La tendencia de los españoles por asentarse en el medio urbano se hizo más
notoria en el siglo XVIII y dio lugar a que en Guadalajara y Zacatecas se concentraran
las pocas instituciones educativas existentes, cuyas limitaciones ponían de
manifiesto la pobreza de aquella sociedad. En general, los varones sólo recibían
rudimentos de gramática, retórica latina, filosofía, escolástica y teología;
mientras que las niñas, apenas alfabetizadas, eran adiestradas en "labores de
su sexo".
Un cierto despertar en Guadalajara sobrevino en 1769 con la creación del Colegio Seminario de San Juan Bautista, estrechamente ligado al de los jesuitas de Santo Tomás, y del Seminario Conciliar de San José, fundado en diciembre de 1699. El primero, que tuvo mayores vuelos, feneció al ser expulsada la Compañía de Jesús en 1767, pero el segundo sobrevive hasta hoy, aunque ha sufrido varias interrupciones y mudado otras tantas de domicilio. En Zacatecas, por su parte, la educación de mayor nivel se impartía en dos planteles: el ya mencionado de San Luis Gonzaga, también jesuita, y el Colegio de Guadalupe de Propaganda Fide, fundado en 1707 para la formación de misioneros.
Por otra parte, lograr el permiso para establecer una universidad y vencer la resistencia de la Real y Pontificia Universidad de México costó casi cien años de trámites. Finalmente, en noviembre de 1791, Carlos IV expidió la correspondiente cédula y la nueva casa de estudios, con el nombre de Real y Literaria Universidad de Guadalajara, abrió sus puertas el 3 de noviembre, donde había estado el Colegio de Santo Tomás.
Otra institución educativa de alto nivel fue el Seminario Clerical que abrió sus puertas en 1801, por gestión directa del obispo Cabañas, para contribuir al mejoramiento cultural del clero secular y a que hubiera mejores catedráticos para el Seminario Conciliar de Guadalajara; en él se inscribieron también sacerdotes enviados por los prelados de Valladolid, Durango y Sonora.
Para enseñar a las niñas existía solamente el Colegio de San Juan de la Penitencia, fundado en el siglo XVI, que resultaba a todas luces insuficiente, además de que atendía sólo a hijas de españoles. El siglo XVIII vería nacer, entre otros, los colegios de Jesús María, San Diego y la Casa de Maestras de Caridad y Enseñanza, destinadas a alumnas de escasos recursos.
En cuanto a la enseñanza elemental para niños varones, después de casi doscientos
años sin que hubiera novedades, en 1783 comenzó a funcionar un plantel en el
Santuario de Guadalupe, lo mismo para criollos que para mestizos. Su pretensión
no iba más allá que enseñar a leer, escribir, contar y algo de doctrina cristiana,
pero incorporó el entonces novedoso sistema de cartillas y catecismos.
