La campaña de Ávila Camacho por Jalisco se realizó a principios de 1940, ganando el apoyo de muchos conservadores jaliscienses al hablar de respetar "a las familias y a las conciencias" y pronunciarse en contra de la educación socialista. Tan pronto terminó su gira por el estado, a mediados de febrero, arribó Almazán a Guadalajara, quien reunió también multitudes enormes.
Después de unas controvertidas elecciones, realizadas en julio de 1940, Ávila Camacho tomó posesión el 1 de diciembre, procurando integrar su gabinete con representantes de todas las tendencias políticas "emanadas de la Revolución". No obstante, el nuevo mandatario tuvo que enfrentar el creciente rumor de un posible levantamiento armado de los partidarios de Almazán, quienes aseguraban que se les había robado el triunfo.
En Jalisco apenas había sobrevenido la calma, después de la agitación electoral que opacó la gestión de Barba González, cuando comenzaron a moverse las aguas por causa del cambio de dirigente estatal y el temor de que los alemanes atacaran el territorio mexicano. Para prevenirlo se convocó en Mazatlán a una reunión de gobernadores de los estados con costas en el Pacífico, la cual fue encabezada por el ex presidente Lázaro Cárdenas, ahora comandante de la Región Militar del Pacífico. El discurso inaugural fue pronunciado por el mandatario jalisciense, quien acusó a la Iglesia de aprovechar los sentimientos religiosos del pueblo mexicano para inclinarlo a favor de "los países totalitarios", lo que causó gran revuelo y ganó el respaldo de diversos sindicatos, agrupaciones campesinas y el mismo Congreso de Jalisco, que le manifestaron su apoyo y adoptaron actitudes muy amenazantes para el recientemente creado Partido Acción Nacional (PAN), la Unión Nacional Sinarquista (UNS) y el propio clero. Pero a partir del 22 de mayo de 1942, cuando el gobierno de México declaró la guerra a los países del Eje, procuro evitarse la discordia interna y pasó a pregonarse que debería imperar en todos los mexicanos el sentido de unidad, disciplina y trabajo.
Contribuyó también a una mayor armonía entre los jaliscienses el que, desde fines de 1936, se hubiera convertido en arzobispo José Garibi Rivera, oriundo de Guadalajara y mucho más proclive a la concordia que su antecesor.
En lo que a educación se refiere, desde fines de 1941 la postura gubernamental se había vuelto más condescendiente. Por una parte, se creó una Comisión de Fomento de la Iniciativa Privada, con ánimo de que ésta se incorporara a las tareas educativas del régimen; y, por otra, se procedió al cese de maestros muy radicales.
También en el Congreso se discutió la modificación del artículo 3°, lo que avivó de nueva cuenta el encono contra el precepto. En Jalisco, la Federación de Estudiantes Universitarios y la Unión Nacional de Padres de Familia encabezaron el ataque, en tanto que las acciones del FESO, a favor de la educación socialista, ahora pasaron prácticamente inadvertidas en virtud de que ya no contaban con el apoyo del gobierno federal.
Comoquiera, las cosas no se hicieron con la rapidez deseada por los enemigos de dicho artículo. A fin de 1941 se promulgó una nueva Ley Orgánica que introducía algunas enmiendas de importancia: se daba un trato más favorable al clero en las escuelas particulares y se planteaba la pretensión de formar en los educandos ánimo solidario y amor patrio. Quedaba claro, además, que el Estado seguiría siendo el rector de la educación. Esto fue sin duda un paso hacia la modificación definitiva del mencionado artículo, realizada en octubre de 1946.
A partir de 1942, el quehacer educativo del país comenzó una época de relativa calma; esto le permitió observar un acusado repunte en el establecimiento de planteles, con el incremento consiguiente de alumnos. Además, por lo menos en Jalisco, comenzó a observarse un aumento de escuelas privadas en todos los niveles, gracias a que la jerarquía eclesiástica pregonaba ahora que ya se podía mandar a los niños "sin temor a las escuelas particulares".
Con objeto de que el PRM lo postulara para gobernador del estado,
en junio de 1942, Marcelino García Barragán emprendió una gira por el sur de
Jalisco en busca de apoyos. Su resultado fue un éxito, pues alcanzó la designación
y triunfó en las elecciones de fines de noviembre, las cuales fueron observadas
directamente por el presidente durante una visita oficial a Jalisco. Su toma
de posesión tuvo lugar el 1 de marzo de 1943.
