Malinalco fue retomado por los cristeros el 28 de mayo y en junio "el general Urbalejo y el general Castrejón cayeron en una emboscada en Horno del Conejo, [... ] un convoy de camiones que transportaba las tropas fue aniquilado en la carretera de Tenancingo a Escalerillas". El éxito se debía a Benjamín Mendoza. Paralelamente otro jefe cristero, Elías Vergara, amagaba por la región de El Oro. Vigueras, cuyos desplazamientos eran casi instantáneos, ya aparecía por Chalco, ya por Cuernavaca, ya por el sur mexiquense.
El coronel Filiberto Gómez se hizo cargo de los cuerpos de voluntarios del estado para combatir a los cristeros y se distinguió porque pudo batir a varios de los cabecillas. Pero todavía en marzo y abril de 1929 grupos rebeldes tocan Jilotzingo, Chapa de Mota y Apasco; en julio, Elías Vergara y Manuel Chaparro merodeaban cerca de La Providencia.
Para esta última fecha ya habían tenido lugar los llamados arreglos entre jerarcas católicos y el presidente Portes Gil. Reanudaron los cultos y los cristeros fueron abandonados a su suerte. Algunos cayeron pronto. Otros se mantuvieron en perpetua huida. Pero también hubo quienes se las ingeniaron para concertar una rendición favorable. Tal fue el caso de Benjamín Mendoza, quien logró que sus tropas "formaran las guarniciones de los pueblos de donde procedían y que gozaran del estatuto de tropas auxiliares y del beneficio de sus tierras".
