LOS SIGLOS DE LA COLONIA reunieron el territorio que conformaban los Partidos —denominación política— del Camino Real, Bolonchencahuich, Sacabchén, Laguna de Términos y Campeche. En conjunto, establecen la problemática enunciada en los capítulos anteriores, pero también hubo otras actividades, aunque la vida de la población criolla y mestiza giraba fundamentalmente alrededor del puerto amurallado, único habilitado durante la Colonia para realizar movimientos comerciales. Ahí, en Campeche, se registró el crecimiento del sector mercantil —integrado por inmigrantes vascos, asturianos, gallegos y catalanes llegados, en su mayoría, durante el siglo XVIII— que no sólo aprovechó el privilegio comercial del puerto y las riquezas naturales de una parte del territorio, sino que también participó en otras diligencias. Montejo el Adelantado fue el primero en sembrar caña en Champotón, marcando con ello el principio del desarrollo de las haciendas. Como en la península no había fundos mineros que explotar, la economía de la región se sustentó especialmente en el trabajo de los nativos, dirigidos por los españoles en el sistema de encomiendas que dotaba a cada conquistador de una porción de tierra, junto con los naturales que la habitaban. A cambio, éstos recibían protección e instrucción religiosa. Todo estaba montado para dar la apariencia de amor y caridad, cuando en realidad el sistema era una forma de abuso que tuvo a los indígenas esclavizados en su propia tierra. Al encomendero solamente le interesaba incrementar su riqueza material, por lo que obligaba al maya a dar el máximo de su rendimiento aun a costa de su aniquilamiento.
En otro contexto, diremos que desde 1650 existía un varadero en el barrio de San Román, y que poco después hubo otro en San Francisco. Numerosos barcos que navegaban en diferentes mares fueron construidos en esos astilleros de la ciudad de Campeche, y ya dijimos que uno de ellos peteneció a la flota española que intervino en la batalla de Trafalgar, donde también estuvo el joven marino Pedro Sáinz de Baranda. El crecimiento del lugar ocurrió entre los años de 1765 a 1811, aunque de tiempo atrás habitaban en el barrio del Cristo Negro carpinteros de ribera, calafates y otros artesanos dedicados a la construcción naval. Para 1811 había aproximadamente 3 000 personas dedicadas a la marinería y a la construcción naval; fue tan importante que en 1803 la matrícula campechana contaba con 229 embarcaciones: 21 mayores (fragatas y bergantines) y el resto menores (canoas, bongos y goletas). En 1811 el número de embarcaciones había crecido a 366, de las que 14 fueron de parte mayor y las otras de menor tonelaje.
Al lado del comercio, la construcción naval y el palo de tinte, la explotación salinera completaba la riqueza de la región durante la Colonia. Las salinas se formaban con el flujo y reflujo del mar, que formaba charcos evaporados naturalmente con la intensidad del sol. Hacia el año de 1765 empleaban entre 300 y 400 trabajadores, que laboraban de marzo a junio. La sal se exportaba, pero también era remitida a centros mineros nacionales, o bien utilizada para la salazón de pescados. En ese año se produjeron aproximadamente 9 500 fanegas.
En su mayor parte, la arquitectura colonial tuvo carácter religioso, como el convento de San Francisco, edificado donde se llevó a cabo la primera misa en tierra firme de América. En 1545 recibió la visita del obispo Bartolomé de las Casas. Al año siguiente se erigió en cal y canto. En 1562, en una de las habitaciones, nació Jerónimo, nieto de Hernán Cortés, quien fue bautizado en ese mismo lugar. En 1597 fue refugio de los campechanos, quienes se organizaron y sacaron de la población a los filibusteros de William Parker. En 1633 sirvió de asilo a los pobladores atacados por los piratas apodados Pie de Palo y Diego el Mulato.
Otra construcción, también de corte colonial, pero dedicada a diferente actividad, fue el Cuartel de Dragones que se encontraba en el barrio de Guadalupe y que durante siglos alojó a diversas fuerzas armadas. Al comenzar el siglo XIX se encontraba deteriorado, por lo que se emprendieron varias diligencias para que fuera reparado; la primera fue un oficio que le dirigió el comandante Francisco de Flota al teniente de rey Juan José de León en el que le decía que la caballería del destacamento a su cargo se hallaba enteramente inútil, pues los soldados y caballos no tenían la adecuada salud como lo había encargado el rey. En consecuencia, el teniente de rey le ordenó al capitán del Real Cuerpo de Ingenieros, José Segundo Carbajal, que pasara a reconocer el cuartel y presentara un informe del costo de las reparaciones. En abril de 1818, el cuartel fue reparado y salvado.
El santuario o ermita de San Román, situada a corta distancia de la playa en Campeche, ofreció acoger al Santo Cristo, que llegó en 1565 traído de España a Veracruz y de ahí al puerto, a iniciativa del comerciante Juan Cano de Coca Gaitán. Fue tallado en Civita Vecchia, puerto del mar Tirreno cercano a Roma. El erudito perfecto Baranda Berrón escribió una hermosa página al respecto, que señala que el Señor de San Román ha presidido —ruego, amor y perdón— la vida toda de la ciudad murada, donde no hay rincón en el que no aliente el pasado con la presencia indefinible de su extraño perfume. El Cristo sanrománico, a través de enfervorecidas plegarias, ha sabido de huracanes, de plagas y de pestes, de invasiones de piratas, corsarios y filibusteros, de asesinatos, incendios y saqueos, de guerras y tragedias y, en fin, de todos los dolores campechanos. Y también supo de alegrías y contentos y de fiestas rumbosas que alegraron todos sus septiembres perfumados "con el suave aroma del estreno" de las mozas garridas. "Tu sólo nombre, Señor de San Román, nos llena de recuerdos campechanos. Y es con los recuerdos con que construimos las esperanzas."
La Catedral tuvo un origen modesto en 1540 como humilde choza dedicada a la Purísima Concepción, hasta que muchos años después se inició la construcción del nuevo edificio. La obra, refiere Cogolludo, quedó inconclusa en 1650 por falta de recursos. Se continuó, habiendo sido bendecida por fray Pedro Reyes Ríos de Lamadrid, el 14 de julio de 1705, y 53 años después se le trazó la extensión permanente y se construyó la torre del mar, a la que se dotó de campanas; casi se terminó en 1760. El 25 de julio de 1835 el obispo de Yucatán, José María Guerra, consagró la parroquia. Diez años después, el cura Gregorio Jiménez amplió el presbiterio, construyó el altar mayor y colocó el mármol, el cual se conserva. Permaneció con una torre hasta que el citado Jiménez construyó la del sur. Por bula del papa León XIII, el 24 de marzo de 1895 quedó integrada la Diócesis de Campeche, y en cumplimiento de ella el obispo de Yucatán, Crescencio Carrillo y Ancona, el 28 de julio siguiente, hizo la declaración que le concedió a la antigua parroquia el rango de catedral.
En 1588 ya funcionaba el convento de Calkiní, del cual señaló Ciudad Real que:
[...] está terminado con su claustro superior e inferior, dormitorio y celdas; el primer piso es arcado pero la parte superior de las celdas es de madera con techos planos y todo es pequeño aunque con mezcla de piedra y mortero. Este convento no tiene iglesia pero en su lugar hay una capilla anexa... alta y fuerte, construida con piedra y mortero y está cubierta con bóveda llana de media naranja... está en un gran patio y tiene cuatro capillas (posas) una en cada esquina, y todo esto, con el convento, está situado sobre un Ku o Mul de los antiguos.
