A la muerte de los caudillos insurgentes, fue designada en Monterrey, en abril, una Junta Gobernadora que presidi� Blas Jos� G�mez y que tuvo a su cargo la administraci�n local hasta el 11 de marzo de 1813.
Hab�an quedado en Nuevo Le�n algunos grupos. Rafael y Ram�n Gonz�lez de Hermosillo, en Cadereyta; el lego Juan de Viller�as en R�o Blanco, y otros. Hay constancia de que en Labradores (Galeana) estuvo temporalmente Ignacio L�pez Ray�n, contra quien hab�a orden de aprehensi�n, pero logr� eludirla y continuar sus actividades en Zit�cuaro y otros lugares.
La idea de la insurgencia no acab�. Jos� Herrera, de las fuerzas de Guti�rrez de Lara, procedente de Texas, mantuvo en la regi�n constantes guerrillas. Por Pesquer�a Grande (villa de Garc�a) avanz� a Monterrey y la atac� el 3 de julio de 1813; en el centro de la ciudad, Pedro B�ez Trevi�o, soldado insurgente de Cerralvo, realiz� la haza�a, com�n entonces, de lazar un ca��n realista. Rechazado comandante Jos� Mar�a Sada, sostuvo otro encuentro en Salinas, donde fue derrotado. Ocup� despu�s Vallecillo, el 26 de julio, y, m�s tarde, combati� en la Chorreada, cerca de Cerralvo, para retirarse a Tamaulipas. En honor suyo y en el de Mart�n Herrera, su hermano, fue creado el municipio de los Herrera, en 1874.
Figuraron tambi�n en esta etapa el ex seminarista Policarpo Ver�stegui, y Leandro de la Cruz, quien fue ahorcado entre Pesquer�a y Salinas; Jos� Urbina Cant�, Francisco Carrasco (escribiente de Herrera), Antonio Reyes, seminarista de Durango, y muchos otros, fusilados en la plaza de Mercado (Hidalgo) en Monterrey. Por la parte realista se hab�a distinguido, en la primera �poca, Domingo Narciso de Allende, vecino del valle de la Mota (General Ter�n) y primo de don Ignacio del mismo apellido. Se destacaron tambi�n el comandante Ram�n Perea, Timoteo Monta�ez, Adeodato Vivero, Ventura Ram�n y otros.
Sofocadas estas guerrillas se vivi� en relativa calma, alterada �nicamente por las extravagancias del comandante Joaqu�n de Arredondo. Desde 1811 �ste hab�a sido destinado al norte al mando del Regimiento Fijo de Veracruz, a fin de interceptar el avance insurgente. Hizo campa�as en Tamaulipas y en Texas. En 1814 fij� la comandancia en Monterrey y en 1817 realiz� la campa�a contra las fuerzas de Francisco Javier Mina, en Soto la Marina. Consumada la Independencia, Arredondo sali� de Nuevo Le�n, estuvo refugiado en el convento del Carmen, en San Luis Potos�, y de all� pas� a La Habana, donde muri� en 1837. El comandante Gaspar L�pez qued� en su lugar, convoc� a los vecinos y proclam� la adhesi�n al Plan de Iguala, jurando la Independencia en Monterrey el 3 de julio de 1821.