Las diputaciones provinciales de Zacatecas y Guadalajara formaron una fuerte alianza para frenar todo atentado del gobierno nacional contra su autonomía y asumieron el liderazgo entre las provincias para instaurar la república federal. La primera reforzó su línea en contra del Congreso Nacional reinstalado después de la disolución ordenada por Iturbide, debido a que se extralimitaba en sus funciones, pero lo reconoció como centro de unidad nacional junto con el Ejecutivo provisional; acató las órdenes que buscaban el bien general de la nación y el particular de las provincias, pero rechazó las que consideró contrarias a sus intereses. La diputación provincial se erigió en primera autoridad mientras se redactaba la primera constitución de Zacatecas. Al gobierno nacional le advirtió que de no escucharse la consigna federalista de las provincias, la nación correría el riesgo de desintegrarse.
El gobierno nacional preparó una ofensiva militar en contra de Jalisco y Zacatecas, que finalmente se evitó después de tensas negociaciones con la firma de los Tratados de Lagos. Ambas provincias decidieron realizar la elección de sus congresos provinciales, pero se comprometieron a sujetarse a los intereses generales de la nación, siempre y cuando se asegurara la independencia de su gobierno interior. El mérito de este documento fue vencer la oposición de algunos sectores del gobierno nacional en contra del establecimiento inmediato de la Federación, demandado por las provincias.
