En 1821 la ciudad sufrió el amago pirata de la goleta Circasiana, y poco antes del bongo Imposible; estas circunstancias hicieron que en diferentes años su defensa contara con una compañía de infantería permanente con la fuerza de 100 plazas, otra de caballería y tres compañías de milicia activa que componían la Quinta División del Norte, aumentando, además, con un destacamento de artillería que, al mando de un oficial, con la fuerza de 20 hombres, se trasladaba armado desde Veracruz, hasta que arreglado el ejército nacional se compuso la guarnición con un batallón activo guardacosta designado a la isla por la ley del 20 de agosto de 1823, compuesto de 600 plazas, una compañía de infantería permanente de 120 plazas, creada por ley del 20 de diciembre de 1826, y un piquete de caballería de un oficial y 20 hombres, destinados por decreto del 16 de mayo de 1829, con un destacamento de un oficial y 20 artilleros de la plaza de Campeche que se relevaba anualmente.
Sin embargo, el gobierno del país no tenía una idea clara de la ubicación geográfica de la isla, a tal grado que Iturbide, por disposición del 2 de septiembre de 1822, hizo depender al Carmen del estado de Puebla. En agosto de 1823, queriendo corregir este error, se dispuso que se incorporara a la jurisdicción de Tabasco; pero en agosto de 1824 regresó a Yucatán. Se le concedió el título de villa por disposición gubernativa del 2 de octubre de 1828, con su respectivo escudo: un león posado sobre la isla que es devorado por el águila; alrededor lleva la siguiente leyenda: "La Laguna por Yucatán y ambas por la República Mexicana".
En el año de 1841 se concedió a la villa del Carmen, por decreto de 26 de octubre, la categoría de puerto de altura por la importancia de su comercio marítimo.También participó en las vicisitudes nacionales, pugnas entre federalistas y centralistas, y conflictos bélicos. Siguiendo el destino de la península, cuando ocurrió la escisión de la República Mexicana en la década de 1840, se inclinó por la separación y por la neutralidad; en 1846, en la guerra contra los Estados Unidos, siguió el criterio que había adoptado el 8 de diciembre de ese mismo año el Ayuntamiento de Campeche: sin ser ajeno a la presión popular, en una reunión se pronunció por un aplazamiento de la reincorporación hasta que el gobierno nacional se mostrara estable. Señala el historiador Bolívar que el Carmen fue ocupada por fuerzas estadounidenses al mando del comodoro Perry, quien hizo el trazo de la Parroquia; las autoridades del estado se pusieron en contacto con las fuerzas de ocupación. Luis Ramírez Aznar nos ha hecho saber que, desde que pidieron la neutralidad, el grupo político de Santiago Méndez había establecido comunicación con el comodoro Perry a través de un enviado especial, llamado José Robira, de nacionalidad española, criado en los Estados Unidos y avecindado en el Carmen; el propio Méndez había visitado al comodoro en el puerto de Veracruz. La neutralidad de Yucatán fue aceptada a condición de facilitar la ocupación de la Isla del Carmen, que sería base estadunidense en la región por su importancia. Robira presidió una junta popular en la que los vecinos pidieron al comodoro Perry que no se retirara de la isla cuando se firmara la paz entre los Estados Unidos y México, sino hasta que el Supremo Gobierno estuviese en condiciones de atender la seguridad y defensa del Carmen. Esta exposición, firmada el 5 de junio de 1848, aludía a la propia beligerancia entre los dos países, así como a la Guerra de Castas que tenía a la península en estado de alarma:
Ahora que la guerra de los bárbaros ha hecho tantos progresos y que a consecuencia de ellos fluye diariamente a esta isla una inminente inmigración, que ésta no trae consigo más que el hambre devoradora y la más lamentable indigencia: los exponentes suplican continúe la ocupación militar de esta isla, mientras el gobierno de México pueda enviar fuerzas a ocuparla y defenderla, quedando los productos líquidos de las rentas aduanales a beneficio de la desventurada península de Yucatán.
A partir de 1848, debido a la guerra social, se incrementó la población del Carmen y de Sabancuy; el Partido contaría 12 352 habitantes en el año de 1852, sumados los establecidos en Palizada. La villa del Carmen se incendió en los días del 16 al 18 dé marzo de 1850. El guano de los techos, el clima y la debilidad de las construcciones propició que éstas fueran barridas por el fuego, tragedia cuyo origen resultaba sospechoso. Pero la población sobrevivió y tres años más tarde se planificó con el impulso de la autoridad ejercida por el general Tomás Marín.
El incendio dejó en la miseria a quienes habían sido prósperos comerciantes; un ejemplo es la desaparición de la empresa Preciat y Gual, que perdió mercancías por 10 000 pesos y edificios que se calcularon con un valor de 30 000 pesos; o la casa MacGregor, que desapareció al reducirse a cenizas tres edificios que tenían un costo de 20 000 pesos; Domingo Trueba perdió en mercancías y edificios 56 000 pesos. Otros tuvieron la suerte de no perder en el incendio la totalidad de sus bienes, y se salvaron dos de las más importantes comercializadoras de palo de tinte: Benito Anizán y Victoriano Nieves. Esteban Paullada salvó también su patrimonio.
Poco tiempo después, en noviembre de 1853, únicamente la región que comprendía la isla fue declarada territorio federal; posteriormente, su jurisdicción se amplió el 15 de julio de 1854, extendiéndose desde Punta Varaderos hasta el río San Pedro y San Pablo, en la costa. El Ayuntamiento de Campeche, a moción del regidor Francisco Estrada Ojeda, acordó recomendar al Superior Gobierno de la península hacer todos los esfuerzos posibles para reincorporar al estado el territorio del Carmen; el gobierno de Yucatán solicitó al Congreso Constituyente de 1856 la restitución de aquella parte separada y, después de algunas discusiones, se reintegró a la entidad peninsular.
Sin embargo, es preciso aclarar una situación que paralizó inquietudes políticas; Sierra O'Reilly se ocupó en su momento de poner los puntos sobre las íes, recordando que en las décadas anteriores Campeche había sido cuna, fuente y raíz de la población del Carmen, y que todo ello se hacía a un lado para recibir el calificativo majadero de ciudad amurallada miserable y caduca; sólo el espíritu de partido e intereses impulsó aquel desprendimiento, auspiciado por el dictador Antonio López de Santa Anna, cuyos propósitos fueron, durante 27 meses de su régimen, fraccionar los grandes estados de la nación para imponer más fácilmente el yugo y la influencia del poder centralista.
La población, antes de formar parte del estado, ya había logrado integrar su personalidad: de entre los barrios más característicos se encontraban El Guanal, que fue poblado por familias de Palizada, Atasta y Campeche; el barrio del Jesús, el de Tila, fundado por familias yucatecas que llegaron huyendo de la Guerra de Castas; la Puntilla, de pescadores; el Salitral, cercano al arroyo de los franceses, y el de Fátima, para sólo citar algunos.
