Consecuencia del conflicto religioso fue el debilitamiento de Zuno, lo que aprovecharon sus contrarios para emprender nuevos ataques. Adem�s, Calles se encarg� de dividir su grupo ofreci�ndole la gubernatura del estado a Alfredo Romo. El caso del mandatario jalisciense se llev� hasta el Congreso de la Uni�n, en donde se le acus� de reaccionario y delahuertista.
Para evitar que se declarara la desaparici�n de poderes en Jalisco, Zuno dimiti� al cargo el 23 de marzo de 1926. Contra lo que se dec�a en M�xico, su figura gozaba de un ampl�simo respaldo entre la mayor�a de los jaliscienses, como qued� demostrado por las enormes concentraciones populares de adhesi�n que se llevaron a cabo al conocerse su renuncia.
Para suplir a Zuno qued� Clemente Sep�lveda por espacio de tres meses: fue sustituido el 26 de junio por Silvano Barba Gonz�lez, a quien correspondi� organizar los comicios para renovar el ejecutivo estatal. Result� triunfador Jos� Mar�a Cu�llar; mas no pudo tomar posesi�n de su cargo porque se le hall� culpable de diversos delitos que lo inhabilitaban para ejercerlo.
En lugar de Cu�llar, el Congreso —controlado ahora por Calles— nombr� a Daniel Ben�tez como gobernador, s�lo que �ste tampoco dur� mucho a causa de su escaso conocimiento del medio. Fue sustituido por Margarito Ram�rez, obregonista y amigo supuesto de Zuno, quien al principio conform� su gobierno con muchos zunistas, pero las cosas cambiaron apenas se consolid� en el poder. Entre otras cosas, desmantel� la Confederaci�n de Partidos Revolucionarios de Jalisco y cre� el Gran Partido Revolucionario de Jalisco, encabezado por �l mismo, al que tuvo que afiliarse el propio Zuno.
El asesinato de Alvaro Obreg�n, en julio de 1928, debilit� sobremanera lo que quedaba del zunismo en Jalisco, dejando a Ram�rez —amigo tambi�n de Calles— como el hombre fuerte para encabezar a los revolucionarios jaliscienses, "unidos para cumplir los ideales de Obreg�n", pero bajo la tutela del presidente Calles.
A principios de 1929, el gobierno de Jalisco remarc� su filiaci�n callista
al patrocinar la agresi�n a un grupo de partidarios de la candidatura de Jos�
Vasconcelos a la presidencia de la Rep�blica que esperaban el arribo de �ste
a Guadalajara. Sin embargo, estos hechos ayudaron mucho a la ca�da de Ram�rez,
quien, el 8 de agosto de 1929, cedi� a Jos� Mar�a Cu�llar la gubernatura del
estado. Ello represent� un cierto repunte zunista, que adem�s contaba con el
apoyo del ya candidato oficial a la presidencia, Pascual Ortiz Rubio.
