Durante la década de 1820 se formularon varias propuestas para que el Colegio de San Luis Gonzaga —responsable de la educación posprimaria o secundaria impartida entonces por colegios o institutos literarios— se reorganizara e introdujera nuevas materias en su plan de estudios. Finalmente se logró la incorporación del derecho canónico y la jurisprudencia como medio para difundir los derechos civiles y naturales del hombre y capacitar a los funcionarios del gobierno. Sin embargo, en 1831 el gobernador García Salinas señalaba que poco se había hecho para mejorar la enseñanza que ofrecía el colegio y propuso el establecimiento de las cátedras de matemáticas, química y mineralogía.
Entre 1830 y 1833 se dictaron disposiciones para la fundación de una casa de estudios superiores en Jerez, donde se impartiría gramática latina, filosofía, derecho civil y derecho canónico. El Instituto Literario de Jerez inició sus labores a fines de 1832, ofreciendo, además de las materias señaladas, las de gramática castellana, francés y latinidad. Para 1834 contaba con un número considerable de alumnos. Así funcionó hasta 1837, cuando fue trasladado al Colegio de San Luis Gonzaga localizado en la ciudad capital del estado y que había sido clausurado en 1835. Al año de su traslado, el Instituto ya había incorporado nuevas materias a su plan de estudios, como la medicina, la geometría, la geografía, la aritmética y el francés.
El Instituto corrió mejor suerte que la instrucción primaria durante los años del centralismo porque tuvo más recursos, gozó de mayor estabilidad y fue mejor atendido por el gobierno local. Pero a partir de 1857 enfrentó serios problemas económicos e incluso tuvo que cerrar en varias temporadas, hasta que en 1867 fue reabierto con el nombre de Instituto Literario de García.
La situación política de México y la falta de recursos constituyeron graves obstáculos para el desarrollo de un proyecto educativo durante las primeras décadas de vida independiente. No obstante, la experiencia adquirida permitió que en los últimos 30 años del siglo XIX se elaboraran nuevos proyectos que impulsaron la educación primaria y superior en el estado y en el país.
La transición de la Nueva España a México fue dolorosa y difícil. En esos años, Zacatecas aportó líderes de la talla de Francisco García Salinas y Jesús González Ortega, quienes no sólo supieron conducir con éxito notable los destinos de la entidad, sino que, poseedores de una profunda vocación federal, genuinamente nacional, cooperaron con las causas en favor de la estabilidad y consolidación de México, en medio de constantes luchas civiles, intervenciones extranjeras, pérdida de territorio, un erario exhausto y poderosos intereses económicos que se beneficiaban de la debilidad crónica de la nación.
