EN EL AÑO DE 1939 APARECIERON SIGNOS diferentes a los esperados en el ámbito de la política nacional. El Partido Nacional Revolucionario realizó un intento de hacer flexible la nominación de sus candidatos para las gubernaturas; por lo que correspondió a Campeche, se llevó a cabo una selección interna entre el doctor Héctor Pérez Martínez, el coronel Carlos Góngora Gala e Ignacio Reyes Ortega. Hacia dentro del partido se dividió el magisterio entre Pérez Martínez y Góngora Gala. Por otros rumbos, la gente de Castillo Lanz apoyó a Reyes Ortega. Sin embargo, quien había sido poeta, historiador, periodista y político —de 33 años de edad— resultó el abanderado del PNR para el que sería el último cuatrienio, del 16 de septiembre de 1939 a 1943.
El arribo de Pérez Martínez a Campeche fue un proceso difícil, ya que una parte del poderoso Bloque Magisterial apoyó la precandidatura de Góngora, respaldado por Angli Lara y el general Francisco J. Múgica, poderoso secretario de Estado en el gobierno de Lázaro Cárdenas; los huestes de Angelito —callistas en desgracia— se movilizaron en el Camino Real en favor de Reyes; otros se pronunciaron en contra, por creer que el joven intelectual fracturaría las condiciones hegemónicas.
En un Diario del autor de Juárez, el Impasible que Silvia Molina incluyó en una de sus obras, transcribe un párrafo en cuyas líneas hace hablar al doctor Pérez Martínez:
Tomé posesión del gobierno del estado de Campeche el día 15 de septiembre de 1939, habiendo contendido en la lucha electoral con Ignacio Reyes Ortega y Carlos Góngora Gala. El primero fue un compañero de diputación en el Congreso Federal. Reyes Ortega estuvo rodeado del viejo grupo de Castillo Lanz: gentes que no han trabajado nunca; que han vivido de saquear el erario del estado.
Vale la pena señalar que el citado erario era de los más raquíticos en el país, ya que apenas alcanzaba un presupuesto anual de aproximadamente 500 000 pesos.
Unidad Nacional fue el lema que Pérez Martínez empleó para sacudir una economía en laxitud. Su gobierno fue un parteaguas, ya que emprendió la apertura de caminos, fundó instituciones, fomentó la cultura y con todo ello consiguió para el estado una imagen de ingreso a la modernidad con un renovado discurso. Rafael Vega Alí señaló: "Era evidente que los campechanos estaban hartos de cacicazgos y cotos de poder que caracterizaron un largo periodo de inestabilidad política y que sumieron al estado en el atraso y el abandono".
Creó el Archivo Público, cuyas funciones se orientaron a la recolección, clasificación, conservación y difusión de todos los documentos que pudieran contribuir de alguna manera a la formación o el esclarecimiento de la historia nacional y local. Instauró el Seguro del Maestro, fomentó la construcción de viviendas populares y fue el primer gobernante que se ocupó de esta cuestión de beneficio social.
Publicó varios libros de historia local, como una Bibliografía y un Catálogo de documentos para la historia de Yucatán y Campeche. Promovió la imagen del estado en la Feria del Libro que se llevó a cabo en la capital de la República. El gobierno enfrentó pobreza e inmovilidad, por lo que tuvo que hacer antesalas en las Secretarías de Estado para poder impulsar el desarrollo de la región que, por esas mismas condiciones, parecía estar en el olvido y en uno de los últimos lugares, comparada con otras entidades.
Dejó en su Diario un testimonio del itinerario que como gobernador tuvo que recorrer para lograr que el gobierno federal comprendiera los problemas de la localidad, y ello en una etapa nacional progresista y a pesar de que el mandatario era considerado "joven intelectual de izquierda, honesto y laborioso, inteligente y dinámico". Con estos atributos, no tan generales por cierto, enfrentó situaciones como la siguiente:
Llegar a Cárdenas es obra de romanos. Para franquear las puertas deben distribuirse propinas y dádivas. Empleadillos del tres al cuatro, oficiales irresponsables constitúyense, de por sí, en carceleros, y el respeto a las dignidades y los puestos, se ha perdido completamente. He visto a un secretario de estado rogar como un quídam a un teniente; a gobernadores hacer antesala como cualquier pedigüeño.
El general Manuel Ávila Camacho llegó en campaña electoral a Campeche y los vínculos de amistad entre uno y otro crecieron y el gobernador recibió promesas de ayuda económica. También se empeñó en hacer efectivo el acuerdo del 15 de mayo de 1940, firmado por el presidente Cárdenas, para que se recuperaran tierras que, perteneciendo a Campeche, estaban en jurisdicción de Quintana Roo. Así se incorporaron terrenos y poblaciones como Icaiché, Haltún, Noh Sayab, Masapich, Xkanhá y Chualuc, lo que se tradujo en importantes recursos madereros y del chicle.
