Durante la ocupaci�n de Colima por las fuerzas imperiales, se llev� a cabo la reestructuraci�n territorial y administrativa del pa�s, mediante el Estatuto Provisional del Imperio Mexicano (10 de abril, 1865). Seg�n �ste, se creaban ocho grandes comisar�as imperiales integradas por departamentos. A la Comisar�a de Guadalajara se le asignaron los departamentos de Jalisco, Colima, Aguascalientes, Zacatecas, Nayarit, Michoac�n, Tanc�taro y Coalcom�n. De acuerdo con tal divisi�n, el departamento de Colima aument� en extensi�n territorial y tras diversas gestiones realizadas por Jos� Mar�a Mendoza, prefecto superior del nuevo departamento, se crearon los distritos de Colima, Manzanillo, Zapotl�n, Sayula y San Gabriel. Colima, no obstante, por aquellos d�as vivi� algunos sue�os, como cuando Tranquilino Alem�n visit� la ciudad trayendo consigo el primer globo aerost�tico. El 8 de junio de 1865, estuvo haciendo maromas a gran altura ante el congojo de las se�oras, las argumentaciones cient�ficas de los notables y la extremada atenci�n de la chiquiller�a.
El imperio de Maximiliano, sin embargo, ten�a las horas contadas, sobre todo cuando perdi� el apoyo de Napole�n III. Aparte de la tragedia que la guerra cosechaba en los campos de batalla, la represi�n ejercida por las autoridades, tanto liberales como imperiales en sus correspondientes territorios, iba en aumento. En Colima, el prefecto Jos� Mar�a Mendoza y la corte marcial creada para perseguir de oficio a quienes resistieran al imperio, pusieron manos a la obra. La sociedad estaba entre la espada y la pared. Dentro, las dr�sticas medidas dictadas por la autoridad imperial; afuera, la proliferaci�n de los guerrilleros, en especial los comandados por Julio Garc�a, quien hostilizaba la regi�n desde Trojes.
Cuando el Jefe de gendarmer�a imperial general Alfredo Berthelin, m�s conocido por la Avispa, pas� por Colima hacia Manzanillo custodiando una conducta, Mendoza crey� que era la oportunidad de combatir a Julio Garc�a. Acept� Berthelin la propuesta a su regreso de Manzanillo. Corr�a el mes de noviembre de 1866. En un paso llamado El Guayabo, las fuerzas imperiales sucumbieron ante los guerrilleros de Julio Garc�a. La cabeza de la Avispa fue primero colocada en una escarpia en la hacienda de Trojes como trofeo de guerra; luego, introducida en una casta�a de alcohol y remitida a Colima. Un mes despu�s, en las cercan�as de Jala, los conservadores sufrieron otro descalabro. Terminaba el a�o de 1866 y el desorden en las fuerzas imperiales iba creciendo. El 21 de diciembre ca�a Guadalajara. El general imperialista Felipe N. Chac�n, huyendo, lleg� con 2 000 hombres a Colima y destituy� a Mendoza, quien de inmediato se dio a la fuga embarc�ndose para Nayarit. Chac�n se dedic� a fortificar la ciudad. A mediados de enero de 1867 hicieron acto de presencia las fuerzas de Julio Garc�a y Antonio Guadarrama teniendo varios encuentros sangrientos en La Cruz Gorda, por el rumbo de Villa de �lvarez, sufriendo por ambas partes numerosas bajas. El 31 del mismo mes arrib� el general Ram�n Corona, jefe supremo del Ej�rcito Republicano de Occidente. Ante su presencia la ciudad se rindi� y se firm� un armisticio. Evacuada la plaza por el general Chac�n, Corona hizo su ingreso y restituy� en la gubernatura a don Ram�n R. de la Vega el 2 de febrero. Don Ram�n design� por presidente municipal al villalvarense Miguel Baz�n. D�as despues, Corona regresaba a Guadalajara llev�ndose consigo a algunos elementos locales cuyas pretensiones pod�an colocar en dificultades al gobierno apenas restablecido.
El 15 de mayo de 1867, en Quer�taro se derrumbaba el imperio y el emperador Maximiliano era fusilado. Con su muerte, mor�a un proyecto de naci�n para instaurarse otro.
