Entre las acciones de guerra m�s importantes protagonizadas durante le revoluci�n cristera, sin duda estuvo el asalto a Manzanillo por fuerzas combinadas de Jalisco y Colima al mando del general Jes�s Degollado. Sorpresivamente, el 24 de mayo de 1928 los cristeros cayeron sobre el puerto. La inesperada presencia del ca�onero Progreso complic� los movimientos, pero como �ste no pod�a bombardear a la ciudad, zarp�. A mediod�a, los cristeros se ba�aban victoriosos en el mar. Sin embargo, hora y media despu�s, arribaba en tren el general Charis. Degollado orden� la retirada, pero algunos hombres del jefe cristero Lucas Cueva quedaron atrapados en el puerto. Despu�s de intenso combate, Charis recuper� Manzanillo. Las bajas cristeras fueron de entre 55 —cifra que da Spectator— y 123 muertos —seg�n informe de Charis—. Por parte de los federales murieron 29, entre oficiales y soldados, al decir de Charis, y seg�n Spectator hubo m�s de 300 bajas. Terminado el combate y tras examinar los motivos de la derrota, se culp� al general cristero Alberto Guti�rrez por no haber llevado a cabo la interrupci�n de las comunicaciones entre Manzanillo y Colima, como se le hab�a ordenado, no s�lo cortando el tel�grafo sino tambi�n afectando la v�a f�rrea. Tambi�n fueron acusados el general Andr�s Salazar y Marcos Torres por no haber amagado Villa de �lvarez y Colima para distraer a las fuerzas federales.
La �ltima fase b�lica del conflicto corri� entre los meses de enero y junio de 1929. Al incrementarse la presencia del ej�rcito nacional, las fuerzas cristeras optaron por la que ser�a su mejor estrategia: las acciones guerrilleras y los ataques sorpresivos en zonas desguardadas, increment�ndose las tareas de sabotaje, en particular contra el ferrocarril entre Ciudad Guzm�n y Manzanillo. Estos incidentes se hicieron repetitivos. Seg�n el general Charis, los cristeros "ten�an una gran red de peque�os y grandes campamentos" en las zonas bajo su control, sin "hacerse visibles, aprovechando bosques y barrancas", se reun�an "cuando por sorpresa pretend�an asaltar a un tren, batir una escolta de corto efectivo, o atacar alg�n peque�o destacamento".
Dos factores vinieron a agravar la situaci�n: la rebeli�n de Manzo y Escobar en el norte, y las lluvias que hicieron crecer los r�os dificultando el movimiento de las tropas. Jean Meyer concluye al respecto:
El pesimismo cundi� de tal manera entre los elementos del gobierno que muchos agraristas buscaron acuerdos locales con los cristeros y aumentaron las deserciones entre los federales [...] en tales circunstancias, el estado qued� pr�cticamente en manos de los cristeros que, para entonces, hab�an formado sus propios ayuntamientos en los pueblos. La gran ofensiva cristera de marzo, abril y mayo fue seguida por un poderoso contraataque federal a partir del 22 de mayo de 1929; el �ltimo y m�s duro que tuvieron que enfrentar los combatientes del volc�n.
Adem�s de las fuerzas de Charis, llegaron m�ltiples refuerzos: entre �stos, el general Eulogio Ortiz, el segundo hombre m�s importante del ej�rcito mexicano, con 4 000 soldados, con los generales L�zaro C�rdenas y Figueroa, en tanto que cinco barcos de la marina estaban surtos en Manzanillo y una escuadrilla de aviones en el aeropuerto de Colima. El 22 de mayo empez� el bombardeo sobre los volcanes y el 28 la ofensiva por tierra. Los pilotos ten�an instrucciones de bombardear cuanto campamento localizaran y "ametrallar a quienes hallaran en despoblado". Tales consignas obligaban a la poblaci�n a permanecer reconcentrada en sus pueblos. Era la guerra total.
La gran ofensiva, sin embargo, tuvo endebles resultados. De vuelta a Colima, el balance del general Charis era m�nimo: cuatro prisioneros, dos individuos se rindieron y 35 armas hab�an sido recogidas. Por su parte, aunque hablaba de "notable �xito", el general Ortiz s�lo informaba de haber aprehendido a un cristero. El general Figueroa consider� que su ataque desde San Gabriel hab�a sido provechoso dando por resultado la rendici�n de muchos rebeldes y el desaliento de otros. Su logro mayor hab�a sido capturar 300 familias.
Los cristeros se hab�an hecho ojo de hormiga. Su t�ctica ante el ataque frontal de los federales fue desaparecer aqu� para resurgir m�s all�. Pronto, sin embargo, lo que el ej�rcito nacional no pudo obtener en campa�a, lo lograr�a en la mesa de negociaciones. El 21 de junio se hicieron p�blicos los "arreglos" entre el presidente Emilio Portes Gil, quien asumi� el poder tras el asesinato del electo �lvaro Obreg�n, y los obispos. De inmediato el obispo Jos� Amador Velasco reanud� los cultos y los soldados de Cristo Rey debieron entregar las armas. Charis se hizo cargo de la situaci�n en Colima tras la partida del general Ortiz. Su labor de concordia no result� f�cil, porque algunos cristeros se negaban al indulto y a entregar las armas. No obstante, las muestras de buena voluntad dadas por el militar eran significativas: devolvi� a la Iglesia los anexos de la Catedral ocupados por la Jefatura de Operaciones y liber� a todos los civiles acusados de rebeli�n. Con la ayuda del padre Enrique de Jes�s Ochoa, Charis pudo al fin convencer a los cristeros. El 31 de julio daba por concluida la campa�a. "Venciendo obst�culos de consideraci�n, propios de pasiones nacidas entre elementos regionales de criterio opuesto", al fin triunfaron los anhelos de paz.
No se puede olvidar una realidad: aquellos a�os fueron de guerra civil, a la que se fue llegando poco a poco y, por lo mismo, tras tantas tragedias y miserias, tambi�n poco a poco sus heridas fueron sanando. Adem�s, ha sido presentado con frecuencia el cristero como un movimiento contrarrevolucionario y fan�tico: tuvo de lo uno y de lo otro, lo mismo que sucedi� en el campo contrario y en el discurso oficial durante d�cadas. Pero tambi�n tuvo caracter�sticas muy definidas de "revoluci�n": se combati� por la justicia, las libertades y la democracia aunque a muchos les cueste trabajo entenderlo. Fue, sin duda, el despertar de las conciencias.
