Habr�a que a�adir que Flores Alatorre no s�lo tuvo que v�rselas con un erario empobrecido y una oposici�n bien organizada y beligerante, sino que adem�s tuvo que sofocar, en mayo de 1838, el pronunciamiento encabezado por Santiago Gonz�lez y secundado por un buen n�mero de hombres armados. Gonz�lez, que se presentaba a s� mismo como "un soldado del pueblo", que se hab�a levantado en armas con Hidalgo en 1810, era en realidad un hombre viejo y achacoso, carente de ideas propias y simple instrumento de G�mez Far�as, quien era el verdadero inspirador de este movimiento.
Como fuere, el hecho es que Gonz�lez, con el pretexto de organizar unas carreras de caballos, reuni� cerca de la villita de La Encarnaci�n un grupo como de doscientos jinetes, al frente de los cuales pensaba apoderarse de Aguascalientes y de otras plazas de importancia. Gonz�lez cre�a que al mismo tiempo se levantar�an otros caudillos en Zacatecas, Lagos, Fresnillo y dem�s ciudades de la regi�n, todos en favor de la federaci�n y exigiendo el reconocimiento de la Constituci�n de 1824, lo que le dar�a fuerza y alcance al movimiento. Sin embargo, a la hora de la verdad Gonz�lez se qued� solo, rodeado apenas de unos cuantos hombres, dispuestos a todo pero incapaces de poner en aprietos serios al gobierno. Pudo entrar sin problemas en Aguascalientes y someter a la peque�a fuerza que guarnec�a la plaza, pero despu�s de varios d�as de esperar en vano noticias alentadoras procedentes de otros puntos, abandon� la ciudad y vag� un poco hasta que las fuerzas del gobierno lo aprehendieron.
Gonz�lez, que encabez� uno de los 84 pronunciamientos que asolaron al pa�s entre 1837 y 1841, era secundado por hombres honorables y muy conocidos por su apego a la causa federalista, entre los que sobresal�an los hermanos Pablo y Jos� Mar�a Ch�vez. Seg�n ellos, la rep�blica se hallaba "en el caos m�s horroroso en que una naci�n pueda verse" y la causa de sus aflicciones se localizaba en "la ineficacia del actual r�gimen central", detestado por la mayor�a de los mexicanos e incapaz de promover la felicidad p�blica. Para evitar el triunfo de la anarqu�a y la "ruina social" consiguiente, ellos, patriotas verdaderos, inflamados por "el entusiasmo m�s acrisolado y el celo m�s puro", hab�an resuelto reconocer como jefe del ej�rcito federal al general Jos� Urrea y luchar con las armas en la mano hasta lograr la completa ca�da del centralismo desp�tico.
Por lo dem�s, los pronunciados declaraban que el departamento de Aguascalientes "ser� desde este d�a un partido del estado libre y soberano de Zacatecas y le prestar� obediencia tan luego como se halle constituido bajo un r�gimen representativo, popular-federal".
Aunque no fue la impopularidad de esta demanda lo que determin� el fracaso de Gonz�lez y sus aliados, sino el hecho de que ni en Zacatecas, ni en Jerez, ni en ning�n otro lado pudieron los federalistas ir muy lejos. En todos esos lugares, la r�pida acci�n de las tropas adictas al gobierno pudo sofocar las intentonas de alzamiento. En Aguascalientes mismo, a fines de mayo de 1838, el gobernador Flores Alatorre pod�a informar muy ufano que "el orden se ha restablecido", aunque no dejaba de lamentar que la ciudad no contara con el debido resguardo militar y que por lo mismo segu�a en peligro de caer en manos de cualquier aventurero.
En medio de un completo caos, departamental y nacional, el coronel Flores Alatorre dej� la gubernatura. Lo remplaz�, a fines de octubre de 1841, el se�or Jos� Mar�a L�pez de Nava, un liberal de tendencias progresistas que poco pudo hacer realmente por el departamento. Desde luego carec�a de los recursos con los cuales promover mejoras de importancia. Adem�s, los primeros a�os de vida independiente, con sus descalabros y malestares, hab�an servido para que muchos aguascalentenses renunciaran a la pasi�n autonomista y a�oraran el antiguo estatuto de sujeci�n. Para colmo de males, en el pa�s imperaban el desorden y la incertidumbre. Los pronunciamientos se suced�an uno a otro, convirtiendo el territorio nacional en el teatro de correr�as que muchas veces no ten�an otra causa que miras personalistas.
