un pueblo de indios —abandonado por los ingleses en su huida— que se denominaba Tixchel. Además, De Courselle incluía una relación de las dimensiones de todos y cada uno de los baluartes y cortinas proyectados, así como de las puertas que daban acceso al presidio y el calibre de la artillería de la que pensaba dotarlo.
La defensa era una preocupación natural desde el amago costanero de los bucaneros; los proyectos y propósitos son la medida de la angustia y el temor. De Courselle no pudo iniciar ningún trabajo y su proyecto pasó al ingeniero Agustín López de la Cámara, quien no lo aprobó y formuló otro distinto. Para el efecto llegó al Carmen el ingeniero Juan de Dios González, quien reconoció el terreno y, el 27 de abril de 1763 presentó al virrey sus consideraciones sobre la isla, señalando fertilidad, bocas, navegabilidad y estado del presidio: mencionaba los cinco incendios sufridos por éste en 42 años de erigido, y recomendaba, en consecuencia, su construcción en mampostería, que nunca llegó a feliz término. Civeira Taboada señala:
Después de tanto razonado proyecto, en la Isla del Carmen nunca se llegó a la ansiada fortificación de fábrica y mamposteria. La edificación de madera debió seguir muchos años todavía; y es fácil fuera la base de la llamada Batería de Guerrero, situada en el mismo lugar que el Presidio del Carmen, y levantada en 1838 por el comandante militar José del Rosario Gil.
