El desorden administrativo, la lucha de los grupos por el poder pol�tico, la defensa de intereses particulares -que llegaron incluso a destacar la neutralidad en la guerra entre M�xico y los Estados Unidos- y la explotaci�n de los ind�genas en el campo fueron circunstancias que, presentes por cerca de tres d�cadas, alentaron el levantamiento de los naturales en contra de los blancos. La explosi�n social aconteci� el 15 de enero de 1847 en Valladolid y en julio en Tepich, donde la crueldad escribi� en la historia una verdadera p�gina tr�gica. Asesinatos y destrucci�n de poblaciones alarmaron a los poderosos grupos de criollos y mestizos que dominaban la pen�nsula desde Campeche y M�rida; en la primera regi�n, la invasi�n ind�gena penetr� la zona conocida como los Chenes.
Los naturales pusieron un coraje inaudito en sus avances, acaso fastidiados no solamente por el trato rudo e injusto de autoridades y hacendados, sino tambi�n por el incumplimiento de la promesa de dotarlos de tierras. Destacaron en particular las proclamas levantiscas de Santiago Im�n en 1836 y en diciembre de 1846. Llegaron a representar peligro en 1848, cuando estuvieron a punto de ocupar el puerto amurallado y la capital emeritense. Dice al respecto Negr�n:
El efecto general de la guerra fue desastroso; extensas �reas de cultivo fueron destruidas, pueblos enteros desaparecieron, el Estado se ver�a obligado a solicitar ayuda extranjera a cambio de ofrecer la soberan�a yucateca y, en fin, se inici� el vergonzoso tr�fico de mayas a La Habana en calidad de esclavos.
Los acontecimientos fueron tan alarmantes que el gobierno estatal, ante la indiferencia del gobierno nacional (que remit�a mensualmente 80 000 pesos para el sostenimiento del ej�rcito de 600 hombres que, en 1849, operaba en San Luis Potos� al mando del general Bustamante, y se mostraba negligente en socorrer a Yucat�n con 15 000 pesos para atender las exigencias de esa ominosa guerra en la que ten�an comprometidos a m�s de 16 000 hombres en campa�a), hizo que el gobernador Barbachano firmara un contrato con el coronel White, residente de Nueva Orle�ns, para que contratara con cargo a los recursos de Yucat�n, y adem�s ofreci�ndoles tierras a voluntarios o mercenarios que pelearan en contra de los ind�genas. Entre 500 y 600 mercenarios llegaron por Sisal y fueron incorporados a las tropas yucatecas, pero su comportamiento fue desordenado, sin disciplina, y su desempe�o provoc� que meses despu�s fueran regresados a Nueva Orle�ns, habi�ndoles cubierto sus haberes. La medida se justific� ante la necesidad de terminar lo m�s pronto posible la guerra con los llamados b�rbaros. Ante la visible falta de tropa, la opini�n sol�a estar de acuerdo en que participaran soldados de otros pa�ses como auxiliares de los peninsulares.
La crueldad campe� en la Guerra de Castas, ejercida lo mismo por blancos que por ind�genas; no se distingui� edad ni sexo. Gonz�lez Navarro, en un libro sobre la materia, explica que, por ejemplo, los comandantes hicieron negocio al hacer trabajar a los prisioneros en sus haciendas y a las mujeres en las casas de familias acomodadas de M�rida y Campeche. Los hu�rfanos fueron parte del bot�n. En otros casos los indios eran ahorcados y los soldados a caballo arrastraban sus cad�veres. Los mayas enfrentaron con valor la desgracia y marchaban con paso firme al pat�bulo, donde "ellos mismos se acomodaban la soga al cuello y esperaban la muerte sin derramar una l�grima ante sus verdugos".
En 1849 descendi� el peligro para las principales poblaciones blancas, que recibieron numerosos refugiados del interior. La Guerra de Castas elev� considerablemente la poblaci�n del Carmen, a donde huyeron familias del Camino Real. Otras buscaron abrigo en Estados Unidos y Cuba y algunas m�s se fueron a radicar al territorio brit�nico de Belice, del cual se opinaba en aquellos d�as que hab�a sido por m�s de dos tercios de siglo un foco inmundo de contrabando, y durante la Guerra de Castas proveedor de armas y municiones a los pueblos sublevados, lo que hac�a imposible la terminaci�n de la contienda. Los mayas se replegaron, pero fueron perseguidos hasta principios del siglo XX.
La alternancia en el poder entre mendistas —fuertes en Campeche— y barbachanistas —poderosos en M�rida— prosigui� alentando discordias y disidencias, adem�s de seguir propiciando las diferencias entre centralistas y federalistas que en la d�cada de 1850 acaudillaron Mariano Arista, Antonio L�pez de Santa Anna y Juan �lvarez, quien con la Revoluci�n de Ayutla del 1� de marzo de 1854 abri� el campo a la Reforma, lo que repercuti� en Campeche como aviso inminente de la creaci�n del estado del mismo nombre.
El bipartidismo alternante en el gobierno result� fatal. Tanto Santiago M�ndez como Miguel Barbachano pusieron en marcha el p�ndulo federalismo- centralismo, econom�a- pol�tica y las circunstancias no s�lo no los favorecieron, sino que alentaron la anarqu�a y la desarticulaci�n regional.
Todos estos problemas obligaron a soluciones radicales. Al amparo de las ideas renovadoras que impuls� la revoluci�n de Ayutla con la expulsi�n del equipo del general Santa Anna del gobierno y la aparici�n de los liberales que enarbolaron la bandera de la Constituci�n Pol�tica de 1857, en Campeche se inici� el cambio generacional de hombres y pol�ticas.
