En la medida que el número de indios descendía, hasta llegar a su cifra más baja a mediados del siglo XVII, se fueron sumando a la fuerza laboral esclavos negros, mulatos y mestizos libres, quienes se establecieron principalmente en las regiones donde se obtenía cacao y caña de azúcar. Asimismo, alrededor de las haciendas había algunos trabajadores libres que cavaban zanjas y acequias a cambio de la terrazguería, es decir, un pedazo de tierra rentada.
Los indios, por su parte, disponían de algunas tierras para el cultivo en las inmediaciones de sus pueblos, pero éstas se trabajaban con poco entusiasmo debido al exceso de tributos y diezmos que les cobraban por sus productos; generalmente, sus rendimientos eran muy bajos, pues les resultaba difícil seguir los métodos de labranza propios de los españoles.
El riego se practicaba sólo en ciertos lugares como las haciendas de Buenavista,
Atequiza, Atemajac y Colimilla, cuyo clima permitía el cultivo del trigo. Sus
propietarios eran familias de Guadalajara que ya empezaban a monopolizar grandes
extensiones de terreno, arrebatadas con frecuencia a los nativos.
