El colegio, a partir de la Constituci�n de 1857 y de las Leyes de Reforma, volvi� a ser una instituci�n netamente religiosa. Los gobernadores Vidaurri y Aramberri decretaron la creaci�n del colegio llamado Civil, justamente para distinguirlo del eclesi�stico. La ley de Desamortizaci�n de Bienes, observada en Nuevo Le�n escrupulosamente, dej� a muchas instituciones, y en particular al Seminario, en situaci�n dif�cil. Fue entonces cuando perdi� todas las fincas que pose�a para su sostenimiento.
Para su instalaci�n en 1792, el obispo de Llanos y Vald�s adquiri� una casa frente a la Plaza de Armas (Zaragoza) que ve�a al norte, y haciendo esquina con el callej�n del Ojo de Agua, hoy calle de Zaragoza; inmediato al demolido convento de San Francisco. Hacia 1870 fue instalado en el barrio de las Quintas, al poniente de la ciudad, en la doble manzana comprendida entre las actuales calles de Hidalgo, Bravo, 20 de Noviembre y Padre Mier. El edificio era amplio, de triple patio de arcos y espaciosa huerta. All� estuvo por m�s de cuarenta a�os, hasta 1914 cuando fue intervenido por el gobierno federal. Despu�s de la revoluci�n estuvo muchos a�os el Seminario a espaldas del templo de San Luis Gonzaga, en las calles de Hidalgo y Cuauht�moc. Actualmente dispone de uno de los m�s bellos y espl�ndidos edificios, construido en Garza Garc�a durante el gobierno eclesi�stico del arzobispo Alfonso Espino y Silva.
Fue el Colegio Seminario, durante m�s de sesenta a�os, la m�xima instituci�n cultural en el noreste de M�xico. En sus aulas se formaron los hombres que habr�an de ser los dirigentes de la pol�tica, no solo en Nuevo Le�n, sino en Coahuila, Tamaulipas y en Texas hasta su segregaci�n del territorio nacional. De ese plantel salieron tambi�n los primeros maestros que formar�an m�s tarde la generaci�n de escritores, poetas, humanistas y hombres de ciencia.
