Al mismo tiempo que se llevaba a cabo la guerra entre las facciones villista y carrancista, ocurrió en el norte de Sinaloa la última rebelión indígena que registran las crónicas locales. Este hecho tuvo más relación con las luchas sociales de mayos y yaquis del siglo XIX que con las diferencias políticas que se ventilaban entre Villa y Carranza. Entre abril y noviembre de 1915 los indios mayos del Río Fuerte aterrorizaron a la población blanca y mestiza del bajo valle del mismo río. Los indios realizaron incursiones en las poblaciones para saquear, violar y matar a los yoris. La saña de estos hechos mostraba el desbordamiento de antiguos y profundos rencores.
De los indios sublevados en San Blas en octubre del año anterior, algunos volvieron al Río Fuerte para enardecer los ánimos en contra de la población blanca y mestiza. El caudillo fue Felipe Bachomo, joven militar indígena originario de La Palma. Las razones para la sublevación se acumulaban desde siglos atrás, y no eran otras que el continuo despojo de tierras que sus comunidades sufrían por parte de los yoris. Los mayos se habían sumado a la causa revolucionaria desde 1910, con la promesa de que les restituirían sus tierras, pero nada se había hecho al respecto después de cinco años de lucha por los intereses de los blancos. La coyuntura de 1915 les ofreció la oportunidad para que lucharan por sus propios intereses.
Los indígenas rebeldes se aliaron con los villistas que, si bien en Sonora todavía tenían fuerza militar, las derrotas sufridas en otros lugares hacían ver que serían el bando perdedor. Tal vez las ideas agraristas que secundaba Villa hayan influido para que los indios se le sumaran y no a Carranza, quien, a pesar de que expidió la Ley Agraria del 6 de enero de 1915, ofrecía menores posibilidades de atender las demandas de los campesinos. Bachomo puso su cuartel general en Jahuara, poblado indígena en las márgenes del Río Fuerte, y desde allí lanzó incursiones sobre las poblaciones del valle sin encontrar mayor resistencia que la de los propios vecinos, pues el gobierno no se decidía a distraer las fuerzas regulares que combatían contra los villistas. Pero a principios de noviembre de 1915, una columna de 2 000 soldados —restos del ejército villista— penetró en el valle del Río Fuerte, procedente de Chihuahua. A la cabeza de estas fuerzas venía el general Juan M. Banderas, con Orestes Pereyra y otros destacados jefes; y a este contingente se sumó Felipe Bachomo.
El general Mateo Muñoz organizó la contraofensiva y derrotó a los villistas en las goteras de El Fuerte (5 a 7 de noviembre). Los vencidos se replegaron a los territorios controlados por Bachomo en la parte baja del valle y, el 19 de noviembre, realizaron la última incursión contra Los Mochis. Los carrancistas decidieron lanzar una campaña formal contra indígenas y villistas, que fue confiada al general Mateo Muñoz y al coronel José Gonzalo Escobar. La campaña fue rápida y efectiva (23 a 25 de noviembre); los indios fueron derrotados en sus propios terrenos y obligados a huir en desbandada con rumbo a Sonora. Perseguidos, Banderas y Bachomo fueron capturados en Movas el 5 de diciembre de 1915 y enviados a la ciudad de México para ser juzgados. Banderas fue amnistiado y Bachomo trasladado a Culiacán para comparecer ante un consejo de guerra que lo sentenció a la pena capital. Fue ejecutado en Los Mochis el martes 25 de octubre de 1916.
La rebelión de los indios mayos, que algunos historiadores confunden con un episodio más de la lucha contra el villismo, fue en realidad la manifestación de los problemas sociales del campesinado sinaloense, que venían de muchos años, se agudizaron durante la era de Cañedo y no fueron atendidos de inmediato por los revolucionarios. Habría que esperar hasta los tiempos de Lázaro Cárdenas para que los reclamos de los indios recibieran atención.
