LA ISLA Y SUS LUGARES ALEDA�OS fueron significativos en la ruta del descubrimiento. Eran los d�as finales de mayo de 1518 cuando los espa�oles llegaron a bordo de cuatro nav�os a puerto deseado -Puerto Real o Isla Aguada-. Al frente de aquella expedici�n iba Juan de Grijalva y, como experimentado piloto, Ant�n o Antonio de Alaminos, prohombre de la navegaci�n que, al registrar en sus cartas de rumbo la Isla de Tris, de T�rminos, dio a entender que era el l�mite de la tierra por ellos descubierta. La abreviatura Tris se hizo usual en los mapas y cartas de navegaci�n, dando nacimiento a un lugar memorable por los acontecimientos futuros, ya que la colonizaci�n de la isla s�lo se logr� a�os m�s tarde de la fundaci�n espa�ola de San Pedro de Champot�n en 1537 y San Francisco de Campeche en 1540. Despu�s de estos momentos iniciales de la Colonia, fueron piratas los que llegaron en 1558 a refugiarse, primero, para despu�s aprovecharse de los recursos naturales de la Isla de T�rminos.
Capturada como refugio seguro y convertida en base para diferentes ataques por mar y tierra, la Isla de Tris parec�a estar destinada a cumplir las funciones que desempe�aba Jamaica, en poder de los ingleses desde 1655, o la Isla Tortuga, que dominaron los franceses; es decir, puerto de avituallamiento de las naves corsarias.
Laguna o Isla del Carmen tiene, junto con la porci�n territorial, una historia singular por diferentes motivos, entre ellos, que los espa�oles la descubrieron pero no la conquistaron ni la colonizaron; en tanto que los piratas la hicieron guarida y residencia mientras se luchaba por tierras vecinas y se poblaban otros lugares de la regi�n. Su colonizaci�n espa�ola formal surgi� casi dos siglos despu�s del viaje de Hern�ndez de C�rdoba y Grijalva a estos lugares. En consecuencia, los bucaneros sentaron en aquella regi�n sus reales, y cuando no atacaban buques comerciales que pasaban cerca del lugar, se dedicaban al corte del palo de tinte para enviarlo a Europa. Eran hombres de gran fortaleza f�sica, considerando que el trabajo que realizaban, por delictivo que fuera y eficazmente productivo, lo ejecutaban en condiciones sumamente dif�ciles, pues las temperaturas que soportaban en la selva o junto a r�os y pantanos superaban regularmente los 35 grados, adem�s de la humedad y el elevado n�mero de insectos, como el chaquiste, sin dejar de lado la amplia variedad de v�boras y ar�cnidos. Seguramente muchos de ellos perecieron por el veneno de la naturaleza en que se desenvolv�an m�s que por el fuego de los arcabuceros.
Otra explicaci�n hist�rica sobre la tard�a colonizaci�n de la isla fue su ubicaci�n: en la zona m�s escondida del Golfo de M�xico, en la frontera con las tribus ind�genas mayas y tabscoobs, e inmediata a la regi�n �stmica de Tehuantepec, unida a su extraordinaria riqueza maderera, pero, por ello mismo, seguro refugio de los b�jeles que se dedicaban a su tr�fico, por lo que siempre se constituir�a en objeto de ambici�n de otros pa�ses.
Los problemas de la Colonia segu�an en tierra firme, con una colonizaci�n lenta y dif�cil. Se avanzaba tan despacio que, por ejemplo, el 4 de septiembre de 1663, durante el gobierno provincial de Francisco Esquivel y de la Rosa, llegaron noticias valederas de que Isla de Tris se encontraba en poder de los piratas. Tuvieron que pasar dos lustros para que se hiciera algo al respecto: el 14 de agosto de 1672 se tom� una decisi�n y sali� del puerto de Veracruz una primera expedici�n hacia la isla con la intenci�n de arrojar al mar a los piratas que se hab�an posesionado de ella; sin embargo, en octubre de 1673 la expedici�n regres� con la novedad de no haber podido desalojarlos. Los tropiezos, con el consiguiente des�nimo, no ca�an en el olvido, de tal manera que en el a�o de 1680 el alcalde de San Francisco de Campeche, Felipe Gonz�lez de la Barrera, puso en operaci�n lo que podemos llamar la segunda expedici�n, que entonces arranc� del puerto murado y lleg� a Laguna, donde incendiaron estancias, casas y madera tint�rea; pero la expulsi�n fue temporal, pues cuando los soldados se concentraron en la plaza de donde hab�an salido, los piratas regresaron nuevamente a sus acostumbradas faenas. Con todo, el hecho fue considerado tan notable que el rey concedi� al alcalde el t�tulo nobiliario de conde de la Laguna.
Desde luego que las caracteristicas de la regi�n no eran nada hospitalarias, y a ello hay que a�adir la distancia, que se cubr�a normalmente por agua, y que exig�a meses y meses para ir de un sitio a otro. Adem�s, el poblamiento de la pen�nsula transcurr�a lentamente, y tuvieron que pasar poco m�s de dos d�cadas para que enviara una tercera expedici�n para sacar a los piratas de la Laguna. A fines del siglo XVII se encontraban unas 600 personas arranchadas en T�rminos y Puerto Real, pues desde 1686 un n�mero considerable de piratas regres� a la isla, reiniciando el hostigamiento a pueblos de Tabasco y saqueando el de Usumacinta. Los espa�oles se hicieron cargo de la iniciativa y el virrey G�lvez apoy� a las provincias de Tabasco y Yucat�n, que en 1690 reconquistaron temporalmente el lugar, pero no se establecieron. Asimismo, el virrey envi� al ingeniero Jaime Frank para estudiar la posibilidad de fortificar la isla; pero �ste opin� que no era conveniente, pues al existir varias entradas a la isla, los contrarios pod�an sorprender a los soldados y fortificarse.
Es el capit�n Francisco Fern�ndez quien vence la resistencia pirata alrededor de los a�os 1703-1704 con un buque guardacostas, seis canoas y 184 hombres bien provistos y armados. Apres� un centenar de forajidos ingleses y destruy� instalaciones y embarcaciones, pero se retir� del lugar por falta de apoyos financieros. En este hecho hay detalles que es conveniente destacar: detuvo 100 ingleses y nueve negros, se apoder� de una urca peque�a cargada de palo de tinte, un patache de construcci�n brit�nica con 800 quintales de palo de Campeche, un bergant�n espa�ol, robado antes por los piratas, y otro construido en San Rom�n; tambi�n se apoderaron los victoriosos expedicionarios de una balandra, medio centenar de canoas, �tiles para diferentes desplazamientos; buena cantidad de jarcia y miles de quintales del palo ya cortado y listo para embarcarse. Hicieron prisioneros nada despreciables, como Isaac Hamilton, jud�o londinense cuya misi�n era embarcar el tinte con destino a Nueva Inglaterra; Guillermo Haven, natural de Jamaica, y John Elliot, londinense enlistado en Jamaica en las filas de la pirater�a. Bot�n y prisioneros fueron trasladados a Campeche, y los �ltimos remitidos a la capital de la Nueva Espa�a. Tienen que transcurrir otra vez varios a�os para que en 1707 —cuarta tentativa— el gobernador de Tabasco, Pedro Mier y Ter�n, enviara fuerzas para sacar a los piratas de la isla. Tienen �xito, pero se repiten las circunstancias: al dejar el lugar, regresan los piratas. Fue la �poca en la que Barbillas se asent� en la isla y desde ah� captur� barcos y desmantel� bodegas de otros nav�os. Es decir, mientras no se estableciera un grupo de habitantes, la regi�n cambiar�a de posesi�n con relativa facilidad.
Se vieron regresar los barcos ingleses en 1710, y en su recorrido hundieron una galeota guardacostas. Se hizo imposible admitir eventualidades en la cuesti�n de la laguna de T�rminos, de tal manera que el alcalde mayor de Tabasco, Juan Francisco Medina y Cach�n, propuso una estrategia de desalojo en la que participar�an barcos de la Armada de Barlovento, con base en Veracruz, y las fuerzas navales de Tabasco y Campeche. Los buques seleccionados en Campeche para la expedici�n fueron: la fragata Nuestra Se�ora de la Soledad, propiedad del alcalde Ángel Rodr�guez de la Gala; la fragata de Andr�s Benito, la balandra de Sebasti�n Garc�a, dos galeotas guardacostas y varias piraguas para el servicio de los buques. M�rida y Campeche aportaron de sus cajas reales la cantidad de 7 945 pesos para la compra de comestibles, pertrechos de guerra y carena de las embarcaciones. Los movimientos preliminares estaban en operaci�n cuando tuvieron que suspenderse: lleg� a Campeche el marino Agust�n Toledo, procedente de Laguna, advirtiendo que se encontraban en la isla tres fragatas inglesas, una de ellas con 20 ca�ones, otra de 16 y la �ltima con 10; adem�s, dos bergantines sin artiller�a estaban preparados para pedir ayuda a Jamaica. Finalmente, la quinta expedici�n parti� de Campeche el 7 de diciembre de 1716, al mando del sargento mayor del presidio de Veracruz, Alonso Felipe de Andrade; los piratas fueron nuevamente derrotados, pero esta vez las fuerzas triunfadoras no se retiraron, sino que establecieron en la isla una guarnici�n. El desalojo, se�ala Calder�n Quijano:
[...] es una p�gina ciertamente gloriosa de la historia espa�ola en Am�rica. Con notable inferioridad num�rica, llev� a cabo un ataque naval contra los ingleses, logrando su apresamiento casi total y oblig�ndolos a abandonar los buques y el contrabando, dentro de unas condiciones extremadamente ben�volas.