Diez a�os hab�an transcurrido desde el asesinato del primer gobernador del Estado, general Manuel �lvarez, hasta que constitucionalmente protestaba don Ram�n R. de la Vega el 1� de noviembre de 1867 su gubernatura. Diez a�os durante los cuales hombres ajenos a Colima y a su identidad llevaron las riendas del poder enarbolando banderas distintas. Diez a�os en que la autonom�a de la nueva entidad no existi� y en los cuales, una vez m�s, Jalisco llev� la voz cantante. En esos a�os dolorosos y sangrientos, la buena convivencia en Colima sufri� serios embates y se agriaron las relaciones en el interior de la misma sociedad.
A�os tambi�n de violencia, de fuertes contingentes militares, de proliferaci�n de partidas de guerrilleros, trajeron consigo la destrucci�n sistem�tica de siembras y cosechas, de ranchos y haciendas. Arboles y ganados fueron desapareciendo del paisaje del estado. La destrucci�n ecol�gica fue una de las m�s graves consecuencias que trajo aquella triste d�cada. Por otra parte, una vez m�s, Manzanillo destac� como lugar estrat�gico para el contrabando, la importaci�n de armamentos y salida de efectos, a pesar de las enormes dificultades de tr�nsito existentes entre el puerto y la capital del estado. Los sucesivos proyectos para crear una l�nea de vapores a trav�s de la laguna de Cuyutl�n y construir un tramo de ferrocarril desde el desembarcadero de los mismos hasta Manzanillo, no se pudieron llevar a efecto.
Aquellos a�os dejaron tambi�n otras ruinas.
Los restos de las partidas de guerrilleros, acostumbrados al saqueo y al pillaje, no pod�an f�cilmente incorporarse al nuevo orden. El bandolerismo se hizo end�mico y fue extendi�ndose por la regi�n y las comarcas vecinas. Tantos hombres de tropa de uno u otro bando, hab�an dejado por todas partes un reguero de desolaci�n y de familias desintegradas. Empobrecido el pa�s, destruidas las estructuras productivas, muchos de aquellos soldados ahora engrosaban las filas del paro. Los vagos formaban tropeles que deambulaban de un punto a otro de la geograf�a, incrementando los �ndices de la delincuencia y el temor de los vecinos bien pensantes que no se atrev�an a cruzar los desolados caminos. El comercio se abati� y el riesgo por hacer inversiones frenaba las urgentes medidas a aplicar para poner en pie a la naci�n.
Por otra parte, tambi�n en Colima se dio durante estos a�os una importante recomposici�n de la propiedad r�stica y urbana a causa de la desamortizaci�n de los bienes eclesi�sticos y otras corporaciones. Pero a pesar de todos los problemas se acord� la contrataci�n del alumbrado de la ciudad de Colima y se inaugur� el tel�grafo en la capital del estado y en Manzanillo.
Entre 1860 y 1880 Colima experiment� en el plano econ�mico una fuerte expansi�n, basada, en una primera fase, en el auge comercial, que coincidi� con una gran demanda de algod�n y la exportaci�n de grandes cantidades de productos locales a los Estados Unidos en momentos en que este pa�s padec�a la guerra civil. Al parecer, esta r�pida expansi�n comercial empez� a destruir una econom�a cerrada y autosuficiente y vinculaba a Colima, a trav�s de un comercio vigoroso, con Europa y Norteam�rica.
Como capital, Colima era el centro del comercio: intercambiaba principalmente arroz, az�car, caf�, frutas tropicales, limones, algod�n y otros productos agr�colas y mineros que pasaban hacia Manzanillo para ser embarcados a Europa y a los Estados Unidos. Tambi�n su producci�n se vend�a a otras partes del pa�s. A Colima, en cambio, llegaban todo tipo de productos manufacturados, principalmente de ferreter�a y otros implementos agr�colas y maquinaria. Las telas, los embutidos, las medicinas y los vinos tambi�n ocuparon un lugar importante en el intercambio.
Colima se convirti� as� en un centro importante de distribuci�n hacia el interior, particularmente con los estados de Michoac�n y Jalisco, con lo cual el incremento del tr�fico comercial y de la arrier�a fue notable; los empleos aumentaron, las peque�as villas crecieron y, en general, se expandieron las actividades econ�micas.
En el orden pol�tico, Francisco Santa Cruz fue nombrado gobernador, cargo que desempe�� hasta 1873. En 1874, y hasta 1877, Filomeno Bravo fue el nuevo gobernador. Durante este tiempo se fund� el Liceo de Varones; se inauguraron varias obras de importancia, tanto p�blicas como de salubridad. En 1877 su tard�a adhesi�n al Plan de Tuxtepec fue la causa de que Porfirio D�az lo sustituyera por el general Doroteo L�pez.
Colima, un estado que si bien hab�a padecido durante largos diez a�os las inclemencias de la guerra y los graves da�os en su identidad, no se hab�a dividido interiormente con la acritud manifestada en otras regiones. Un factor de est�mulo y renovaci�n fue la actitud del clero local y de algunos vecinos que pusieron empe�o por crear la di�cesis de Colima. Aquel movimiento esperar�a a�os hasta cuajar, pero la demora sirvi� para dar articulaci�n y vida a una sociedad maltratada y malherida.