El gobierno federal de Guadalupe Victoria consigui� terminar su cuatrienio constitucional con cierta tranquilidad, y esa situaci�n repercuti� en los estados. Pero cuando se inici� la violencia de facciones, tambi�n sacudi� a Campeche. La guarnici�n militar a cuyo frente estaban Ignacio de la Roca y Jos� Segundo Carvajal levant� un acta el 6 de noviembre de 1829 para admitir el centralismo y segregar Yucat�n hasta que se adoptase generalmente el referido sistema federal. Asonadas y motines fueron el ritmo constante en la pen�nsula: gobernadores y comandantes militares se pasaban la estafeta creando un ambiente de incertidumbre con el pretexto de respaldar corrientes ideol�gicas que ocultaban los intereses econ�micos de prominentes ciudadanos de Campeche y M�rida. En noviembre de 1832 Roca y Carvajal fueron desplazados por el jefe de la guarnici�n de M�rida, Sebasti�n L�pez de Llergo, y el de Hecelchak�n, Francisco de Paula Toro, quienes reconocieron a las autoridades locales de corte federalista derrocadas en 1829. En el a�o de 1833 se efectuaron elecciones, de las que resultaron los l�deres Juan de Dios Cosgaya y Santiago M�ndez como gobernador y vicegobernador, respectivamente; pero poco tiempo despu�s, en 1834, los desplazaron y alcanz� la gubernatura Francisco de Paula Toro, quien el 1� de septiembre de 1835 admiti� otra vez el sistema centralista, que habr�a de derrumbarse al a�o siguiente. El general Toro fue un personaje en Campeche no solamente por sus andanzas en la pol�tica, sino porque realiz� mejoras materiales que los habitantes recordaron durante mucho tiempo, entre ellas (y que ha sobrevivido) se encuentra el teatro que lleva su nombre, elegante escenario de actos culturales y de la vida pol�tica de la entidad. El teatro se inaugur� en 1834, y se han presentado obras como Orestes o Agamen�n vengado, zarzuelas, �peras y bailes como el que Parish Robertson describi� en 1849:
El Teatro de Campeche, tan bonito como cualquier teatro de cualquier ciudad provinciana de Europa, lo convirtieron en un espl�ndido sal�n de baile para atraer a todas las bellezas campechanas [...] toda la hilera de palcos bajos la llenaba la �lite, la flor y nata de Campeche, adem�s hab�a sillas en el propio sal�n para los danzantes. Todas vest�an a la europea.
A partir de 1838, en la vor�gine militarista, empez� a discutirse con mayor insistencia la corriente pol�tica af�n al federalismo, lo que vino a dificultar las relaciones del estado con el ejecutivo centralista. Adem�s, en 1840 se levant� el general Santiago Im�n, que cont� con apoyo de grupos simpatizantes de la corriente federal. La rebeli�n de Im�n tuvo como resultado que, ocupado Valladolid, se firmara un documento que restablec�a la Constituci�n de 1824. Al recibir, entre otras, la adhesi�n de la guarnici�n de M�rida, admiti� la exigencia de separar Yucat�n del gobierno central hasta el restablecimiento del federalismo. Secundado el movimiento, tuvo �xito y regresaron como gobernador y vicegobernador Cosgaya y Santiago M�ndez, que hab�an sido derrocados en 1834. El Congreso estatal declar� la vigencia de la Constituci�n de 1824 y la separaci�n de Yucat�n de la rep�blica. Con las nuevas elecciones Santiago M�ndez se elev� a la gubernatura y siguieron las negociaciones para reincorporar el territorio a la naci�n, lo que significa que las fuentes de la soberan�a no alimentaron una postura ni de rivalidad ni tan definitiva que no considerara la uni�n al pa�s. Se trat� de una controversia de partidos m�s que de ideolog�as. As�, se lleg� a la tr�gica d�cada de 1840, cuando las cuestiones p�blicas se agitaron todav�a con m�s fuerza, como los acontecimientos que continuaron; y despu�s de la independencia se suprimi� la part�cula San Francisco de su nombre, y en cambio se le concedi� el t�tulo de Heroica el 2 de septiembre de 1834 en reconocimiento al pueblo campechano por su esfuerzo en apoyo de la Constituci�n y el federalismo. El 8 de septiembre de 1840 se le otorg� la facultad de hacer anteceder las palabras Muy Heroica y Liberal.
La Constituci�n de 1841 ten�a notables innovaciones, como el juicio de amparo. En 1842 Santa Anna, dictador vers�til, conmin� a la regi�n a la reincorporaci�n, dej�ndose sentir vientos de guerra: como no se lleg� a una conciliaci�n, los l�deres M�ndez en Campeche y Barbachano en M�rida establecieron las medidas necesarias para enfrentar a las tropas centralistas que en agosto de 1842 ocuparon el Carmen y avanzaron sobre Champot�n, Seybaplaya y Lerma con 1300 hombres y cuatro barcos de guerra y tres transportes, todos al mando del general Juan Morales. El sitio a Campeche inici� con una fuerza que ya entonces se dijo que compon�an 4 000 hombres; el cerco se prolongar�a por varios meses. Refiere Joaqu�n Baranda que la verdadera campa�a por Yucat�n se inici� en Campeche. Toda la suerte qued� al abrigo de sus murallas, y la guerra contra las tropas de M�xico se hizo popular y entusiasta, de manera que blancos e ind�genas unieron fuerza y �nimo para combatir a quienes consideraban invasores. Figur� entre los defensores de la plaza Cecilio Chi, quien a�os despu�s acaudill� a los mayas en la Guerra de Castas, que a su grito se inici� el 30 de julio de 1847.
Hubo momentos de epopeya y de oscuridad, como por ejemplo la traici�n del general Pedro Lemus hacia los peninsulares cuando hizo fracasar una posible victoria en la Eminencia. En febrero de 1843 se libr� una batalla en Chin�, donde muertos y heridos no justificaron la acci�n, pues la conjugaci�n de valor y denuedo de ambas partes las priv� de la victoria, pero ah� mismo se escribi� un hecho memorable cuando el 3 de febrero el ej�rcito mexicano acamp� para interrumpir las comunicaciones con las fincas productoras de v�veres. El coronel L�pez de Llergo, jefe de las fuerzas campechanas, le orden� al teniente coronel Manuel Oliver que con 500 hombres y dos piezas de artiller�a los fuera a combatir en la noche. El gu�a que marcaba la ruta de Oliver con los batallones 16 y el ligero permanente se extravi� de tal manera que desorientado condujo mal a los campechanos, quienes de improviso se dieron cuenta de que se encontraban sobre los bordes de las trincheras del enemigo. Era el amanecer del 4 de febrero y, pasada la sorpresa de los dos bandos, entraron en lucha cuerpo a cuerpo. Despu�s de algunas horas de combate Oliver dispuso la retirada, abandonando una pieza de artiller�a cargada de metralla. Los soldados mexicanos persiguieron a los que se retiraban y fueron hacia el lugar donde estaba el ca��n, pero antes de que llegaran a la pieza abandonada fueron vistos por el joven Esteban Paullada, quien r�pidamente regres� para prender la mecha, lo cual hizo que los perseguidores se lanzaran a la tierra para defenderse del fuego. Pero la mecha no cumpli� su fin y los soldados volvieron a ponerse en pie para atacar con bayoneta calada. En esos momentos Paullada dispar� su carabina sobre el o�do del ca��n, ardi� la estopa y el estruendo cobr� sus v�ctimas entre ellas el mismo comandante Andrade de las fuerzas mexicanas. L�pez de Llergo recibi� en el campamento a los soldados con hachones y toques de fanfarria, y Paullada se hizo acompanar del ca��n como trofeo a su temeridad. La autoridad dispuso que en la rec�mara del ca��n se grabara la inscripci�n El Paullada. Finalmente, las tropas mexicanas capitularon en el lugar conocido con el nombre de Tixpehual, cerca de M�rida, el 9 de mayo de 1843. Hubo designaci�n de comisionados que llegaron al acuerdo, entre otros, de reincorporar Yucat�n a la rep�blica. El 14 de diciembre de ese a�o convinieron la reanexi�n y otros puntos respecto al r�gimen interior, comercio, aranceles y dem�s asuntos necesarios para la continuaci�n de la vida pol�tica y econ�mica de Yucat�n.
Violaciones y desacuerdos hicieron de la reintegraci�n del estado una ficci�n, y �ste volvi� a invocar la soberan�a estatal, de modo que el 8 de diciembre de 1846 se produjo una rebeli�n en Campeche. La reintegraci�n volvi� a posponerse durante el conflicto contra los Estados Unidos.
Lleg� un momento en que el gobierno estatal acept� la reincorporaci�n a la rep�blica sobre bases federalistas, siempre y cuando se respetaran los convenios de 1843. Pero el estado no particip� en los conflictos de M�xico con los Estados Unidos, ya que la posici�n de Campeche como puerto comercial importante lo hac�a vulnerable a un enfrentamiento b�lico. Por esto el 8 de diciembre de 1846 el Ayuntamiento se pronunci� por el aplazamiento de la reincorporaci�n, acontecimiento que finalmente tuvo efecto en 1848.
