En M�xico, mientras tanto, se proced�a ya en contra suya. A la causa jurisdiccional en proceso, se agreg� la denuncia hecha al Santo Oficio por un "religioso que trujo de la Huasteca". Disgustado porque no le dio la administraci�n de los sacramentos en la ciudad de Le�n, acus� a Carvajal de haber encubierto a Isabel Rodr�guez de Andrada, su sobrina, quien dijo a Luis cuando �ste terminaba de leer un salmo: Gloria Patria, et Filio... , No diga eso que el hijo no ha venido".
Ordenada su aprehensi�n, �sta fue ejecutada por Alonso L�pez, enviado con gente hasta Almad�n. Al ser conducido a M�xico dej� como su teniente a Gaspar Casta�o de Sosa quien poco despu�s despobl� y, con todos los suyos, se fue a Nuevo M�xico. Denunciado, fue desterrado a China. Revocada la sentencia lleg� el fallo a M�xico junto con la noticia de la muerte de Casta�o, acaecida en un ataque de los chinos a las islas del Maluco. De su viaje a Nuevo M�xico dej� escrito un diario cuyo original se conserva en la Biblioteca P�blica de Nueva York, fechado en 1591.
Por cuanto a Luis de Carvajal, se "rastreo su genealog�a" y fue entregado a la Inquisici�n. Seguida su causa simult�nea a la de su hermana, sobrinos y otros parientes, �stos coincidieron en sus declaraciones en que era un cristiano �ntegro. Con todo, fue declarado "fautor y encubridor", y s�lo por sospecha, condenado a abjurar de vehementi. El 24 de febrero de 1590, en un auto p�blico celebrado en el interior de la catedral de M�xico, ley� la abjuraci�n con lo cual le fue levantada la excomuni�n mayor a que tambi�n hab�a sido condenado... Se le sentenci� tambi�n a "destierro de las Indias de Su Majestad por tiempo y espacio de seis a�os precisos". Dos d�as despu�s fue devuelto a la c�rcel de la corte. La sentencia de destierro no fue cumplida. Carvajal, en la prisi�n, muri� "de pesadumbre", dice el cronista.
