Apenas desembarcado en Acapulco en la primavera de 1536, don Antonio de Mendoza remiti� a Hern�n Cort�s el traslado de una carta enviada con urgencia por Francisco Pizarro desde el Per�, haciendo saber que estaba sitiado en la ciudad de Los Reyes, es decir; en Lima; se encontraba en situaci�n tan extrema que "si no era por mar, no podr�a salir".
De inmediato, el marqu�s provey� auxilios al conquistador del Per� y envi� dos naves al mando de Hernando de Grijalva, con soldados, caballos, artiller�a y armas, am�n de regalos para su persona. Aquella coyuntura de auxiliar a Pizarro vino a hacer realidad un viejo proyecto de Hern�n Cort�s, a saber, comerciar con el Per� para rehacer, de alg�n modo, los numerosos gastos ocasionados en las varias aventuras que hab�a financiado. Por otra parte, desde 1532 se hab�a observado en la Nueva Espa�a un inter�s creciente por el atractivo que despertaba el oro peruano, lo que provocaba que grupos de espa�oles avecindados en esta tierra marcharan al Per�.
A prop�sito de este movimiento entre la Nueva Espa�a y el reino del Per� es oportuno se�alar que tambi�n hubo vecinos de Colima que fueron contagiados por aquel se�uelo y se embarcaron a los dominios de Pizarro, o vinieron de all� para quedarse.
Con el doble objeto de explorar la pen�nsula de Baja California y seguir tras el rastro de Diego Hurtado de Mendoza, desaparecido desde 1532, Hern�n Cort�s envi� tres nav�os —Santa �gueda, Santo Tom�s y Trinidad— al mando de Francisco de Ulloa, el 8 de julio de 1539 desde Acapulco. La primera etapa fue al puerto de Santiago de Buena Esperanza, en Colima, donde la expedici�n tuvo que demorarse por un mes, para reparar la Santa �gueda y cargar vituallas. A poco de estar de nuevo en la mar, el Santo Tom�s zozobr�. Con las dos naves restantes, Francisco de Ulloa continu� viaje y lleg� a Santa Cruz a fines de agosto. De ah�, cruzaron el golfo y reconocieron las costas de Sinaloa y Sonora; m�s adelante hallaron un buen puerto al que nombraron el Puerto de los Puertos y luego "la mar toda bermeja". Siguiendo la costa alrededor de la pen�nsula, hallaron el r�o Colorado, al que llamaron Anc�n de San Andr�s, a m�s de 100 leguas del Puerto de los Puertos. Ulloa anota en su relaci�n que durante todo este largo trayecto no alcanz� a ver "ninguna persona, ni se�al de ella, ni creo que tal tierra pueda ser poblada". Iniciado el retorno, el 19 de octubre tocaron la bah�a de Santa Cruz, donde descansaron varios d�as y cargaron agua y le�a. El 4 de noviembre pasaron por Cabo San Lucas para encontrar en los d�as sucesivos frecuentes tormentas.
Despu�s de hacer un balance de los bastimentos que todav�a quedaban, Ulloa decidi� seguir s�lo con la nao Trinidad, y despachar a la Santa �gueda hacia la Nueva Espa�a con la relaci�n de su viaje, que dat� el 5 de abril de 1540. De los descubrimientos hechos y del trazo de las costas, el piloto Domingo del Castillo, que acompa�� a Francisco de Ulloa en esta expedici�n y que un a�o despu�s acompa�ar�a a Fernando de Alarc�n, traz� un notable mapa, fechado en 1541.
Mientras aquella expedici�n abr�a nuevos espacios, el conflicto entre el virrey Mendoza y el marqu�s del Valle se hab�a agudizado. De hecho, el 24 de agosto de 1539, don Antonio de Mendoza gir� instrucciones para que todos los nav�os que salieran o entrasen en los puertos de la Mar del Sur registraran pasajeros y mercanc�as ante las justicias de los mismos. Por otra parte, el propio virrey ten�a decidido organizar su propia expedici�n. Cuando el Santa �gueda toc� el puerto de Santiago de Buena Esperanza, en Colima, un marinero que salt� a tierra para llevar noticias a Cort�s —quien por cierto por esos d�as hab�a marchado a Espa�a— fue detenido y recibi� tormento. La nao sigui� hasta Huatulco, en Oaxaca, puerto que, desde 1537, ven�a siendo el principal punto de apoyo t�ctico que ten�a el marqu�s en el Pac�fico, sobre todo de cara al comercio con el Per�. All� tomaron preso al piloto y a los marineros.
G�mara descalific� la aventura de Ulloa: un a�o dur� en la mar y no hubo "nueva de ninguna tierra; m�s fue el ruido que las nueces". El fin de Ulloa, como el de tantos capitanes de las armadas cortesianas, tambi�n fue tr�gico. Un buen d�a estaba en tierra descansando, cuando un soldado "le dio estocadas, donde le mat�". Otras versiones dicen que pas� luego a Espa�a y estuvo en la batalla de Argel en 1541.
As� culminaron los trabajos de Cort�s por el control de la Mar del Sur. Desde la perspectiva de los hombres de tierra adentro, las expediciones cortesianas para descubrir la Mar del Sur fueron un total fracaso. G�mara escribe:
Pensaba Hern�n Cort�s hallar por aquella costa y mar otra Nueva Espa�a; pero no hizo m�s de lo que tengo dicho, con tanta nao como arm�, aunque fue all� �l mismo. Se cree que hay grandes islas y muy ricas entre Nueva Espa�a y la Especier�a. Gast� doscientos mil ducados, seg�n la cuenta que daba, en estos descubrimientos; pues envi� muchas m�s naos y gente de lo que al principio pens�, y fueron causa [...] de que hubiese que volver a Espa�a, coger enemistad con el virrey don Antonio, y tener pleito con el Rey sobre sus vasallos; pero jam�s nadie gast� con tanto �nimo en semejantes empresas.
Desde el punto de vista n�utico, los logros fueron mucho mayores: se establecieron los fundamentos para la navegaci�n por el Pac�fico desde M�xico, adem�s de descubrirse la pen�nsula de California, que signific� tanto en lo que se refiere a las rutas hacia el Oriente.
En lo que respecta a Colima, sus puertos —Zapotlanejo, Zacatula, Salagua, Aguatl�n o Santiago de Buena Esperanza y Navidad— se convirtieron en enclaves fundamentales para aprovisionar a los nav�os, cobijarlos en tiempos de tormenta y repararlos cuando padec�an aver�as; tambi�n sirvieron de escala para soldados y mercader�as, a ellos llegaban las nuevas, favorables o dolorosas, de las expediciones. De aquella a�eja tradici�n de una Colima marinera, peri�dicamente alarmada por la presencia de los piratas, quedaba a�n el vistoso t�tulo que honraba a los alcaldes de esta villa y provincia: "general del Armada que al presente va a las Islas del Poniente".
No obstante sus ra�ces mar�timas, esta tierra fue dando la espalda a su mar. Los �ltimos alientos fueron cuando Sebasti�n Vizca�no puso en movimiento la costa para sus empe�os. Colima entonces se hizo terrestre, por m�s que los mapas de la �poca le dieran identidad marinera. En lugar de tener por puerta abierta a la Mar del Sur, raz�n misma de su fundaci�n y de su existir, aquel oc�ano se le cerr�.
