El gobierno republicano puso en seguida especial atenci�n a las cuestiones educativas, en el entendido de que era la mejor v�a para lograr la modernizaci�n integral de la sociedad. En consecuencia, se propon�a instruir a todos y cada uno de los estratos de la poblaci�n, incluyendo a los ind�genas para incorporarlos al modo de vida de la mayor�a de los mexicanos y, sobre todo, evitar una guerra de castas. Personajes como Ram�n Corona y Emeterio Robles Gil habr�an de dejar importantes testimonios de su preocupaci�n por la educaci�n de los indios, haciendo constantes llamados y esfuerzos para proporcionarles los recursos que elevaran su nivel de vida.
Una medida educativa de gran trascendencia se tom� en mayo de 1867, cuando el gobernador Antonio G�mez Cuervo expidi� la Ley del Magisterio que establec�a un m�nimo de conocimientos para los mentores. Adem�s, un a�o despu�s, puso en vigor la Ley de Ense�anza P�blica del Estado de Jalisco, que hab�a expedido Ogaz�n en 1862, la cual dispon�a, entre otras cosas, que la educaci�n p�blica fuera gratuita, impartida por el Estado y subdividida en:
Primaria, manejada por los ayuntamientos con planteles para ni�os de cada sexo.
Secundaria, impartida en los liceos y dirigida por las juntas cantonales, tambi�n con locales para cada sexo.
Profesional, exclusivamente en el Instituto de Ciencias, coordinado y dirigido por la Junta Directiva de Estudios y financiado por el gobierno. Este instituto operar�a �nicamente en Guadalajara y su misi�n ser�a la de preparar profesionales de la medicina, la abogac�a, las ciencias f�sicomatem�ticas y la farmacolog�a.
Asimismo, en octubre de 1868, el gobernador sustituto Robles Gil prohibi� la ense�anza religiosa en los establecimientos oficiales. Pero en compensaci�n levant� el veto de que la jerarqu�a eclesi�stica operara centros educativos.
Durante el mandato de Vallarta se promovieron otros cambios importantes a la Ley de Ense�anza de 1862, entre los que destac� la obligatoriedad de la instrucci�n primaria para todos los ni�os entre los cinco y doce a�os.
En el medio rural, las escuelas de primer nivel estuvieron siempre ligadas a las haciendas o a otros centros perif�ricos de producci�n. De este modo, no fue raro que se inculcara a los infantes una absoluta obediencia al patr�n y a la Iglesia.
Es indudable que la mejor�a educativa lograda entre 1868 y 1877 se debi� a la Compa��a Lancasteriana, compuesta por grupos de particulares, nacionales y extranjeros, quienes con recursos econ�micos propios sostuvieron un importante n�mero de escuelas gratuitas para ni�os de familias pobres.
Otra instituci�n importante fue la Escuela de Artes y Oficios de Guadalajara, abierta en 1842, que hasta 1872 cuando ten�a unos 330 alumnos, fue el �nico lugar para capacitar obreros en todo Jalisco. En ese mismo a�o se abrieron la Escuela de Agricultura en Zapopan y otra para sordomudos en Guadalajara.
A pesar de que la ley dispon�a que cada cabecera cantonal deb�a contar con su propio liceo para cada sexo, fuera de Guadalajara s�lo estaban el del padre Guerra, en Lagos, y un seminario en Zapotl�n.
En 1868, apoyado en Juan I. Matute, el gobernador Robles Gil se preocup� tambi�n por la reorganizaci�n del Liceo de Varones de Guadalajara, despu�s del cierre ocasionado en 1863 por la Intervenci�n francesa. En abril de 1870 el liceo alcanz� los 300 alumnos, aproximadamente, mientras el Liceo de Ni�as apenas ten�a 171 alumnas en 1875.
Cabe aclarar que ninguno de los dos establecimientos sigui� cabalmente el lineamiento
positivista promovido por Gabino Barreda en la ciudad de M�xico. Basta citar,
como ejemplo, que el texto de filosof�a utilizado era de marcada tendencia escol�stica,
contrariamente al que segu�an en esa misma �poca en los planteles equivalentes
de la capital.