A finales de 1911 y principios de 1912, los brotes de insurrección ya habían alcanzado San Ciro, Xichú, Valles, Xilitla, Tamazunchale, San Vicente Tancuayalab, San Martín Chalchicuautla, San Antonio, Tampamolón, Tancanhuitz, Huehuetlán, Tula, Ciudad del Maíz, Lagunillas, Cerritos, Rioverde, Rayón, Ciudad Fernández, Charcas, Santo Domingo, Catorce y Venado. En 1912 la compañía azufrera de Guaxcamá, en la jurisdicción de Cerritos, suspendió sus labores y despidió a 700 trabajadores que se unieron a los rebeldes; también estalló una huelga de trabajadores en la Compañía Metalúrgica Mexicana de San Luis Potosí.
Los motines y enfrentamientos aparecieron en todo el estado. Se trataba de acciones de carácter político, búsqueda de libertades en los ámbitos locales o ajustes de cuentas con autoridades y caciques, especialmente con aquellos que se habían hecho notables por sus abusos y su larga permanencia en el poder. Durante el gobierno constitucional de Cepeda, la participación de los sectores medios en el escenario político y administrativo no tuvo mucho peso; tanto en los partidos como en los municipios, los cargos más importantes siguieron en manos de porfiristas. Los trabajadores y campesinos siguieron alejados del poder y éste no se extendió más allá de las mismas élites.
Para combatir los focos subversivos desarrollados durante su régimen, Cepeda procedió a la formación de los cuerpos de rurales y de "voluntarios" que, a pesar de su virulencia, no lograron apaciguar el estado. Muchos de estos cuerpos armados se separaron del gobierno para aliarse a las causas de grupos antimaderistas provenientes de la clase terrateniente que se defendía ante la amenaza de sus intereses.
Por lo general, se admite que surgieron muchas tensiones de la voluntad de Madero por conservar la estructura del ejército porfirista; no obstante, éstas también provinieron del rápido desmantelamiento de las tropas participantes en la revolución maderista, que se alistaron en diversos movimientos locales, en pie de lucha por la definición de sus espacios de influencia.
En San Luis Potosí algunos dirigentes antiporfiristas e incluso funcionarios maderistas se sublevaron por rivalidades e inconformidades con el gobierno de Cepeda. Entre estas sublevaciones tiene especial significado, por la gran movilización militar que alcanzó en la Huasteca así como por su estrecha relación con el presidente Madero, la de la familia Santos.
La separación de Pedro Antonio de los Santos del gobierno de Cepeda dejó a este último, de hecho, sin aliados regionales de importancia; su gobierno se mantendría por espacio de unos meses al amparo de la cada vez más debilitada presidencia de la república y sustentado por sus vínculos virtuales con los políticos coahuilenses, esfera de la cual provenía. Juan Barragán, en sus Memorias de Venustiano Carranza escribe:
El día 6 de marzo [1913] estaba cenando el doctor [Cepeda] con algunas personas de su amistad en el Casino de Ajedrecistas, del que era presidente y yo secretario, cuando se presentó el coronel federal Enrique Pérez, jefe del treceavo regimiento, y llamó a una pieza contigua al gobernador. Seguramente hablaron ahí los dos sobre las instrucciones que el coronel había recibido de sus superiores; pero el caso es que al poco rato volvió a nosotros don Rafael para decirnos que iba con el coronel al cuartel general de la zona al arreglo de un asunto urgente. Al salir del casino pudimos ver que en todas las bocacalles del centro de la ciudad estaban apostadas fuerzas de caballería y que numerosas patrullas recorrían la plaza. El palacio de gobierno del estado fue ocupado militarmente y el gobernador Cepeda quedó prisionero en el cuartel general. Al siguiente día se hizo cargo del gobierno, por designación de la Legislatura, bajo consigna, el jefe de la zona, general Agustín García Hernández. Pocos días después, el doctor Cepeda era conducido a México.
El gobierno de Madero había caído en el episodio conocido como La Decena Trágica. El golpista, Victoriano Huerta, retiró a Cepeda del gobierno y cercó la entidad con fuerzas federales. Los seguidores de Madero se dividieron para formar o adherirse a las facciones que ya protagonizaban el levantamiento nacional generalizado y la etapa más sangrienta de la revolución mexicana.
