Flores Alatorre, que tom� posesi�n de la gubernatura el 24 de julio y se mantuvo en ella hasta fines de 1841, era un hombre bastante rico, due�o entre otras cosas de la hacienda de San Jos� de Guadalupe. Estaba casado con Mar�a Josefa Rinc�n Gallardo y se vali� de todos los recursos que encontr� para apoderarse de parte del legado testamentario que dej� el presb�tero Ignacio Jos� Rinc�n Gallardo, t�o de su esposa. Este pleito, que dur� varios a�os y que le gan� la franca animadversi�n de muchis�ma gente, le permiti� convertirse en due�o de la hacienda de La Cantera, una de las m�s grandes y mejor ubicadas del departamento. Seg�n Agust�n R. Gonz�lez, Flores Alatorre era un hombre de "mucho valor personal", aunque su car�cter atrabiliario y su vida licenciosa dieron con frecuencia de qu� hablar.
Para sus enemigos Flores Alatorre era un hombre sin principios, que hab�a militado bajo todas las bander�as pol�ticas y coqueteado con todos los partidos, sin importarle otra cosa que la percepci�n de un sueldo y la ostentaci�n de un cargo p�blico. Hab�a sido realista e independentista, mon�rquico y republicano, federalista y centralista, pero a todos hab�a acabado traicion�ndolos. Lo m�s grave, sin embargo, era que Flores Alatorre carec�a de talento para gobernar, de un buen sentido de los intereses p�blicos, de habilidad para conciliar a los enemigos, de benevolencia para hacerse amar del pueblo y hasta de decencia para hacerse respetar.
Por si ello no bastara, la actuaci�n de Flores Alatorre al frente del gobierno departamental se cimentaba en una fe quebradiza en las posibilidades que ten�a Aguascalientes para subsistir como unidad pol�tica independiente. En su opini�n, los recursos con los que contaba el departamento eran escasos, aunque se cuidaba mucho de decirlo en voz alta, pues entonces sus enemigos lo habr�an acusado de traicionar la confianza de los aguascalentenses, que a ratos cifraban su felicidad y su futuro bienestar en el hecho de no depender de Zacatecas.
Con esta falta de fe en los medios de que dispon�a y envuelta la �poca en circunstancias particularmente aciagas, poco pod�a hacer el gobernador. Adem�s, muy pronto se distanci� de la junta departamental, a la que trataba con altaner�a y s�lo le consultaba asuntos de importancia menor.