Vuelto Vidaurri al gobierno a principios de 1860, dio notable impulso al plantel. A fin de estimular a los alumnos fue establecida la fiesta anual de ex�menes p�blicos y de distribuci�n de premios, a partir de 1861. Estos actos eran muy lucidos, con la asistencia del gobernador y de numerosas familias. Se premiaba a los primeros lugares de cada uno de los cursos: latinidad, filosof�a, etc. De cada una de estas fiestas era impreso despu�s un folleto con el desarrollo del programa y con el texto de las piezas oratorias y po�ticas pronunciadas. Estas fiestas escolares dejaron de ser celebradas en 1907, cuando fueron implantados los reconocimientos bimestrales. La fiesta fue sustituida entonces por una "velada cientifico-literaria", de car�cter completamente distinto.
Al ser ocupada Monterrey por los franceses, en 1864, el Colegio qued� convertido en cuartel. Muchos alumnos, encabezados por el catedr�tico Narciso D�vila, se organizaron para combatir. La escuela, sin embargo, sigui� funcionando diseminada y oculta. Las c�tedras se impart�an en los domicilios particulares de los maestros. Al entrar el ej�rcito republicano en 1866, Mariano Escobedo orden� la reapertura del Colegio e inici� una campa�a de adquisici�n de materiales y de recursos para la adaptaci�n de un nuevo local.
Se requer�a de un edificio m�s amplio. El gobierno de Jer�nimo Trevi�o activ� las obras en una vasta construcci�n intervenida tambi�n a la Iglesia: el hospital. Lo hab�a dejado inconcluso el obispo de Llanos y Vald�s y lo hab�a proyectado el arquitecto Juan Crouset, en 1794. Los trabajos fueron lentos. Se realizaron con aportaciones modest�simas de casi todos los pueblos del estado. Las cantidades enviadas por �stos nunca excedieron de cuarenta pesos; de algunos pueblos, a falta de efectivo, fueron recibidos donativos de semillas, jab�n, etc., que se aplicaron al internado. El edificio fue inaugurado el 15 de octubre de 1870 y por muchos a�os fue tal su amplitud que fue posible que funcionaran all� la Escuela Normal —de 1886 a 1903—, el Consejo de Salubridad, la Escuela de Artes y Labores Femeniles, etc�tera.
De tal manera aument� el alumnado, que se establecieron sucursales en algunos de los municipios del estado. En 1877 fueron abiertas las de Salinas Victoria, Mar�n y Linares; la matr�cula en Mar�n fue de once alumnos; en Salinas alcanz� la cifra de 22, que eran atendidos por cuatro catedr�ticos, y su presupuesto lleg� a 740 pesos anuales. Estas sucursales funcionaron durante diez a�os, hasta su clausura en 1887.
De las dependencias m�s importantes del Colegio conviene mencionar al taller de imprenta, aunque modesto, de que fue dotado en 1864. Todav�a en 1890 se hac�an all� trabajos de impresi�n en las dos prensas de que se dispon�a.
La biblioteca empez� a formarse desde los primeros a�os. En 1916 el director, Francisco Beltr�n, inaugur� un local m�s amplio, aunque s�lo ten�a 416 vol�menes. Poco m�s tarde, en 1926, fue enriquecida al adquirirse la biblioteca del ingeniero Ernesto Garc�a Ruiz.
Por carecer de laboratorio, las pr�cticas sol�an hacerse en la botica del doctor Eusebio Rodr�guez. El gobernador Viviano Villarreal adquiri�, en 1881, un gabinete de f�sica y un laboratorio de qu�mica, comprados en Hamburgo. Poco despu�s, en 1889, fue inaugurado el Museo de Historia Natural, adquirido en Par�s por el gobernador Bernardo Reyes. S�lo de mineralog�a lleg� a tener m�s de dos mil muestras. En 1902 fue establecido en el patio un jard�n bot�nico, donde fueron plantadas 150 moreras, para la cr�a de gusanos de seda. Tuvo tambi�n el colegio un observatorio meteorol�gico, creado en 1887, que public�, aunque por breve tiempo, un Bolet�n mensual.
Desde la iniciaci�n de cursos, en 1859, hab�a quedado incorporada al plantel la Escuela de Jurisprudencia, que fue separada del Seminario donde funcionaba desde 1824. Tambi�n fue agregada la Escuela de Medicina, fundada por Jos� Eleuterio Gonz�lez en el mismo a�o de 1859. Ambas escuelas funcionaron all� durante casi veinte a�os, dando al colegio el car�cter de peque�a universidad. Por decreto del 12 de octubre de 1877, Leyes y Medicina fueron segregadas para funcionar por s� solas.
Hubo otra c�tedra importante, la de agrimensura, establecida en 1869 por el ingeniero Francisco L. Mier y dedicada a formar ingenieros top�grafos. Lamentablemente no prosper�. Mier continu� preparando al �nico alumno, Miguel E Mart�nez, hasta su recepci�n como ingeniero top�grafo e hidromensor.
