La prosperidad, aunque relativa, de la que gozó Colima hasta la década de 1880 gracias a su expansión comercial, empezó a decaer a partir de entonces, principalmente debido a la construcción del ferrocarril hacia Veracruz y la frontera de los Estados Unidos desde Guadalajara y otras ciudades importantes del interior. Así, Manzanillo era abatido por otros puertos del país. Sin embargo, a pesar de la disminución en el rubro del comercio y de la producción algodonera, se mantenía al alza la producción de maíz, azúcar, arroz y café. Pero después de 1908 la variedad de los productos comerciales disminuyó, e incluso muchos de ello desaparecieron.
En términos de la organización del campo, la parte principal de la tierra cultivable estaba en propiedad de las haciendas, pero, como lo hace notar John Adrian Foley, si bien estaba concentrada, lo estaba en menor proporción que en otras partes de la República. Por ejemplo, en 1910 en Colima se catalogaban como haciendas sólo 43 propiedades, y 294 aparecían como ranchos con menos de 100 hectáreas.
En el ámbito económico general, la apertura comercial y la competencia repercutieron en la pérdida de un amplio sector industrial y artesanal que no pudo competir con los productos manufacturados provenientes del extranjero, particularmente después de 1908, cuando Colima se enlaza con Guadalajara, aunque el hecho en sí mismo fue visto con optimismo, e incluso como el principio de una nueva era económica.
En el campo social, los 30 años que corresponden al porfiriato fueron de reacomodo y movilidad, pues los comerciantes capitalistas, ante el declive de las relaciones comerciales en unos casos y ante su éxito en otros, terminaron por invertir en la compra de tierras, pasando a conformar o ensanchar el grupo de los propietarios rurales. Los Vogel o Schondoube fueron trabajadores de compañías extranjeras cuando llegaron a Colima, pero poco después fueron exitosos comerciantes que poseían almacenes propios, y finalmente terratenientes. Esta historia es parecida a la de Francisco Santa Cruz. originario de Sonora, llegó a la entidad como marinero común y corriente, para luego convertirse en comerciante exitoso, hacendado importante y más tarde político y gobernador del estado.
