El gobierno de Abel Cano estuvo delimitado por la fuerza militar y política de Saturnino Cedillo, por la aplicación en la entidad de la política anticlerical del presidente Calles y por la reacción a la misma de los católicos potosinos.
Abel Cano logró acceder al gobierno gracias al apoyo de Cedillo, quien tendría un papel estratégico para el presidente Calles en los años siguientes. Cano había recorrido gran parte del país vendiendo hierbas medicinales y aplicando recetas naturistas, por eso se le conocía como "el doctor". Era originario de Coahuila y tuvo que enfrentar una situación compleja al ejercer su gobierno: aplicar una política anticlerical dictada por el poder central en una entidad eminentemente católica y ante una Iglesia fortalecida por la dirección de un obispo popular, Miguel de la Mora.
Desde 1925, cuando el presidente Calles impulsó la creación de la Iglesia Católica Apostólica Mexicana, independiente de Roma y apoyada en el líder obrero Luis N. Morones, se desató un conflicto que, particularmente en las zonas rurales del país, llevaría a una guerra civil conocida como la Cristiada. Grupos católicos de la ciudad de México formaron la Liga Nacional para la Defensa de la Libertad Religiosa (LNDR), y otras ligas fueron organizadas en más ciudades del país. El obispo de San Luis alentó la formación de la Liga Católica Popular Potosina. Estas organizaciones católicas eran principalmente urbanas, compuestas por sectores medios y con una participación muy activa de las mujeres.
La política anticlerical se agudizó a partir de los primeros meses de 1926, cuando el gobierno de Calles ordenó reglamentar los artículos de la Constitución que afectaban la posición de la Iglesia católica. El gobierno de Abel Cano procedió en el mes de febrero de 1926 a la clausura del Colegio del Sagrado Corazón, por estar dirigido por religiosas y no impartir instrucción laica. El Sagrado Corazón era una institución para mujeres que tenía un internado al que asistían hijas de familias de clase media y alta provenientes de varias ciudades del país. En marzo se definió el número de sacerdotes que se permitía por cada municipio del estado. Al municipio de la capital, con 100 000 habitantes y 17 templos, le correspondieron dos, al de Matehuala, Rioverde y Santa María del Río, dos a cada uno, a todos los demás, uno por cada municipio. Los sacerdotes tenían que registrarse ante las autoridades. El obispo Miguel de la Mora, en el primer momento, buscó un acercamiento con el gobierno de Abel Cano, a sabiendas de que éste se veía forzado a aplicar medidas dictadas desde el poder central. "Confío en que las autoridades evitarán dificultades", declaró De la Mora al enterarse del ordenamiento jurídico que restringió el número de sacerdotes en el estado.
Los grupos católicos organizaron una manifestación frente al Palacio de Gobierno que reunió a unas 5 000 personas. La jerarquía eclesiástica potosina eligió enfrentar por la vía legal las disposiciones gubernamentales. Un grupo de católicos presentó a través de los abogados Ramón Aranda, Daniel Berrones y Esteban Delgado un escrito al Congreso del estado para que derogara el decreto que afectaba lo que ellos consideraban los derechos de su comunidad. "Los católicos potosinos afirmaba la prensa local, ocurrieron ante el H. Congreso apegándose al Decreto 186 que expidió la iniciativa de Nieto." El gobernador Rafael Nieto había promovido una reforma constitucional que hacía factible el "referéndum y la revocación", que buscaban otorgar mayor legitimidad a las decisiones de gobierno permitiendo a la sociedad promover cambios a las leyes cuando afectaban sus intereses. Nieto había sido amigo de Calles, y en ese mes de marzo los católicos potosinos recogían una de las múltiples reformas constitucionales que implantó su gobierno. La Ley Nieto daba así a la sociedad regional un instrumento legal que servía para dirimir un conflicto que tenía su origen en la ejecución de una política diseñada por el poder central. Aunque esta instancia jurídica no tuvo éxito, permitió durante unas semanas el ejercicio político jurídico de buscar salidas pacíficas y acuerdos civilizados a los grupos que enfrentaban posiciones encontradas, desde los propios recursos de la entidad potosina.
El gobierno de Abel Cano mantuvo el diálogo con los enviados del obispo De la Mora, a la vez que aplicó las medidas dictaminadas por el presidente Calles. El 10 de marzo se hizo pública la circular enviada a las presidencias municipales para hacer cumplir las disposiciones que obligaban a restringir el número de sacerdotes y la obligación de éstos de pasar a registrarse ante las autoridades correspondientes. Al ser informado de esa decisión, el obispo de San Luis sólo declaró: "Mi tarea ahora es la de contener al pueblo".
Las dos autoridades locales, la civil y la religiosa, se vieron sometidas a una fuerte presión que comenzó a agriar sus relaciones. Los grupos católicos presionaron para tomar acciones más radicales. El gobernador Abel Cano señalaba que "han emprendido una labor de zapa contra el gobierno de Calles y el de San Luis Potosí". Con esto, volvía a hacer un llamado a la concordia advirtiendo que reprimiría cualquier acto hostil que pretendiera impedir la aplicación de las leyes decretadas.
El obispo de San Luis Potosí y 38 sacerdotes, a través del abogado Melchor Vera, demandaron amparo y protección contra el Congreso del estado, que había desestimado sus protestas. El 15 de marzo, el juez de distrito licenciado Agustín Téllez concedió el amparo solicitado. El obispo De la Mora declaró que "el caso de San Luis puede servir de ejemplo para casos análogos", y dijo que el siguiente domingo habría una misa de acción de gracias. No obstante, el gobierno de Cano pidió una revisión del amparo concedido a los católicos potosinos y el 18 de marzo se ordenó cerrar todas las iglesias a la vez que las fuerzas federales comenzaron a patrullar la ciudad. El obispo De la Mora presentó una queja ante el Juzgado de Distrito por el hecho de que el Congreso, el gobierno del estado y la Presidencia Municipal no habían acatado la suspensión otorgada por la justicia federal. El juez pidió a las autoridades que se justificaran en el término de 24 horas.
La respuesta fue la aprehensión de varias mujeres a las que se acusaba de romper el orden. El abogado de los sacerdotes, Melchor Vera, se amparó; mientras, se extendían los rumores de que en cualquier momento sería apresado el obispo De la Mora. Cientos de católicos se reunieron en torno a la catedral y en las calles cercanas se dieron los primeros enfrentamientos y los primeros heridos.
El obispo De la Mora y el gobernador Abel Cano no dejaron de mantener contacto y, ante la expectativa de estallidos de violencia, llegaron a un acuerdo. El 21 de marzo se informó que el conflicto religioso había terminado y también se decía que el general Saturnino Cedillo apareció en el Palacio de Gobierno y declaró: "Me concreté a dar apoyo al gobierno civil". La autoridad eclesiástica aceptó registrar a los sacerdotes, mientras el gobierno aceptó aplicar con flexibilidad las leyes que afectaban el culto. Sin embargo, el conflicto religioso, que era de índole nacional, no tardó en volverse a manifestar. Jean Meyer escribe en La Cristiada:
Quedaba una incógnita de la que nadie hablaba, en la que nadie parecía pensar, que todos subestimaban cuando menos: la actitud del pueblo cristiano. En el transcurso del verano de 1926 es él quien, poco a poco, se colocó al frente de la escena, mientras que tras bastidores el gobierno y los sacerdotes no dejan de negociar y los diplomáticos van y vienen entre México, Roma y Washington.
El 31 de julio los obispos mexicanos decidieron suspender el culto en todas las iglesias del país. En San Luis Potosí, las familias católicas colocaron crespones negros en las fachadas de sus casas. El gobernador Cano dio la orden para que se quitaran y advirtió "que los que estén en casas de empleados públicos provocará que éstos sean cesados inmediatamente". La pérdida de los límites entre el espacio público y el privado se evidenciaba en esa batalla de símbolos y, también, en sus consecuencias.
En el mes de agosto la Liga Católica Popular Potosina buscó extender su organización en la ciudad, mientras que el gobierno ordenó el cateo de muchas casas en busca de armas y de propaganda contra las autoridades civiles. La casa parroquial de la villa de Soledad fue clausurada; su párroco Sebastián Galarza fue acusado de sedición. Jean Meyer consigna que "tuvo que huir disfrazado, y aunque fue puesta a precio su cabeza, siguió ocupándose de la cura de almas, trabajando como mozo de cuadra en una hacienda".
El 27 de ese mismo mes el periódico Acción de la capital potosina informaba: "Gran número de casas fueron cateadas ayer" por empleados del municipio acompañados de gendarmes. Durante esos "días" fueron detenidas varias mujeres que solían dirigir las reuniones secretas en las que se pretendía organizar un boicot contra el gobierno.
Era la primera vez que los gobiernos emanados del movimiento armado iniciado en 1910 se enfrentaban a un sector importante de la sociedad civil por causas que no tenían origen en disputas electorales.
Durante esas "inspecciones" domiciliarias se detuvo a un médico de renombre en la ciudad de San Luis Potosí, el doctor José María Quijano, quien casi tres meses antes había sido uno de los oradores principales en la conmemoración de los 100 años de la Universidad de San Luis Potosí, institución heredada del Colegio Guadalupano Josefino fundado en 1826 y del Instituto Científico y Literario establecido en 1859. El doctor Quijano era ex alumno de dicha institución y había sido director del plantel; ejercía las cátedras de patología general y patología interna en la Facultad de Medicina. Acusado de haber robado objetos propiedad de la nación, debido a que en su casa se encontró la imagen de la Virgen del Carmen, se le dictó acto de formal prisión. La imagen de la Virgen del Carmen fue trasladada del Templo del Carmen a la Catedral, a petición de sus devotos católicos, debido a que el Templo había sido cerrado. El doctor Quijano se defendió afirmando que "hombres desconocidos llevaron envuelta en paños blancos la imagen, sin su consentimiento". Su caso fue resuelto hasta el mes de marzo de 1927, cuando quedó absuelto de los cargos por los que se le acusaba. Sin embargo los hechos en los que se vio involucrado mostraron la completa desconfianza que sentían los católicos hacia las autoridades y su decisión de crear comisiones de ciudadanos que recibieran los templos y se hicieran cargo del cuidado de los mismos. La Virgen del Carmen era una de las imágenes más veneradas por la grey católica y la descripción de lo sucedido mostraba la reacción de los católicos al vincular los hechos de 1926 a la persecución religiosa de los primeros cristianos. Su imaginario histórico los llevaba a expresarse de esa forma y, como en el periodo de las catacumbas, se ocultaban del poder y conservaban las reliquias religiosas como tesoros que había que proteger hasta que llegaran los nuevos tiempos. Estos hechos marcaron el desarrollo de una particular cultura política local en la que convivían el aparente acuerdo práctico con las profundas diferencias: se enterraban los agravios y se aceptaban, en lo indispensable, las demarcaciones de la autoridad. En el fondo se abonaba la desconfianza.
El conflicto religioso (ó la guerra cristera, como se le conoce) se agudizó en 1927 al expandirse con fuerza en las zonas rurales de Guanajuato, Jalisco, Michoacán, Colima, Durango, Zacatecas y regiones de Guerrero. El campo potosino quedó al margen de esa guerra debido a la presencia de Saturnino Cedillo y su ejército de agraristas. Tanto en 1927 como en 1928 hubo algunos brotes cristeros en la zona media, pero fueron rápidamente reprimidos. En 1927, durante los primeros meses del año, una pequeña partida de cristeros que realizaba sus operaciones en torno a la ciudad de Rioverde, comandadas por Jesús Posadas, fue disuelta. Cerca de la ciudad de San Luis Potosí, los agraristas de Cedillo capturaron a otro pequeño grupo dirigido por Ponciano Magallanes. En marzo cayó el general Ignacio Galván, que había sido reclutado por la Liga. Galván no pudo compartir su experiencia revolucionaria que provenía desde 1910 cuando luchó contra Porfirio Díaz, ya que fue vencido por un antiguo amigo suyo y colaborador cercano de Cedillo, Ildefonso Turrubiartes.
En el mes de septiembre de 1927 Cedillo asumió la gubernatura del estado, que prácticamente gobernaba desde la segunda mitad de 1926 al haberse convertido en pieza clave del gobierno de Calles para enfrentar la rebelión de los cristeros en los estados de Guanajuato, Jalisco y en la Sierra Gorda. Cedillo señala Meyer "estaba obligado a mantener permanentemente un millar de agraristas en pie de guerra para prevenir los alzamientos siempre posibles; al mismo tiempo hacía poner sordina a la persecución religiosa en su estado, con objeto de pacificar los ánimos".
Cedillo había vencido a las fuerzas del general Rodolfo Gallegos, quien encabezó a los cristeros de Guanajuato, y esa derrota debilitó la revuelta en ese estado. En el interior de San Luis Potosí aprovechó su preponderancia militar para suprimir a contrincantes potenciales como lo hizo en la Huasteca, cuando fusiló a Leopoldo Lárraga, acusándolo de preparar una rebelión en unión de su hermano Manuel. Así consolidaba su poder en una región donde los Lárraga le habían disputado su autoridad. El otro grupo, dirigido por Gonzalo N. Santos, decidió apoyar a Cedillo y aliarse al presidente Calles. En 1926, cuando se manifestó el conflicto religioso, Gonzalo N. Santos, que era diputado en el Congreso de la Unión y de quien se decía localmente que "tiene participación muy activa en la alta política de la nación", declaró públicamente: "Me complace que mi estado esté garantizado por las fuerzas del general Cedillo".
Siendo gobernador, Saturnino Cedillo nombró a Francisco Carrera Torres jefe de Operaciones militares en el estado; el gobierno de Calles aceptó esa disposición que reforzaba la expresión de un poder regional y que en esos meses era estratégico para el gobierno central.
A principios de 1928 fueron ejecutados seis hombres en Armadillo, acusados de rebelión, entre ellos el párroco del lugar que se había opuesto al uso de la violencia en la lucha religiosa.
En julio de 1928 fue asesinado el general Álvaro Obregón. En noviembre del año anterior habían sido fusilados el padre Miguel Agustín Pro y otros católicos acusados de haber atentado contra Obregón. La guerra cristera se intensificó durante 1928 y 1929. La última acción significativa en San Luis Potosí la emprendió Fiacro Sánchez, quien con un grupo de cristeros provenientes de Guanajuato ocupó la población de Rayón, mientras otros descarrilaban dos trenes militares en Cárdenas. Estas fuerzas cristeras fueron reprimidas y sus dirigentes fusilados. En el lapso de unos cuantos meses, las fuerzas de Cedillo terminaron con las vidas de los principales jefes de la rebelión en San Luis: Fiacro Sánchez, Jacinto Loyola y Prudencio Zapata.
En este contexto, Emilio Portes Gil asumió provisionalmente la presidencia de la república y Plutarco Elías Calles promovió la formación del Partido Nacional Revolucionario (PNR). Las tareas políticas del diputado potosino Gonzalo N. Santos le fueron de gran utilidad a Calles para lograr esa propuesta política. Santos se movía en los corredores políticos de la ciudad de México, entre la nueva y creciente burocracia política central, mientras Cedillo recorría los territorios de Jalisco, Querétaro y Guanajuato con sus soldados agraristas para apaciguar la rebelión cristera. Ambos servían al poder de Calles, a la vez que fortalecían sus alianzas con otros grupos.
El gobierno de Portes Gil y el poder de Calles tuvieron que hacer frente a las fuerzas cristeras que habían encontrado un mando más unificado en manos del general Enrique Gorostieta y al mismo tiempo tenían que suprimir la revuelta de varios generales cercanos a Obregón, Manzo, Cruz, Topete y Aguirre, que comandados por el general Escobar se habían levantado contra el gobierno central y particularmente contra el general Calles. Cedillo y el general Almazán unieron sus fuerzas en torno al gobierno e impidieron así que la rebelión escobarista pudiera crecer y pronto los insurrectos fueron dispersados. En abril de 1929 Cedillo, con 8 000 agraristas, se dirigió a combatir a los cristeros en Jalisco y, a pesar de algunas derrotas, logró que los rebeldes no tomaran la ciudad de Guadalajara. En el campo de batalla Cedillo aplicó la misma política que había seguido en San Luis Potosí. Jean Meyer refiere que "dio pruebas de una clemencia nueva, evitando el saqueo y suspendiendo las ejecuciones; dejó sentir por doquier que él no odiaba a los cristeros y dejó correr el rumor de que él mismo era católico y combatía a disgusto". Otro historiador de ese periodo, Dudley Ankerson, en El caudillo agrarista. Saturnino Cedillo y la Revolución mexicana en San Luis Potosí, lo confirma:
Al mismo tiempo, Cedillo trató de socavar el levantamiento con medios pacíficos. A diferencia de muchos otros comandantes federales, se negó a fomentar el saqueo y liberó a todos los prisioneros que prometían quedarse en paz [...] Estaba consciente de que con la ayuda del embajador de los Estados Unidos, Dwight Morrow, el gobierno estaba negociando un arreglo con la jerarquía de la Iglesia y que pronto se requeriría la reconciliación.
Con la muerte en junio de 1929 del general Gorostieta y los acuerdos de paz entre las autoridades eclesiásticas y el gobierno del presidente Emilio Portes Gil, la rebelión cristera declinó casi por completo.
En San Luis Potosí, el 24 de junio se realizó una ceremonia de la que existen testimonios fotográficos. En esas imágenes se ve al presidente Portes Gil, al general Joaquín Amaro, secretario de Guerra y al general Cedillo frente a miles de campesinos armados, los soldados agraristas que comandaba Cedillo. Los campesinos armados regresaban a sus localidades recompensados con parcelas de tierras. En el acto se entregaron títulos ejidales por más de 100 000 hectáreas. Era el poder de Saturnino Cedillo en el estado de San Luis Potosí, su clientela política y su alianza con el poder central. Los agraristas de Cedillo, a diferencia de otros en los demás estados, no entregaron sus armas: eran su ejército y el del poder central, cuando así lo solicitara.
Muchos cristeros de los estados vecinos buscaron refugio en San Luis Potosí. Temerosos de las represalias, se acercaron a la protección del general agrarista. José Goytortúa Santos, escritor potosino, en su novela Pensativa, publicada en 1944, cuyo tema es la estela de la guerra cristera, escribe un diálogo en el que el personaje principal femenino, Pensativa, le dice a Roberto, que indaga sobre su pasado cristero: "Pasaba avisos, periódicos... parque. Cuando murió Carlos me trasladé a San Luis Potosí, donde el general Cedillo dejaba tranquilos a los católicos".