Por otra parte, a lo largo de casi tres años —de agosto de 1926 a junio de 1929—, los alzamientos al grito de ¡viva Cristo Rey! en contra del gobierno se recrudecieron en la entidad, sobre todo en los primeros meses de 1927 cuando se extendieron a una buena parte del estado. A raíz de que los rebeldes detuvieron e incendiaron un tren en las inmediaciones de La Barca, en el que viajaban muchos pasajeros civiles y efectivos del ejército, el gobierno federal emprendió una campaña contra la revuelta con muchos más recursos, en especial en la región de Los Altos, donde estaba su meollo.
Resulta que en esta comarca predominaban los ranchos y no las grandes haciendas, por lo que sus habitantes resintieron sobremanera la irrupción de agraristas forasteros que atentaban contra sus pequeñas propiedades. Además, cabe recordar que sus habitantes eran tradicionalmente duchos en la monta de caballos y avezados en el manejo de las armas, lo cual hacía de ellos formidables combatientes. Agréguese a ello que precisamente por ser pequeñas las propiedades y estar bien delimitadas con lienzos de piedras, éstos ofrecieron muchas posibilidades de atrincherarse y esconderse, antes de que el gobierno recurriera a la aviación.
Al finalizar 1927, los cristeros abrigaban la esperanza de un triunfo total,
máxime que se había incorporado a sus huestes Enrique Gorostieta, un general
retirado muy eficiente. Sin embargo, la llegada al país de un nuevo embajador
de Estados Unidos, Dwight W. Morrow, fue aprovechada por la jerarquía eclesiástica
para que abriera un cauce conciliador con el gobierno de la República. Los cristeros,
que sufrieron importantes derrotas, con la consiguiente desmoralización de sus
miembros, pasaron entonces a segundo término. De esta manera, al entablarse
un diálogo directo entre la jerarquía eclesiástica y el Estado, durante el primer
trimestre de 1928, la opinión de los rebeldes ni siquiera fue tomada en cuenta.
Por otro lado, el optimismo de la LNDLR iría desvaneciéndose conforme
avanzaba 1929, sobre todo por la negativa de los católicos estadunidenses a
cooperar con su causa.
La llegada de Emilio Portes Gil a la primera magistratura del país, el 1 de diciembre de 1928, gracias a sus afanes conciliatorios, le abrió al clero la posibilidad de acabar con el conflicto sacando algún provecho. La LNDLR, ante sus fracasos, hizo un último intento de continuar la lucha manifestando su deseo de unirse a la rebelión escobarista escenificada en 1928, siempre y cuando se respetaran los planteamientos propuestos por la liga respecto a la cuestión religiosa. Pero la rebelión escobarista fue sofocada con rapidez al comenzar mayo de 1929.
Para el 7 del mismo mes, Portes Gil declaró a la prensa su buena disposición
de llegar a un acuerdo con las altas autoridades eclesiásticas. En consecuencia,
entre el 5 y el 21 de junio se produjeron varias entrevistas entre Portes Gil
y el arzobispo de México, Leopoldo Ruiz, en las que determinaron la reanudación
de los cultos, con la única condición de que su ejercicio se ajustara a las
leyes vigentes. En el mes de junio murió Enrique Gorostieta, con lo que la LNDLR
quedó acéfala y pudieron acelerarse las negociaciones de paz.
Concertados los Arreglos entre la Iglesia y el Estado, Pascual Díaz se convirtió en arzobispo de México, y Ruiz en delegado apostólico. Los templos se reabrieron el 29 de junio de 1929 y ese mismo día se entrevistaron Orozco y Jiménez y Portes Gil, dando por resultado que el arzobispo de Guadalajara fuese expulsado de nueva cuenta.
Las agresiones del clero a los preceptos educativos gubernamentales y a los
maestros favorecieron que algunos grupos magisteriales procedieran a organizarse
por primera vez. En 1926 se fundó la Unión de Educadores Jaliscienses y después
la Unión de Maestros, la Organizacion Regional de Maestros y la Federación Educacional
Jalisciense. También se conformaron las primeras sociedades de padres de familia
con el objeto de coadyuvar al mejoramiento material de las escuelas, las cuales
serían conocidas como Comités Proeducación. De este modo, en 1931 se observó
una recuperación sensible del número de alumnos matriculados en las escuelas
oficiales de Jalisco, alcanzándose la cantidad de 92 600 alumnos de primaria,
jamás lograda hasta entonces.
