EN ENERO DE 1867, Benito Juárez visitó Zacatecas en su recorrido triunfal hacia la capital del país. En esos días de festejo, que sellaban el triunfo de la república sobre el ejército invasor, fue aprehendido en esa misma ciudad el héroe zacatecano Jesús González Ortega.
La detención de González Ortega era sólo uno de los muchos episodios dramáticos que la división en el seno del partido liberal produciría durante la década de la república restaurada. Su antecedente directo lo constituía la decisión que Benito Juárez adoptara a fines de 1865, en el sentido de prolongar su mandato al frente de la presidencia de la República. A juicio del general zacatecano, a partir de esa fecha él estaba llamado a ocupar esa posición, ya que en su calidad de presidente de la Suprema Corte de Justicia era también virtual vicepresidente del país, con derecho entonces a hacerse cargo de la presidencia en caso de ausencia del primer mandatario. Aunque muchos aceptaron la necesidad de que Juárez se mantuviera en el poder, pocos justificaron la manera en que combatió a quien osaba disputarle la silla presidencial.
Tras ser aprehendido en la capital del estado de Zacatecas, Jesús González Ortega fue trasladado en el mayor misterio a Saltillo y luego a Monterrey, donde, sin que mediara juicio alguno, se le mantuvo preso durante más de 18 meses. Algunos de sus seguidores fueron marginados temporalmente de la vida política. Su más fiel amigo, el gobernador de Durango, José María Patoni, fue asesinado al abandonar la prisión. Tras su liberación en agosto de 1868, el general zacatecano hizo pública su decisión de retirarse a la vida privada. En los meses siguientes renunció a los títulos con que la nación lo había investido y que habían sido ya desconocidos por el presidente, y hasta llegó a descalificar cualquier intento de perturbar el orden en nombre de su causa o de su persona.
El reconocimiento nacional a sus méritos y su reivindicación pública tardaron en llegar: fue en enero de 1881, menos de dos meses antes de su muerte, cuando Manuel González lo restituyó en su jerarquía militar y pagó por fin lo que él mismo calificó como "una deuda de gratitud hacia el caudillo de la reforma y hacia el heroico defensor del suelo patrio contra el ejército invasor". Los restos del general González Ortega fueron trasladados a la rotonda de los hombres ilustres.