Cortés respondió a los correos remitidos por Gonzalo de Sandoval con nuevas instrucciones, destinadas a fundar una ciudad de españoles en tierras de Colima, que llegarían a manos de Sandoval a fines de junio o poco después. Mientras, y urgido por la amenaza del inminente temporal de lluvias, Sandoval tomó providencias para explorar en forma sistemática el territorio apenas sometido, con el fin de conocer los pueblos y gente de aquellas provincias.
Es posible que, para este efecto, se organizaran diversas partidas que recorrieron aquella inédita geografía. Los exploradores tomaron dos rumbos: un primer grupo avanzó tierra adentro, subiendo los márgenes del río Grande y desviándose luego a la altura de Coquimatlán hacia los impresionantes volcanes; otra partida, a cuyo frente iría el propio Sandoval, se encaminó por la costa buscando eventuales puertos de mar, a sabiendas de la importancia que daba Hernán Cortés a tales descubrimientos. Ambos grupos de exploradores, hechos sus recorridos, volvieron a encontrarse para compartir hallazgos y también frustraciones.
El hallazgo del puerto de Salagua o Santiago, en las inmediaciones del actual Manzanillo; las fantásticas noticias en torno a las Amazonas y la confirmación de la existencia de oro y perlas —de las que Sandoval envió a Cortés "cierta muestra de perlas que halló"— son logros descritos al emperador. A ellos habría que agregar dos más; uno implícito en el contexto de la carta cortesiana: la identificación de un excelente y bello asiento en el valle de Colima para fundar una villa de españoles, y otro por completo silenciado: las numerosas y ricas salinas de la provincia, recurso importantísimo para la incipiente minería novohispana.
Al tener conocimiento que Cortés mandaba fundar una villa de españoles en la zona, pronto surgieron entre aquellos hombres voluntarios para ser los primeros vecinos. La tierra era bella, de gran variedad de climas, con costa abundante, con agua suficiente: una tierra de promisión.
Dejaron sus cuarteles de Tecomán o de un poblado llamado Caxitlán, dos leguas tierra adentro, a la ribera del río Grande —una tradición reciente cree que fue ahí el primitivo asiento de la nueva villa, pero las razones aducidas a este propósito no nos convencen en modo alguno— y se encaminaron hacia el valle de Colima.
Entre el río de Colima y el hoy nombrado arroyo del Manrique, se fueron midiendo a lazo los solares de las futuras casas-morada y se respetó, como era costumbre, un cuadro central muy amplio para la Plaza de Armas, donde se edificarían con el tiempo la iglesia mayor y las Casas Reales. La traza de la nueva villa tenía forma alargada, de sur a norte, serpenteando los breves meandros de ambos ríos. Como en ese paraje escogido o en sus alrededores existía un poblado indígena, los naturales no fueron desalojados; se respetaron sus propiedades y permanecieron viviendo en ellas formando, con toda seguridad, el barrio del Nombre de Jesús (o "Jesús", a secas), donde se levantó una ermita dedicada a Nuestra Señora que tenía a su cuidado una cofradía cuyos miembros en su mayoría eran indios.
En presencia de Gonzalo de Sandoval, representante de Hernán Cortés, los españoles decididos a avecindarse en la nueva villa así lo manifestaron, comprometiéndose a velar por la seguridad del territorio y a obedecer a las autoridades designadas por el capitán general.
Es posible que aquella fundación formal de la Villa de Colimán de la Nueva España, como se le designa en los primeros documentos conservados hasta hoy, fuera el 25 de julio de 1523, en la festividad de Santiago Apóstol.
