EN JULIO DE 1861 SE SUSPENDIERON LOS PAGOS correspondientes a la deuda externa. Una coalición de Inglaterra, Francia y España invadió el territorio nacional por el puerto de Veracruz. Luego de negociar con el gobierno, España e Inglaterra se retiraron, pero Francia, con Napoleón III, comenzó la guerra y el avance del ejército expedicionario. El 12 de abril de 1862 el presidente Juárez dirigió una memorable comunicación al gobernador Pablo García para indicarle el rumbo de su política y la colaboración que esperaba de las autoridades y del pueblo campechano, "pues ha llegado el momento de probar a Francia y al mundo entero, que somos dignos de ser libres y capaces con nuestros solos recursos, de defender nuestra nacionalidad e independencia". A partir de ese momento los acontecimientos se acercaron a Campeche. Empezaron con un pronunciamiento alentado por las intrigas de un corto número de individuos en Isla del Carmen, de modo que la marina invasora comenzó a dominar aquella parte del litoral con la colaboración del general Tomás Marín, de filiación conservadora y monárquica. El 28 de febrero de 1863 el comandante Hocquart, al mando del buque Grenade, envió una comunicación al gobernador Garcia asegurándole que si hostilizaba a el Carmen, población protegida por la bandera francesa, recibiría represalias. No fue muy lejos por la respuesta, que le dio García el 1° de marzo, rechazando las amenazas y advirtiéndole que cualquier acción sobre el Carmen estaba sostenida por el derecho, así como por su deber de defender la integridad territorial de Campeche, posición que también dio a conocer al comandante de la cañonera LŽEclair. Los marinos franceses se dedicaron a detener embarcaciones, ir hacia las salinas para apropiarse de barcos campechanos y bombardear en junio de 1862 la ciudad amurallada, con el único propósito de hacer daño. Igualmente, García le reclamó que hubiera tomado como rehén al hijo del mensajero para asegurarse de una respuesta, lo que aceptaba con el natural deseo de ver libre a su compatriota.
El Grenade dejó la rada zarpando rumbo a sotavento. En el interior, Puebla cayó después de un prolongado sitio, iniciándose el recorrido trashumante del gobierno liberal. A fines de 1863 Campeche comenzó a padecer un bloqueo por mar y un asedio por tierra por parte de tropas imperialistas; pero las defensas se mantuvieron en su puesto, a pesar de que el 16 de noviembre desembarcaron los franceses en Champotón y se apoderaron del fortín de costa San Antonio en horas de la madrugada. El general Pedro Celestino Brito, jefe de la guarnición, avisado de la emergencia, salió del cuartel agrupando a un pequeño número de soldados y se fue al muelle, punto en el que avanzaba una lancha enemiga que, armada de una pieza de artillería, arrojaba granada y metralla. Rompiendo el fuego sobre la embarcación la hizo retroceder y se resguardó en el fortín. Brito organizó guerrillas que dispuso en los sitios conocidos con los nombres de Monjas, la esquina de El Molina y el paso La Bodega, desde donde atacaron a los invasores. En un momento ordenó el toque de diana, que aumentó la intrepidez de los guardias nacionales, quienes se arrojaron sobre los franceses y los obligaron a reembarcarse. Brito exaltó el valor de los soldados de la Guardia Nacional, que no permitieron que 50 enemigos se apoderaran de Champotón.
El ejército expedicionario francés avanzaba por el centro del país hacia el Norte. En la península, por una parte, los conservadores cercaban Campeche y, por la otra, la escuadra invasora con sus cañoneras Magellan, Brandon, Fleche y LŽEclair barría de plomo el litoral. Sin mayor esperanza las fuerzas nacionales capitularon el 22 de enero de 1864 a bordo del vapor Brandon, frente a Campeche. El documento fue firmado por Georges Charles Cloué, capitán de navío, comandante de las fuerzas navales, el general Felipe Navarrete, comandante en jefe de la División de Operaciones de Yucatán mexicano imperialista, y Pablo García, gobernador y comandante general del estado de Campeche. Las condiciones comprendían la apertura del puerto. Armas, municiones y establecimientos públicos se entregaron a Cloué, quien garantizó la vida de los habitantes. Cuatro embarcaciones que armó García y que tiraron contra las tropas yucatecas (El Oriente, La Faustina, La Gloria y La Rafaela) eran de propiedad privada y se devolvieron a sus propietarios después de que participaron en una operación organizada por el comandante Cloué. Sin embargo, el 25 de enero se notificó a García y a otros correligionarios una orden de expulsión para La Habana, hacia donde fueron embarcados en un paquebote. Después de 13 días de navegación llegaron a su destino y publicaron un opúsculo titulado Campeche y la Intervención, en cuyas páginas denunciaban la violencia empleada en su contra por Cloué, el despojo de la artillería de bronce sustraída de la plaza amurallada, así como la complicidad de Felipe Navarrete, titulado gobernador y comandante general de Yucatán.
Después de casi un año en La Habana, Pablo García fue autorizado por el comisario imperial José Salazar Ilarregui a regresar para dedicarse a trabajos mecánicos y para atender una familia sin recursos. No fue dejado en paz. El 13 de agosto de 1866 Antonio Muñoz, apodado el Chelo, se pronunció por la república en el barrio de Santa Ana, extramuros de la plaza; García fue arrestado. Con todo, logró huir hacia el barrio de San Román, rumbo a Tabasco. Cruzando tierras de pantano y selva llegó con el coronel Gregorio Méndez, quien le ofreció una pequeña fuerza y recursos de guerra para regresar a combatir al imperio. Retornó por Palizada, donde incrementó la tropa y se embarcó rumbo a el Carmen, donde fue perseguido por algunos vapores que, sin conocer los rumbos, fueron distraídos y hechos encallar. De esta manera los liberales de García establecieron su campamento en el rancho Balchaká. Durante un mes aumentaron sus fuerzas y prosiguieron en la ruta de Champotón hacia los barrios de la capital, donde se atrincheraron desde diciembre de 1866. Otro grupo llegó a Calkiní, cuya población no pudo arrebatar al enemigo, pero sí vencieron en Hecelchakán. Ahí cedieron tropas al general republicano Manuel Cepeda Peraza para batir poblaciones de Yucatán.
En la media noche del 31 de mayo de 1867, una columna de 200 hombres inició el acoso a la plaza amurallada bajo el mando del general Pedro Celestino Brito. Escalaron el lienzo y se apoderaron de los baluartes de San José y San Pedro, cuyos ocupantes se rindieron; el fuego se generalizó sobre los brazos de la muralla. Fueron cayendo los baluartes de la Soledad, San Carlos y Santa Rosa, hasta que el enemigo se rindió el 19 de junio, sujeto a la generosidad de los vencedores. En el mar, la escuadrilla también se rindió, esquivando de esta manera el abordaje que había dispuesto el capitán de puerto Vicente Capmany, aquel que años más tarde murió bajo el embrujo del famoso telegrama porfiriano de "¡Mátalos en caliente!". La república se restauró en Campeche. Poco después, el 3 de julio de 1867 el gobernador Pablo García despidió a los soldados y marinos que hicieron la campaña contra el imperio. Santiago Martínez Zorraquín evocó los momentos trágicos de la neutralidad que los cubrió de amargura en 1846, pero entonces "al anuncio de la guerra nos aprestamos a ella, y la sangre campechana ha corrido noble y profusamente derramada en toda la Península, desde Jonuta hasta Cabo Catoche".
