En 1538, los pueblos de Ahuacatlán, Jocotlán y Hostotipaquillo se aliaron con Xocotepec, convencidos de que había llegado la hora de vencer al invasor que los cargaba de trabajo y de impuestos. Se levantaron en armas y se fortificaron en las profundas barrancas de Mochitiltic que componen una formidable defensa natural.
Los españoles reaccionaron prontamente para evitar que otros pueblos cayesen en la tentación de aliarse con los insurrectos, y vencieron después de una encarnizada y sangrienta batalla en las barrancas. Los vencidos no fueron aniquilados y se retiraron a la sierra, de tal manera que los españoles comprendieron que la victoria no era definitiva.
Una consecuencia de los levantamientos de indios y de la amenaza que representaban para los vecinos de Compostela (hoy en día Tepic) fue el traslado de esta ciudad adonde la fundó Guzmán a su sitio actual (1540). En este mismo año fue fundado el convento de Jalisco que fue el primero en el ahora estado de Nayarit.
Al año siguiente, en 1541, estalló una gran rebelión, ya que los indios aprovecharon la salida de una expedición española hacia el norte en busca de un gran reino imaginario llamado Cibola, compuesto de siete grandes y riquísimas ciudades. Al quedar debilitadas las guarniciones españolas, muchos indios se negaron a pagar sus tributos y a obedecer a sus amos españoles; luego atacaron y derrotaron a las tropas mexicanas y tlaxcaltecas al mando de oficiales españoles en Ixcuintla e Ixcatán; incendiaron Centispac y pusieron sitio a la plaza de Tepic.
La situación era grave para los sitiados, pero llegaron refuerzos que hicieron huir a los atacantes cuando se encontraban ya en el corazón de la ciudad. Mientras se peleaba en la región de Tepic, la campaña más importante se realizaba en el alto cerro del Mixtón, fortaleza natural situada rumbo a Juchipila entre los profundos cañones de Jalpa y Juchipila. Ahí se habían atrincherado los indios de la sierra, quienes resistieron largos meses hasta que el virrey Antonio de Mendoza en persona, alarmado por tan amplia rebelión, vino de México con un ejército de 20 000 indios aliados y 600 españoles. Después de ocho días de enconados combates, triunfaron las fuerzas del virrey y continuaron la persecución hasta salir a Tequila, Ixtlán y Ahuacatlán, que también se habían alzado. Ésa fue la famosa guerra del Mixtón.
Los rebeldes más irredentos, los que no se quisieron someter se refugiaron en la sierra de Nayarit, donde el virrey los quiso vanamente perseguir.
El padre Tello explica el fin de esta campaña:
[...] y hallaron a los indios tan alborotados y empeñolados, que era imposible entrarles, con que se volvió el capitán con sus soldados al cabo de tres días, y dio razón de todo; y habiéndolo oído el virrey, mandó llamar al gobernador Cristóbal de Oñate y le dijo que le parecía que era cosa muy trabajosa querer de presente allanar aquella gente en tan empinadas y desesperadas sierras y barrancas, y que había de contar mucho, y que un español en aquella ocasión era de mucha importancia y valor, y que eran pocos para domeñar tales asperezas, y que lo mejor era que se sujetase la gente de los llanos y valles, porque sujetada ésta y ganada la tierra y pacífica, con facilidad se allanaría todo lo demás. Dicho esto por el virrey, pareció bien a todos, y así mandó marchar el campo para el pueblo de Etzatlán.
