En 1821 la ciudad sufri� el amago pirata de la goleta Circasiana, y poco antes del bongo Imposible; estas circunstancias hicieron que en diferentes a�os su defensa contara con una compa��a de infanter�a permanente con la fuerza de 100 plazas, otra de caballer�a y tres compa��as de milicia activa que compon�an la Quinta Divisi�n del Norte, aumentando, adem�s, con un destacamento de artiller�a que, al mando de un oficial, con la fuerza de 20 hombres, se trasladaba armado desde Veracruz, hasta que arreglado el ej�rcito nacional se compuso la guarnici�n con un batall�n activo guardacosta designado a la isla por la ley del 20 de agosto de 1823, compuesto de 600 plazas, una compa��a de infanter�a permanente de 120 plazas, creada por ley del 20 de diciembre de 1826, y un piquete de caballer�a de un oficial y 20 hombres, destinados por decreto del 16 de mayo de 1829, con un destacamento de un oficial y 20 artilleros de la plaza de Campeche que se relevaba anualmente.
Sin embargo, el gobierno del pa�s no ten�a una idea clara de la ubicaci�n geogr�fica de la isla, a tal grado que Iturbide, por disposici�n del 2 de septiembre de 1822, hizo depender al Carmen del estado de Puebla. En agosto de 1823, queriendo corregir este error, se dispuso que se incorporara a la jurisdicci�n de Tabasco; pero en agosto de 1824 regres� a Yucat�n. Se le concedi� el t�tulo de villa por disposici�n gubernativa del 2 de octubre de 1828, con su respectivo escudo: un le�n posado sobre la isla que es devorado por el �guila; alrededor lleva la siguiente leyenda: "La Laguna por Yucat�n y ambas por la Rep�blica Mexicana".
En el a�o de 1841 se concedi� a la villa del Carmen, por decreto de 26 de octubre, la categor�a de puerto de altura por la importancia de su comercio mar�timo.Tambi�n particip� en las vicisitudes nacionales, pugnas entre federalistas y centralistas, y conflictos b�licos. Siguiendo el destino de la pen�nsula, cuando ocurri� la escisi�n de la Rep�blica Mexicana en la d�cada de 1840, se inclin� por la separaci�n y por la neutralidad; en 1846, en la guerra contra los Estados Unidos, sigui� el criterio que hab�a adoptado el 8 de diciembre de ese mismo a�o el Ayuntamiento de Campeche: sin ser ajeno a la presi�n popular, en una reuni�n se pronunci� por un aplazamiento de la reincorporaci�n hasta que el gobierno nacional se mostrara estable. Se�ala el historiador Bol�var que el Carmen fue ocupada por fuerzas estadounidenses al mando del comodoro Perry, quien hizo el trazo de la Parroquia; las autoridades del estado se pusieron en contacto con las fuerzas de ocupaci�n. Luis Ram�rez Aznar nos ha hecho saber que, desde que pidieron la neutralidad, el grupo pol�tico de Santiago M�ndez hab�a establecido comunicaci�n con el comodoro Perry a trav�s de un enviado especial, llamado Jos� Robira, de nacionalidad espa�ola, criado en los Estados Unidos y avecindado en el Carmen; el propio M�ndez hab�a visitado al comodoro en el puerto de Veracruz. La neutralidad de Yucat�n fue aceptada a condici�n de facilitar la ocupaci�n de la Isla del Carmen, que sería base estadunidense en la regi�n por su importancia. Robira presidi� una junta popular en la que los vecinos pidieron al comodoro Perry que no se retirara de la isla cuando se firmara la paz entre los Estados Unidos y M�xico, sino hasta que el Supremo Gobierno estuviese en condiciones de atender la seguridad y defensa del Carmen. Esta exposici�n, firmada el 5 de junio de 1848, alud�a a la propia beligerancia entre los dos pa�ses, as� como a la Guerra de Castas que ten�a a la pen�nsula en estado de alarma:
Ahora que la guerra de los b�rbaros ha hecho tantos progresos y que a consecuencia de ellos fluye diariamente a esta isla una inminente inmigraci�n, que �sta no trae consigo m�s que el hambre devoradora y la m�s lamentable indigencia: los exponentes suplican contin�e la ocupaci�n militar de esta isla, mientras el gobierno de M�xico pueda enviar fuerzas a ocuparla y defenderla, quedando los productos l�quidos de las rentas aduanales a beneficio de la desventurada pen�nsula de Yucat�n.
A partir de 1848, debido a la guerra social, se increment� la poblaci�n del Carmen y de Sabancuy; el Partido contar�a 12 352 habitantes en el a�o de 1852, sumados los establecidos en Palizada. La villa del Carmen se incendi� en los d�as del 16 al 18 d� marzo de 1850. El guano de los techos, el clima y la debilidad de las construcciones propici� que �stas fueran barridas por el fuego, tragedia cuyo origen resultaba sospechoso. Pero la poblaci�n sobrevivi� y tres a�os m�s tarde se planific� con el impulso de la autoridad ejercida por el general Tom�s Mar�n.
El incendio dej� en la miseria a quienes hab�an sido pr�speros comerciantes; un ejemplo es la desaparici�n de la empresa Preciat y Gual, que perdi� mercanc�as por 10 000 pesos y edificios que se calcularon con un valor de 30 000 pesos; o la casa MacGregor, que desapareci� al reducirse a cenizas tres edificios que ten�an un costo de 20 000 pesos; Domingo Trueba perdi� en mercanc�as y edificios 56 000 pesos. Otros tuvieron la suerte de no perder en el incendio la totalidad de sus bienes, y se salvaron dos de las m�s importantes comercializadoras de palo de tinte: Benito Aniz�n y Victoriano Nieves. Esteban Paullada salv� tambi�n su patrimonio.
Poco tiempo despu�s, en noviembre de 1853, �nicamente la regi�n que comprend�a la isla fue declarada territorio federal; posteriormente, su jurisdicci�n se ampli� el 15 de julio de 1854, extendi�ndose desde Punta Varaderos hasta el r�o San Pedro y San Pablo, en la costa. El Ayuntamiento de Campeche, a moci�n del regidor Francisco Estrada Ojeda, acord� recomendar al Superior Gobierno de la pen�nsula hacer todos los esfuerzos posibles para reincorporar al estado el territorio del Carmen; el gobierno de Yucat�n solicit� al Congreso Constituyente de 1856 la restituci�n de aquella parte separada y, despu�s de algunas discusiones, se reintegr� a la entidad peninsular.
Sin embargo, es preciso aclarar una situaci�n que paraliz� inquietudes pol�ticas; Sierra O'Reilly se ocup� en su momento de poner los puntos sobre las �es, recordando que en las d�cadas anteriores Campeche hab�a sido cuna, fuente y ra�z de la poblaci�n del Carmen, y que todo ello se hac�a a un lado para recibir el calificativo majadero de ciudad amurallada miserable y caduca; s�lo el esp�ritu de partido e intereses impuls� aquel desprendimiento, auspiciado por el dictador Antonio L�pez de Santa Anna, cuyos prop�sitos fueron, durante 27 meses de su r�gimen, fraccionar los grandes estados de la naci�n para imponer m�s f�cilmente el yugo y la influencia del poder centralista.
La poblaci�n, antes de formar parte del estado, ya hab�a logrado integrar su personalidad: de entre los barrios m�s caracter�sticos se encontraban El Guanal, que fue poblado por familias de Palizada, Atasta y Campeche; el barrio del Jes�s, el de Tila, fundado por familias yucatecas que llegaron huyendo de la Guerra de Castas; la Puntilla, de pescadores; el Salitral, cercano al arroyo de los franceses, y el de F�tima, para s�lo citar algunos.
