Aunque la consumación de la Independencia y el advenimiento del federalismo suscitaron transformaciones importantes en casi todas las instituciones de origen colonial, la Iglesia continuó siendo la misma y hasta se vio fortalecida, pues al perder el rey de España su autoridad sobre estas tierras, cesó automáticamente el Regio Patronato y el clero mexicano quedó libre de su tutela. Sin embargo, los beneficios de esta autonomía se volvieron inciertos al quedar vacantes los obispados sin que hubiera mecanismo alguno establecido para ocuparlos de nuevo. Cabañas falleció en 1824 y pasaron más de cinco años antes de que Diego Aranda y Carpinteiro fuese nombrado su sucesor.
Comoquiera, la Iglesia no enfrentó los mismos problemas económicos y la falta de liquidez del gobierno, ya que continuó recibiendo con puntualidad los aportes de la feligresía. Lo que si ocurrió fue que los caudales eclesiásticos se hicieron sumamente atractivos para el gobierno, de manera que la Constitución Particular del Estado, en su artículo séptimo, le adjudicó al poder civil la potestad de administrar tal riqueza, lo que provocó enérgicas protestas y finalmente tuvo que desistir de sus pretensiones. A fin de cuentas, la Iglesia salió ganando, pues la referida Constitución establecía también que: "La religión del Estado es la Católica Apostólica y Romana, sin tolerancia de otra alguna."
Por su parte, la vasta libertad de imprenta dio lugar a un buen número de opúsculos y folletines sobre asuntos varios, aunque el papel de la Iglesia y sus derechos y obligaciones resultó ser el más socorrido. El Polar, El Fantasma, El Nivel y La Palanca, escandalizaron con su anticlericalismo a la población conservadora y encontraron pronta respuesta en boletines como También los callados suelen hablar, Ya Jalisco perdió su nivel y Por aquí rapa el nivel, por allá lo rapan a él.
Llegó a perturbar tanto la franqueza de estas publicaciones, en una sociedad que no la había conocido anteriormente, que las autoridades de Guadalajara intentaron en 1826 ponerle cortapisas legales, pero su intento resultó fallido hasta que se impuso el centralismo.
El escritor jalisciense de mayores vuelos durante los primeros 25 años de vida
independiente fue el franciscano Francisco Frejes, fallecido en el convento
de Guadalupe de Zacatecas en 1847, y autor de la Memoria histórica de los
sucesos más notables de la conquista particular de Jalisco por los españoles,
editada en 1833 y la Historia breve de la conquista de los estados independientes
del Imperio Mexicano, publicada en 1839. En estos libros, por primera vez
en el occidente de México, se denostaba a los conquistadores y enaltecía a los
indígenas que habían ofrecido mayor resistencia.
