Una vida política tan agitada y tan violenta malacostumbró a los dirigentes, que sin darse cuenta se dejaron llevar por los radicales de todos colores a un conflicto muy duro entre el gobierno del presidente Calles y los obispos católicos. En Nayarit, como en otros estados, se clausuraron las escuelas católicas y el seminario, se redujo el número de sacerdotes registrados en las oficinas del gobierno. Los obispos contestaron a esta ley reglamentaria del artículo 130 de la Constitución con la suspensión del culto en las iglesias. La gente se disgustó y muchos campesinos se levantaron en armas en Nayarit, como en unos 15 estados del Centro y del oeste de la República. A esa guerra se le llamó Cristiada, y a los guerrilleros Cristeros, porque gritaban ¡viva Cristo Rey! Desde fines de 1926 comenzaron los motines en los pueblos y las rebeliones de campesinos, todas pequeñas y localizadas; ninguna amenazó seriamente al gobierno y Tepic nunca estuvo en peligro de caer en manos de los cristeros. Pero de 1927 en adelante, la cosa se puso muy dura, se multiplicaron los levantamientos y la gente de muchas rancherías y pueblos salió a pelear contra el gobierno.
Como en tiempo del maderismo hubo tres focos revolucionarios: la región de Acaponeta-Escuinapa, ligada al sur de Sinaloa, a Zacatecas y Durango; la zona de Compostela-Ahuacatlán-Ixtlán, ligada a Jalisco, y la sierra en la cual coras y huicholes cristeros ajustan cuentas con sus enemigos de siempre. Los principales jefes cristeros fueron Porfirio Mayorquín, el Pillaco, en el norte, Jesús Rodríguez por Compostela, Chano Flores en el sur, José Zavala en Tepic, y, otra vez, los hermanos Rentería, hijos y nietos de lozadeños.
La represión desatada a ciegas por el ejército contra todo el mundo atizó la hoguera. La guerrilla de "pique y huye" causó muchos problemas al ejército, que no pudo acabar con los insurrectos. Asaltaban los trenes, las minas y las haciendas; cuando se encontraban con una tropa fuerte, no presentaban resistencia y se dispersaban. El gobierno controló siempre las ciudades y las vías de comunicación; los cristeros estaban en el campo y de noche por dondequiera. Hubo empate, nadie pudo acabar con el contrincante. Duró tres largos años la Cristiada, y quién sabe cuántos años más hubiera durado si políticos y obispos no hubieran tenido la inteligencia de hacerse concesiones mutuas para llegar a unos arreglos en junio de 1929.
En Tepic, como en todos los pueblos, como en toda la República, hubo un repique de campanas en grande. ¡La paz había vuelto, las iglesias estaban reabiertas, los cultos otra vez! Entonces la gente pudo darse cuenta de un acontecimiento muy importante que con la guerra había pasado inadvertido: ahora el tren corría de Mazatlán a Guadalajara, pasando por Tepic. Eso era casi tan milagroso como el regreso de la paz. Muchos sufrimientos, muchas muertes habían restado importancia a la llegada del tren.
