Además de la amenaza creciente de los nómadas, los españoles tuvieron que enfrentar en la segunda mitad del siglo XVIII una amenaza exterior: la expansión europea desde el norte. Franceses, rusos e ingleses avanzaban sostenidamente desde sus posesiones en Norteamérica sin ocultar su interés por vincularse con las ricas explotaciones mineras del septentrión novohispano. En ello había un cambio de gran importancia: la región septentrional dejaba de ser exclusivamente una frontera con territorios desconocidos, habitados por nómadas belicosos, y comenzaba a ser una frontera con el movimiento expansivo de otras potencias europeas. Por si hiciera falta, una guerra europea, la de Siete Años (1757-1763), hizo explícita esa nueva condición del septentrión. En esa guerra Francia perdió sus principales colonias americanas, Canadá y la Luisiana. Inglaterra, la gran vencedora, conservó a la primera, y España, aliada de Francia, recibió la segunda.
Los habitantes del septentrión novohispano sabían de las andanzas de los franceses en Texas desde 1689. Más tarde, a mediados del siglo XVIII, las autoridades españolas veían con gran preocupación el avance de los rusos, que ya para 1760 tenían un puesto de avanzada a unos ochenta kilómetros de la bahía que más adelante se llamaría de San Francisco, en la Alta California.
Este cambio de la frontera hizo más evidente la debilidad de las posesiones españolas en el septentrión, y más aún por la prolongada guerra con los nómadas. Estos obstaculizaban el comercio, dificultaban la ocupación de nuevas tierras, pues incluso, como se vio, algunos puntos tenían que abandonarse y por ello inhibían el avance español; la Corona tenía que gastar sumas cada vez mayores en el sostenimiento de los presidios.
El régimen borbónico, en cuyas manos estaba la Corona española desde principios del siglo XVIII, emprendió un enorme esfuerzo político a partir de 1760. El objetivo era reforzar el dominio sobre sus posesiones americanas, aumentar la extracción de recursos y consolidar la hegemonía política del poder público por encima de cualquier otra fuerza política o sector social. Este proyecto dio paso a las reformas borbónicas, las que incluyeron una gran variedad de medidas en materia fiscal, militar, económica, política y religiosa. En la Nueva España, el visitador José de Gálvez (1765-1771) tuvo a su cargo la implantación de las primeras medidas, entre ellas una de las más importantes: la expulsión de los jesuitas, decretada por el rey Carlos III en febrero de 1767. En la Nueva Vizcaya la orden de expulsión fue cumplida a partir de junio de ese año y significó el desmantelamiento de las misiones y propiedades jesuitas.
Las misiones que estaban a cargo de los jesuitas eran las siguientes: en la Alta Tarahumara, Temósachic, Matachic, Santo Tomás, Tutuaca, Papigochic, Sisoguichic, Caríchic, Narachic, Nonoava, Coyáchic, Chinarras, Temeichic, San Francisco de Borja, Temochic, Tonachic, Norogachic y Guaguachiqui; en la Baja Tarahumara: Chínipas, Técora, Moris, Batopilillas, Babaroco, Santa Ana, Guazapares, Cerocahui, Tubares, Satevó, Nabugami y Baburigame. Además, los jesuitas contaban con los colegios de Parral y de Chihuahua y con un gran número de propiedades urbanas y de haciendas, tales como Tabalaopa, San Diego, Máupula, Ciénega de los Padres, Dolores y San Marcos. A partir de entonces se inició el saqueo de los bienes de las misiones, lo cual afectó profundamente a los núcleos indígenas congregados en ellas.
A causa de esos saqueos se rompió una relación económica que las misiones habían logrado establecer entre sí y sobre todo con los pueblos y centros mineros más importantes, como Cusihuiriachic y la misma villa de Chihuahua. Algunos españoles o descendientes de españoles y mestizos se habían ido asentando junto a las misiones. Al momento de la expulsión de los jesuitas, aprovecharon el río revuelto para apropiarse de grandes extensiones de tierras y de tomas de agua, generalmente las de mejor calidad. El ejemplo más vívido tal vez sea el de la antigua misión de Temósachic, que perdió 36 sitios de ganado mayor en la zona conocida como la Bavícora. Sin duda alguna, como señala Benedict, los tarahumaras perdieron desde entonces la posibilidad de una relación económica más o menos igualitaria con el resto de la sociedad local. Los beneficiarios fueron los no indios, que más adelante formarían los pueblos del valle del Papigochic.
Las misiones fueron entregadas a los franciscanos y más adelante se secularizaron, es decir, se entregaron a la jurisdicción del obispado de Durango. Los bienes de los jesuitas pasaron a un organismo creado ex profeso denominado Temporalidades. El régimen de misiones obligaba a la Corona a pagar un sínodo a los misioneros, una especie de sueldo. De ahí que desde siempre la Corona estuviera interesada en acabar con las misiones.
Otra medida de los Borbones fue de índole militar. Por primera vez en la Nueva España se organizó un ejército propiamente dicho, es decir, profesional y de carácter permanente. Como parte de este proyecto militar, se envió al comandante Rubí a recorrer los presidios del septentrión con fines muy semejantes a los del brigadier Rivera 50 años atrás: buscar a la vez una reducción en los costos de los presidios y mejorar su función militar. Rubí realizó un largo recorrido por los presidios y decidió finalmente que éstos se colocaran en una línea que seguía muy de cerca el paralelo 30, hasta donde llegaban efectivamente los dominios de la Corona (con la sola excepción de Santa Fe y San Antonio de Béjar). El criterio de Rubí fue más bien de carácter militar: los presidios debían ubicarse de tal modo que impidieran la entrada de los nómadas, o bien que facilitaran su persecución y castigo. Asimismo propuso y se aceptó la creación de una inspección de presidios con sede en la villa de Chihuahua. El primer inspector fue un sobrino del visitador Gálvez, Bernardo de Gálvez, quien más tarde escaló en la burocracia colonial hasta llegar a virrey de la Nueva España. Una vez que la propuesta de Rubí fue aprobada en 1772, varios presidios se trasladaron hacia el norte. En Chihuahua el nuevo sistema significó el traslado de los presidios a las márgenes del río Bravo: así, surgieron los de San Elizario, a unos kilómetros al sur de Paso del Norte, y los de San Carlos (el actual Manuel Benavides); se mantuvieron los de Carrizal y Junta de los Ríos, y se suprimieron los de Guajoquilla y Cerro Gordo. También se crearon cuatro compañías volantes que en distintos momentos tuvieron su sede en Pilares, Guajoquilla, San Pablo (el actual Meoqui), San Francisco de Conchos y Namiquipa. Gálvez dejó pronto el cargo y fue sustituido por el coronel Hugo O'Connor, quien emprendió intensas campañas contra los apaches desde su base de operaciones, el presidio del Carrizal.
Para el septentrión novohispano en su conjunto, los Borbones planearon un gigantesco esfuerzo de expansión española que debía llevar los dominios efectivos del rey quizá hasta el paralelo 37, es decir, a la altura del actual San Francisco, California. Para ello era menester, sin embargo, controlar la guerra contra los nómadas y junto con ello promover el desarrollo económico, particularmente el de la minería. Para diseñar este proyecto ambicioso, el visitador Gálvez permaneció tres años en Sonora, donde más bien enloqueció ante la complejidad de los problemas que presentaba esta área para el proyecto gubernamental. Pero Gálvez, con ayuda del virrey, propuso la creación de una instancia gubernamental con amplias facultades militares y fiscales, así como administrativas y religiosas. En 1776 nacía por orden del rey Carlos III la Comandancia General de las Provincias Internas, como se denominaba a las provincias septentrionales (Nueva Vizcaya, Nuevo México, Coahuila, Texas, las Californias, Sonora y Sinaloa), que tendría su sede en Arizpe. El primer comandante fue Teodoro de Croix, quien en medio de un gran conflicto con el virrey Bucareli —opuesto a perder mando sobre el territorio septentrional— llegó a Chihuahua en marzo de 1778. Allí vivió hasta fines de septiembre de 1779; vale la pena repasar algunas de sus medidas más importantes.
En primer lugar De Croix no compartía la idea de Rubí de privilegiar la función militar de los presidios. Más bien, veía los presidios como un mecanismo para fortalecer la ocupación de la provincia, lo que significaba dar a los presidios una función de poblamiento, incluida la vigilancia de rutas y caminos. Por tal razón esos establecimientos debían estar cerca de los núcleos de población para protegerlos y para facilitar además su propio abastecimiento. En Chihuahua este cambio de estrategia significó el establecimiento de una triple línea defensiva: la primera constituida por los presidios de Janos, San Buenaventura, Carrizal y San Elizario, y los de Príncipe, Norte, San Carlos y San Sabá, contando un total de 600 hombres de tropas presidiales, tropa ligera y auxiliares; la segunda consistía en los 520 hombres de las compañías volantes en Guajoquilla, Conchos y Chihuahua; la tercera compuesta por las compañías milicianas ubicadas en Ancón de Carros, Julimes, Chorreras, Agua Nueva, Santa Clara y Namiquipa.
En segundo término, y en coherencia con la idea de involucrar a los grupos sociales en la estrategia gubernamental, De Croix decidió repoblar áreas ubicadas al noroeste de la villa de Chihuahua, con el fin de asegurar la ruta a Sonora -elemento crucial en la estrategia global para fortalecer el dominio español sobre el septentrión- y mejorar la defensa contra los nómadas. Así se explican las dotaciones a Casas Grandes, Namiquipa, Las Cruces y San Buenaventura de fines de 1778. Los colonos debían cumplir funciones militares, y por ello recibían privilegios y derechos tales como la portación de armas y la exención de impuestos. Estos ejidos se repartieron en lotes y solares individuales entre los fundadores, pero al mismo tiempo una porción considerable se destinó a usos comunes. Con el tiempo, los pueblos fueron perdiendo parte de sus dotaciones y sólo durante la reforma agraria, posterior a la Revolución de 1910, se reintegraron a los vecinos.
La presión militar de los españoles obligó a algunas partidas apaches a solicitar la paz, lo cual ocurrió en el otoño de 1779 con los mescaleros encabezados por el jefe Patule. Pero estos pactos eran vistos con desconfianza por los españoles, pues ya se habían dado casos en que los apaches sólo accedían a la firma de acuerdos de paz para dedicarse a combatir a los comanches, sus acérrimos enemigos. También era común que hicieran las paces en un lado para atacar en otro.
En el tiempo en que De Croix estuvo en Chihuahua aprobó la fundación de un obraje, o una fábrica de textiles, que utilizaba a los presos, concesionada a los señores Martín de Mariñelarena y Manuel de Urquidi. Otro obraje fue abierto en la hacienda de Encinillas. Con estos establecimientos se inició la manufactura de productos textiles a mayor escala.
En 1788 entró en vigor la ordenanza de intendencias en la Nueva España. Se trataba de una profunda reorganización administrativa, ideada por los reformadores borbónicos para mejorar la administración y reforzar el control territorial. Surgieron entonces 12 intendencias (una de ellas era la de la Nueva Vizcaya) y tres territorios, entre ellos Nuevo México. Con esa reforma desaparecieron los alcaldes mayores y los gobernadores de provincias, es decir, los funcionarios que habían gobernado desde los inicios del periodo colonial. La capital de la intendencia de Nueva Vizcaya se mantuvo en Durango. Pero se nombraron 12 subdelegados en la porción norte de la intendencia: Chihuahua, San Gerónimo, Parral, Santa Bárbara, Valle de Allende, Guajoquilla, Cusihuiriachic, Batopilas, San Buenaventura, Valle de Olivos y después en Topago y El Refugio. Esta reorganización política de la Nueva España se considera la base de la estructuración política del país, una vez que alcanzó su independencia. De ese mismo modo hay que considerarla para la porción norteña de la Nueva Vizcaya. Sin duda alguna, la creación de estas unidades administrativas (en este caso las subdelegaciones) obedecía a razones demográficas y económicas, que respondían a su vez a los complejos procesos de poblamiento y repoblamiento que se han mencionado a lo largo de esta obra.
