A partir del ahorcamiento de Teporame dio inicio un periodo de paz en la zona situada al norte de Parral, territorio de tarahumaras y conchos. Ello permiti� que los espa�oles empe�aran sus mejores esfuerzos b�licos en la lucha contra los tobosos, al oriente del Valle de San Bartolom�. En esas condiciones, los espa�oles repoblaron lentamente los asentamientos que hab�an abandonado desde el inicio de las hostilidades en 1645. Al mismo tiempo, se fundaron nuevas poblaciones y misiones; nuevas minas atrajeron pobladores y el ganado ocup� terrenos nuevos. Las misiones franciscanas del Valle de San Bartolom� hab�an sido reconstruidas desde 1649, mientras que San Francisco de Conchos no se repobl� sino hasta 1667. Las misiones jesuitas en territorio tarahumara fueron ocupadas nuevamente 20 a�os despu�s, en la d�cada de 1670.
En 1659 los franciscanos fundaron la misi�n de Nuestra Se�ora de Guadalupe (m�s tarde Paso del Norte), y en 1660 la misi�n de Casas Grandes. Con el tiempo, estas dos misiones ganar�an fama por la cantidad y calidad de sus producciones agr�colas. Tambi�n entre 1660 y 1668 nacieron las misiones de Bach�niva, Namiquipa, Babonoyava y Santa Isabel. Junto con este avance misional, algunos pobladores civiles se arriesgaron a internarse en estas tierras en cierto modo reconquistadas, llevaron sus ganados, establecieron peque�as explotaciones agr�colas y mineras. Fue en este tiempo cuando los mineros hicieron descubrimientos de vetas prometedoras en zonas aleda�as a los asentamientos tarahumaras conocidos como San Bernab�.
La expansi�n franciscana contrastaba con una cierta resignaci�n de los jesuitas, quienes parec�an contentarse con su trabajo en la Baja Tarahumara, es decir, en las misiones de Huejotit�n y Balleza. Para 1673, sin embargo, hab�a surgido un conflicto de intereses entre jesuitas y franciscanos, sobre todo por una disputa en torno al dominio del f�rtil valle del Papigochic. Los franciscanos hab�an comenzado a trabajar con tarahumaras en esa zona, cosa que los jesuitas reclamaron como una invasi�n jurisdiccional. Alegaban que ellos hab�an iniciado el trabajo misional en esa zona, pero que se hab�an visto obligados a abandonarlo a causa de los levantamientos de los a�os anteriores. En una junta celebrada en Parral en 1673, jesuitas y franciscanos resolvieron sus querellas y se ratificaron los linderos jurisdiccionales entre ambas �rdenes: los conchos y las tierras bajas para los franciscanos, y los tarahumaras y las tierras altas para los jesuitas.
A partir de entonces, los jesuitas comenzaron una febril tarea misional que incluy� la refundaci�n de misiones y la apertura de otras nuevas. Entre 1674 y 1676 los jesuitas fundaron las misiones de San Bernab�, Carichic, Nonoava, Coy�chic y Cerro Prieto. Tambi�n repoblaron la misi�n del Papigochic. En estos a�os se abri� la zona conocida como la Bav�cora a la explotaci�n econ�mica de los europeos; su fertilidad ser�a aprovechada por las misiones jesuitas.
Estos a�os de expansi�n fueron notables. El adinerado Valerio Cort�s del Rey presum�a de contar con 42 000 vacas en las riberas del Conchos. En 1679, cuando logr� que la Corona autorizara la fundaci�n de su mayorazgo, contaba con una fortuna que se calculaba en 300 mil pesos. El mayorazgo era un privilegio que otorgaba la Corona para garantizar la herencia de los bienes a uno solo de los hijos, por lo general el mayor. Era transmisible de generaci�n en generaci�n y era una forma de perpetuar la fortuna y el linaje de una familia. La producci�n agr�cola de estos asentamientos circulaba de manera preponderante hacia Parral, el n�cleo de poblaci�n espa�ola m�s importante de la zona. Las misiones de Casas Grandes y de Nuestra Se�ora de Guadalupe enviaban sus excedentes al mercado parralense. El comercio con Santa Fe ya estaba plenamente establecido, sobre todo en el comercio de borregos y lana. Del mismo modo, los v�nculos con Sonora, a trav�s de la Sierra Madre, eran pr�ctica cotidiana. Se intercambiaban semillas, piloncillo y trabajadores. Los yaquis continuaban llegando en buen n�mero a Parral y al Valle de San Bartolom�. Jesuitas y franciscanos ve�an aumentar el n�mero de indios evangelizados, los bautizos sumaban miles y las misiones lentamente comenzaban a adquirir un peso econ�mico considerable. Adem�s de lograr la autosuficiencia, las misiones ten�an facultades para vender sus excedentes. �sta fue una pr�ctica com�n en las misiones de esta zona. Por otro lado, varios denuncios de tierra mostraban la paulatina expansi�n de los espa�oles hacia el oriente.
Sin embargo, las semillas de la violencia no hab�an sido extra�das de este suelo. La expansi�n espa�ola, civil y religiosa, que se ha rese�ado atr�s, hab�a tenido lugar a costa de territorio ind�gena y tra�a consigo la intensificaci�n de la explotaci�n de los cursos tarahumaras y conchos: m�s trabajo, m�s tierra, m�s agua, m�s bosque de los ind�genas quedaban bajo control espa�ol. Los ind�genas parec�an esperar una ocasi�n propicia.