Consecuencia del conflicto religioso fue el debilitamiento de Zuno, lo que aprovecharon sus contrarios para emprender nuevos ataques. Además, Calles se encargó de dividir su grupo ofreciéndole la gubernatura del estado a Alfredo Romo. El caso del mandatario jalisciense se llevó hasta el Congreso de la Unión, en donde se le acusó de reaccionario y delahuertista.
Para evitar que se declarara la desaparición de poderes en Jalisco, Zuno dimitió al cargo el 23 de marzo de 1926. Contra lo que se decía en México, su figura gozaba de un amplísimo respaldo entre la mayoría de los jaliscienses, como quedó demostrado por las enormes concentraciones populares de adhesión que se llevaron a cabo al conocerse su renuncia.
Para suplir a Zuno quedó Clemente Sepúlveda por espacio de tres meses: fue sustituido el 26 de junio por Silvano Barba González, a quien correspondió organizar los comicios para renovar el ejecutivo estatal. Resultó triunfador José María Cuéllar; mas no pudo tomar posesión de su cargo porque se le halló culpable de diversos delitos que lo inhabilitaban para ejercerlo.
En lugar de Cuéllar, el Congreso —controlado ahora por Calles— nombró a Daniel Benítez como gobernador, sólo que éste tampoco duró mucho a causa de su escaso conocimiento del medio. Fue sustituido por Margarito Ramírez, obregonista y amigo supuesto de Zuno, quien al principio conformó su gobierno con muchos zunistas, pero las cosas cambiaron apenas se consolidó en el poder. Entre otras cosas, desmanteló la Confederación de Partidos Revolucionarios de Jalisco y creó el Gran Partido Revolucionario de Jalisco, encabezado por él mismo, al que tuvo que afiliarse el propio Zuno.
El asesinato de Alvaro Obregón, en julio de 1928, debilitó sobremanera lo que quedaba del zunismo en Jalisco, dejando a Ramírez —amigo también de Calles— como el hombre fuerte para encabezar a los revolucionarios jaliscienses, "unidos para cumplir los ideales de Obregón", pero bajo la tutela del presidente Calles.
A principios de 1929, el gobierno de Jalisco remarcó su filiación callista
al patrocinar la agresión a un grupo de partidarios de la candidatura de José
Vasconcelos a la presidencia de la República que esperaban el arribo de éste
a Guadalajara. Sin embargo, estos hechos ayudaron mucho a la caída de Ramírez,
quien, el 8 de agosto de 1929, cedió a José María Cuéllar la gubernatura del
estado. Ello representó un cierto repunte zunista, que además contaba con el
apoyo del ya candidato oficial a la presidencia, Pascual Ortiz Rubio.
