LOS POBLADORES NO SIEMPRE ESTUVIERON dispuestos a refugiarse en el convento de San Francisco cuando los piratas atacaban; sus voces solicitaron una protecci�n s�lida como consecuencia del tr�nsito de los filibusteros. Las bater�as, baluartes, castillos y el lienzo de la muralla respondieron a las necesidades m�s apremiantes de San Francisco de Campeche para sobrevivir y sostener una colonizaci�n primaria que iba organizando su car�cter social y su estrategia comercial. No es extra�o, entonces, que el gobernador Luis de C�spedes se dirigiera, en el a�o de 1565, a la Corte de Madrid solicitando autorizaci�n para dar principio a la fortificaci�n del puerto.
Carlos de Luna y Arellano, mariscal de Castilla, comenz� a levantar las primeras fortificaciones con un gasto de 2 500 pesos, en una administraci�n que transcurri� del 11 de agosto de 1604 al 29 de marzo de 1612. Sin embargo, el proceso de defensa no llevaba el mismo ritmo que el de los ataques y desembarcos de los piratas que asolaban por mar y tierra, de tal manera que la primera rese�a de las defensas militares es obra del sargento mayor Pedro Fr�as Salazar, seg�n se infiere del testimonio que Agust�n de Arce sign� en 1656, cumpliendo las �rdenes del gobernador Francisco de Baz�n; se dijo entonces que la primera fuerza era la llamada San Benito, a orillas del mar, que constaba de dos terraplenes, de los cuales uno de ellos, hacia abajo, ten�a 16 troneras para la artiller�a, colocadas en cuatro frentes: campa�a, mar, villa y playas. De San Benito sal�a una trinchera de cal y canto que iba a terminar en el baluarte de San Rom�n, que se distingu�a por 13 troneras para montar artiller�a en todos los frentes; la raz�n primordial de aquella fuerza, la trinchera y el baluarte era obstruir el camino que conduc�a a la campa�a de Lerma, por donde hab�a atacado el enemigo en ocasiones anteriores. Hacia el sudeste estaba la fuerza conocida con el nombre de la Eminencia, con 15 troneras por las cuales pod�a operar la artiller�a en todos los frentes; adem�s, se contaba con la fuerza vieja y el baluarte de San Bartolom�, las dos con troneras para artiller�a; todo ello hizo decir al gobernador Baz�n: "Han quedado las m�s perfectas y bien acabadas de cuantas hay en las Indias". Este funcionario de la Colonia hizo observaciones en 1657 para renovar en unos casos y reforzar en otros las fortificaciones, como por ejemplo el levantamiento de una fuerte muralla que, saliendo de San Benito, cubriera todo el frente de la playa.
Se realizaron varias obras para defensa de la poblaci�n resultando criterios diferentes y controversias, como cuando el gobernador Campero dijo al monarca, en 1662, que las construcciones no serv�an para presidiar el lugar ni para defender el puerto, en virtud de que se equivocaron al situarlas en donde no era posible defender los bajeles fondeados en la bah�a. No tard� en presentarse la prueba de fuego, y el saqueo padecido en la villa en 1663 estremeci� a toda la pen�nsula; el gobernador y capit�n general de Yucat�n, Juan Francisco de Esquivel, orden� un detallado reconocimiento, ya que las fortificaciones hab�an sido desmanteladas por los bucaneros. Deseando prevenir futuros da�os, dispuso el atrincheramiento de las bocacalles y la fortificaci�n con artiller�a de la entrada de San Francisco. Relata Calder�n Quijano que en las trincheras, que eran dobles, se orden� la colocaci�n de pedreras y ca�ones. Tambi�n, y para guardarse de los acosos exteriores, se dispuso la retirada, a tres leguas al interior, de los indios de Champot�n y que los caminos de dicho pueblo a Campeche se cerraran para formar monte espeso, ceg�ndose al propio tiempo los pozos y aguadas, y retirando cinco leguas adentro las labores y milpas de ma�z y las estancias de ganado vacuno. "Tal era el panorama de p�nico y desolaci�n que suced�a en Yucat�n a una irrupci�n pirata."
De todos los proyectos, uno result� singular: cuando Rodrigo Flores de Aldana, consejero de Indias, propuso en 1671 la construcci�n de otras seguridades y abrigos, como la edificaci�n de un castillo en la bah�a, a media legua de distancia sobre un banco de arena; a su cuidado se pondr�an los bajeles de alto bordo y las fragatas, ya que estos barcos no pod�an cargar cerca de tierra por el escaso fondo, y lejos de ella eran f�cil presa del enemigo. La propuesta recuerda San Juan de Ul�a, que corresponde a la misma idea.
Proyectos e incipientes obras no fueron impedimento para el arrojo de los piratas, que en 1678 volvieron a cargar sobre la villa, y en consecuencia el gobernador Layseca y Alvarado propuso al rey en 1680 la circunvalaci�n de la localidad sosteniendo que mur�ndola quedar�a asegurada, consiguiendo la tranquilidad de los vecinos, quienes en muchos casos apenas escuchaban un tiro de arcabuz, abandonaban sus hogares, encontr�ndolos saqueados a su regreso, aun cuando no hubiera asalto enemigo. Por otra parte, tambi�n adujo que se beneficiar�a el seno mexicano, pues Campeche era el principal refugio de los barcos necesitados de reparaci�n y "el mejor astillero de Am�rica por la calidad de sus maderas".
Mart�n de la Torre, ingeniero militar, fue el precursor de la obra, cuyos prop�sitos explicaba en el Discurso sobre la planta de la fortificaci�n de que necesita la ciudad de Campeche en la provincia de Yucat�n en el a�o de 1680. La Corona aprob� el estudio pero la muerte se llev� a De la Torre, autor de la c�lebre frase: "Los lugares sin fortificaci�n son como cuerpos sin alma". Las obras avanzaron lentamente bajo la responsabilidad del ingeniero Jaime Franck, conocedor de la materia como residente de las obras de San Juan de Ul�a.
Todo ello result� en vano cuando los bucaneros llegaron otra vez a la poblaci�n en 1685, de manera que se hizo necesario proseguir con los trabajos; as�, el 3 de enero de 1686, en presencia del gobernador y de otras autoridades, as� como de parte de la poblaci�n, se abrieron las cepas que dieron cabida a los primeros cimientos de la muralla; a fines del siglo el tesorero, Pedro Vel�zquez, inform� al rey que se hab�an terminado siete baluartes y sus cortinas, faltando solamente uno y 30 varas del lienzo "que no se hab�an acabado por falta de medios". Pocos a�os despu�s, informa Sierra O'Reilly, el 26 de febrero de 1690, desembarcaron 30 piezas de artiller�a, y consta que en la primera d�cada del siglo XVIII, Campeche, con su gran muralla y sus diversos baluartes, era una plaza fuerte, inexpugnable, de m�s de 100 ca�ones, s�lo emulada en el continente por Cartagena de Indias.