La prosperidad, aunque relativa, de la que goz� Colima hasta la d�cada de 1880 gracias a su expansi�n comercial, empez� a decaer a partir de entonces, principalmente debido a la construcci�n del ferrocarril hacia Veracruz y la frontera de los Estados Unidos desde Guadalajara y otras ciudades importantes del interior. As�, Manzanillo era abatido por otros puertos del pa�s. Sin embargo, a pesar de la disminuci�n en el rubro del comercio y de la producci�n algodonera, se manten�a al alza la producci�n de ma�z, az�car, arroz y caf�. Pero despu�s de 1908 la variedad de los productos comerciales disminuy�, e incluso muchos de ello desaparecieron.
En t�rminos de la organizaci�n del campo, la parte principal de la tierra cultivable estaba en propiedad de las haciendas, pero, como lo hace notar John Adrian Foley, si bien estaba concentrada, lo estaba en menor proporci�n que en otras partes de la Rep�blica. Por ejemplo, en 1910 en Colima se catalogaban como haciendas s�lo 43 propiedades, y 294 aparec�an como ranchos con menos de 100 hect�reas.
En el �mbito econ�mico general, la apertura comercial y la competencia repercutieron en la p�rdida de un amplio sector industrial y artesanal que no pudo competir con los productos manufacturados provenientes del extranjero, particularmente despu�s de 1908, cuando Colima se enlaza con Guadalajara, aunque el hecho en s� mismo fue visto con optimismo, e incluso como el principio de una nueva era econ�mica.
En el campo social, los 30 a�os que corresponden al porfiriato fueron de reacomodo y movilidad, pues los comerciantes capitalistas, ante el declive de las relaciones comerciales en unos casos y ante su �xito en otros, terminaron por invertir en la compra de tierras, pasando a conformar o ensanchar el grupo de los propietarios rurales. Los Vogel o Schondoube fueron trabajadores de compa��as extranjeras cuando llegaron a Colima, pero poco despu�s fueron exitosos comerciantes que pose�an almacenes propios, y finalmente terratenientes. Esta historia es parecida a la de Francisco Santa Cruz. originario de Sonora, lleg� a la entidad como marinero com�n y corriente, para luego convertirse en comerciante exitoso, hacendado importante y m�s tarde pol�tico y gobernador del estado.