La gobernaci�n de Carvajal era vast�sima. Por el oriente la limitaban las costas del Golfo. Hacia el sur comprend�a los pueblos que hemos mencionado de Xalpa, Sich�, etc. Por el poniente llegaba hasta Mazapil y los linderos de la Nueva Galicia. Rumbo al norte la jurisdicci�n era indefinida. Hacia 1585 ten�a nombrados tenientes de gobernador para tres grandes zonas: en la de P�nuco a Felipe N��ez; al noreste a Gaspar Casta�o de Sosa; en el centro, de Santa Luc�a hasta la Laguna, a Diego de Montemayor.
En sus frecuentes ausencias, hacia 1584, hab�a dejado como su lugarteniente en la villa de San Luis a Luis de Carvajal el Mozo, su sobrino. A �ste le ten�a ofrecido nombrarlo sucesor suyo en el gobierno. Fue en esa �poca cuando el conde de la Coru�a abri� proceso contra don Luis, someti�ndole a averiguaciones porque invad�a jurisdicciones que no le pertenec�an. Desde dos a�os atr�s empezaron estas diferencias entre el virrey y el gobernador. Por medio de Pedro de Vega, procurador de la Real Audiencia, Carvajal pidi� amparo de lo que le pertenec�a y consigui� una real provisi�n a su favor fechada en M�xico el 18 de enero de 1582. Resentido el virrey se propuso a perderle. "El peje grande traga al chico", comenta el cronista. Don Luis ya no podr�a realizar su obra; y no s�lo le seria obstaculizada, sino que �l mismo tendr�a que ser aniquilado.
Hall�ndose en M�xico, hubo en la villa de San Luis serios problemas. Sublevados los indios por la muerte de uno de los suyos, se rebelaron, robaron y mataron los ganados, incendiaron las casas y los sembrados y dieron muerte a varios vecinos. La villa qued� despoblada. En la ciudad de Le�n y la villa de Cueva suced�an tambi�n cosas semejantes; adem�s de suscitarse escenas violentas, particularmente con Alberto del Canto y su gente quienes provocaban frecuentes encuentros. Diego de Montemayor, a quien Carvajal hab�a nombrado su teniente, resolvi� despoblar o desamparar, como se dec�a entonces. Concentr� entonces en la hacienda de San Francisco (Apodaca) a los escasos vecinos que quedaban y sali� con ellos a Saltillo, de donde muchos se dispersaron a otros lugares. Fue as� como qued� "todo el reino despoblado, habiendo costado tanto trabajo y vidas", se lee en la cr�nica.
Todo esto suced�a hacia 1587. Luis de Carvajal autorizado para hacerlo o burlando su prisi�n (ten�a la ciudad de M�xico por c�rcel) volvi� por ese tiempo al norte. En 1588 repobl� las abandonadas minas de Trinidad (Monclova) a las cuales llam� Nuevo Almad�n. De este a�o se conocen documentos importantes, tales como el nombramiento que otorg� a Diego de Montemayor como lugarteniente del gobernador de Coahuila (Monclova) con jurisdicci�n "desde los ojos de Santa Luc�a [... .] hasta las Parras y lo dem�s que hay hasta el r�o Grande y hasta la Laguna". En este nombramiento, fechado el 5 de abril, le ordena Carvajal repoblar la ciudad de Le�n "para el d�a de pascua de Navidad" y le faculta para la poblaci�n que quisiere hacer en las Parras".
