Tampoco debemos descartar el papel ejercido por la Iglesia, o al menos por algunos de sus miembros. Impulsado por el obispo Aten�genes Silva, a partir de 1900 se desarrolla el movimiento social cat�lico, que tuvo como protagonistas mayores en Colima a los padres Urs�a y Carrillo. Ellos, junto con un menguado n�mero de sacerdotes y laicos, fundaron en nivel nacional la Obra de los Congresos y celebraron varios de ellos. Aquellos pioneros ten�an por retos, entre otros, la grav�sima situaci�n de los campesinos, faltos de tierra y en condiciones infrahumanas, el riesgo del socialismo en el medio obrero, y el alcoholismo como enfermedad social. Entre los instrumentos que promovieron para la soluci�n de los graves problemas sociales a la luz de la enc�clica de Le�n XIII, Rerum novarum (1892), estuvieron la creaci�n de los c�rculos cat�licos y el fomento de las cajas de ahorro, adem�s de las tradicionales obras de beneficencia: asilos, hospitales, escuelas, etc�tera, para m�s tarde propiciar la creaci�n del Partido Cat�lico Nacional y los sindicatos. En varias parroquias de la di�cesis de Colima funcionaron aquellos c�rculos, integr�ndose campesinos, obreros y propietarios, paliando en alguna medida los dolorosos efectos de la pobreza y la injusticia. Para John Adrian Foley, "en Colima, a diferencia de otras partes de la Rep�blica, la Iglesia estaba no s�lo m�s cerca de los corazones de la gente, sino m�s enredada en su idea de progreso".
Mientras, en la capital de la Rep�blica ca�an asesinados Madero y Pino Su�rez, y el general Victoriano Huerta ocupaba la presidencia. Alamillo se aprest� a reconocer el nuevo r�gimen. A pesar de ello, en ciertos medios locales se ve�a que la situaci�n del gobernador Alamillo hab�a venido a menos y era la oportunidad de derrocarlo. El complot fue urdido por J. Cruz Campos, maestro en Comala, a quien se unieron Eugenio Avi�a y el doctor Miguel Galindo, apoyados por F�lix D�az desde M�xico y subvencionados por el acaudalado comerciante colimense Blas Ruiz. El gobernador Alamillo, tan pronto tuvo noticias del alzamiento, envi� a sus fuerzas en persecuci�n de los amotinados que se hab�an refugiado en las inmediaciones de Juluapan. Tras horas de combate, fueron desalojados. Cay� muerto el profesor Campos en el campo de batalla; los dem�s huyeron, siendo aprehendidos algunos que de inmediato fueron ejecutados en el cementerio de Villa de �lvarez. Llevando los cad�veres atravesados en las monturas y atados con fuertes reatas, entr� la tropa capitaneada por el coronel Romualdo S�nchez por las calles de Colima.
Aquella noche, en la Plaza Principal y frente a Palacio, una multitud se hizo presente en se�al de protesta por la masacre. Daban la cara como corifeos de aquella manifestaci�n Francisco Cruz Ceballos y Francisco Santa Cruz Ram�rez, hijo y nieto respectivamente del ex gobernador Santa Cruz, y los gritos alcanzaron a Alamillo: "�Viva el general F�lix D�az! �Viva el general Huerta! �Muera el mal gobierno!" Cuando Alamillo sali� al balc�n para dirigirse a la multitud, lo recibieron con gritos y disparos. Desde Palacio, simpatizantes del gobernador y la fuerza p�blica respondieron al fuego. La multitud se dispers� quedando los cad�veres sobre el suelo.
Al d�a siguiente, Trinidad Alamillo tuvo que salir de emergencia a la ciudad de M�xico, llamado por el gobierno de Huerta. Ya no regres� como gobernador. Detr�s de �l quedaron, sin embargo, su memoria y las huellas de su trabajo: llen� de �rboles el parque Hidalgo, paviment� la Plaza Principal y coloc� en ella un kiosco importado de Alemania, impuls� la educaci�n con la colaboraci�n de Abraham Castellanos, erigi� una escuela industrial para hu�rfanos en lo que fue un d�a la f�brica de La Atrevida, y estimul� la plantaci�n de palmas de coco en todo el estado. Resentido con Huerta por haberlo desplazado del poder, Alamillo se levantar�a en armas en su oportunidad y en favor del constitucionalismo.
A mediados de julio de 1914, ante la presencia cercana de Obreg�n, el Congreso local design� una delegaci�n integrada por Ignacio Gamiochipi, el doctor Gerardo Hurtado y Salvador Ochoa para que acudieran a la hacienda de Queser�a, donde estaba el campamento carrancista, a ofrecer la entrega pac�fica de la capital y del estado. Ochoa, a medio camino, desisti� de la tarea; los otros dos, al presentarse ante Obreg�n, fueron detenidos. Sabiendo que la plaza estaba desguarnecida, �ste orden� al coronel Jes�s Trujillo ocupar la plaza con una avanzada de 400 yaquis sin entrar en componendas con grupo alguno; adem�s dio instrucciones a la guerrilla de Alamillo de secundar la operaci�n. Divididos en dos grupos, entraron en la ciudad por la calzada Galv�n y por el curso del r�o de Colima, para encontrarse en la Plaza Principal.
Los funcionarios del gobierno esperaban la entrada pac�fica del ej�rcito carrancista, pero al ver huir al gobernador, corrieron a la estaci�n de ferrocarril para escapar hacia Manzanillo. En la estaci�n, ya ocupada por los yaquis, fueron detenidos y algunos de ellos pasados por las armas. Entre los cad�veres qued� Dar�o Pizano, a quien Gonzalo Su�rez dispar� a quemarropa, saldando as� la venganza por el crimen que aqu�l hab�a cometido en Tepames cinco a�os atr�s. El d�a 19 de julio a�n consumir�a m�s sangre. Trujillo y sus yaquis se dirigieron a la hacienda de la Albarradita, donde estaban acuartelados 100 federales. Aun cuando el oficial que estaba al mando de aquellos rurales se entreg�, Trujillo orden� fusilar a todos.
Al frente del Ejecutivo qued� Juan G. Cabral, a quien siguieron Eduardo Ruiz, Ignacio Padilla y Juan Jos� R�os. Apenas ocup� este la jefatura del estado fue llamado a Guadalajara, dejando en su lugar a Wistano Orozco. A los pocos d�as empezaron a merodear en las cercan�as partidas villistas. El 28 de noviembre de 1914 atacaron la ciudad de Colima pero fueron desalojadas por Orozco. Ese mismo d�a, temiendo el regreso de los atacantes, Wistano Orozco tom� el tren hacia Manzanillo. El 29, al saber de la huida del gobernador, los villistas entraron en la capital entre m�sica, cohetes y repiques de campanas. Al frente de ellos ven�an Rafael G�mez Espinosa, rico terrateniente de la localidad, y su hijo Fidel, que entraron en palacio. De inmediato fue elegido gobernador G�mez Espinosa. Todav�a estaba festejando el acontecimiento cuando le alcanz� el rumor de que los yaquis, al son de tamborcillos, entraban por las calles de Colima. El p�nico cundi� entre todos y se dieron a la fuga. G�mez Espinosa s�lo fue gobernador 12 horas.
A pesar de las m�ltiples interrupciones que por motivos militares tuvo durante su gubernatura, Juan Jos� R�os —seg�n Blanca Guti�rrez Grageda— "imprimi� una profunda huella en la sociedad colimense", desde que se hizo cargo del puesto a fines de 1914 hasta que restableci� el orden constitucional en 1917.
Al ritmo de lo que acontec�a en otras entidades federativas, en Colima el gobierno constitucionalista acus� al clero de haber venido explotando la ignorancia y el fanatismo de las masas, y prohibi� el cobro del "diezmo, las primicias y otras gabelas" por "antiecon�micos" e "inmorales". Adem�s, incorpor� a la beneficencia p�blica el Hospicio para Ni�as, el correspondiente de ni�os y el colegio de San Luis; incaut� el seminario, el obispado y algunos templos, erigiendo en el del Beaterio una biblioteca p�blica, inaugurada por Venustiano Carranza cuando visit� Colima. La pol�tica anticlerical fomentada por Juan Jos� R�os fue, sin duda, motivada por las ideas imperantes en el momento y no tanto por efecto de la situaci�n eclesial colimense. John Adrian Foley acierta cuando dice: "por ello los ataques en su contra fueron m�s bien ataques contra Colima y su gente". Las consecuencias de aquella pol�tica aflorar�an un decenio despu�s.
Con la colaboraci�n de Basilio Vadillo, director general de Educaci�n P�blica, Juan Jos� R�os impuls� �sta declar�ndola de inter�s p�blico; le otorg� facultades para intervenir en todos los establecimientos de ense�anza y obligar a los particulares a sujetarse a sus lineamientos. Orden�, adem�s, que los propietarios de haciendas agr�colas e industriales sostuvieran con sus propios medios una escuela para los hijos de sus obreros, quedando prohibido el trabajo de los ni�os en edad escolar. Por �ltimo, estimul� a los maestros aument�ndoles el sueldo hasta en 100%; procur� organizarlos con el objeto de que pudieran interpretar de modo uniforme las leyes del ramo, programas escolares y disposiciones reglamentarias, y tambi�n para ventilar en el seno del propio magisterio las nuevas ideas en materia educativa; para ello convoc� a un Congreso Pedag�gico, restableci� la Escuela Normal y adapt� las instalaciones del Colegio Civil para escuela de Artes y Oficios.
Aquel militar no pod�a soportar, en las circunstancias por las que pasaba la
naci�n y el estado que gobernaba, el menor asomo de cr�tica. Denunciando "el
libertinaje de prensa", clausur� El Popular —cuyo propietario era
Salvador Saucedo— y advirti� que no permitir�a peri�dico alguno que no simpatizara
con la causa constitucionalista. Seg�n �l, era preciso "ser implacables con
el enemigo" en tanto no triunfara plenamente la Revoluci�n.
