La real c�dula de 1672 acab�, aunque te�ricamente, con las encomiendas en Nuevo Le�n. Su majestad las demoli�, se dec�a entonces, y dispuso, en cambio, la congregaci�n de indios en pueblos. Esta orden hizo que al finalizar el siglo XVII fuese acu�ada aqu� la denominaci�n de congrega.
Eugenio del Hoyo trata de establecer diferencias, considerando que "la distinci�n entre congrega y encomienda es muy importante". Desde el punto de vista jur�dico, dice, constituyen dos instituciones diferenciales que no pueden ni deben confundirse. Aunque dos l�neas m�s adelante de esta aseveraci�n asienta:
El paso de las encomiendas s�lo fue un simple cambio de palabras: al encomendero se le llam� capit�n protector y a las encomiendas congregas o congregaciones, pero de hecho nada, absolutamente nada, cambi�.
La corrupci�n y el relajamiento hab�an afectado a no pocos misioneros. El obispo de Guadalajara don Diego Camacho y �vila, en su visita pastoral de 1712, recab� en Monterrey una informaci�n sobre el estado de las misiones en el Nuevo Reino que ten�an una marcada animadversi�n del prelado hacia los franciscanos, la que culmin� con la secularizaci�n de las misiones. Ello podr�a desvirtuar lo expuesto en esta informaci�n.
Uno de los testigos, el licenciado Francisco de la Calancha, dijo que
los frailes s�lo asisten a las misiones para que a los indios les alquilen y quitarles los jornales que ganan por su trabajo. Fray Diego de Evia asever� no asiste a su misi�n [de Gualeguas]; fray Menchaca m�s asiste a los ranchos de los pastores que a su misi�n y fray Ventura Se�as anda divirti�ndose en paseos. Las misiones agreg� no han tenido ni tienen indios sujetos a son de campana, porque todos est�n en poder de los due�os de haciendas, distantes de la misi�n, que se sirven de ellos en tiempo de cosechas sin m�s salario que un corto mantenimiento [...] los visten con un cot�n de sayal y calzones de pa�o burdo, y para trabajar les traen forzados y amarrados a las haciendas [...].
El testigo Juan Esteban de Ballesteros dijo que los indios de la doctrina de Monterrey "los tienen los vecinos en sus casas; o los labradores con t�tulo de protectores o nombres de tales con que han disfrazado los gobernadores los de encomenderos, que mand� S. M. consumir o demoler".
El capit�n Joaqu�n de Escamilla dijo que eran pocos los frailes que ense�aban y no en las iglesias y que "no saben el estado que tienen estos indios por estar retirados en dichas haciendas y s�lo saben de ellos cuando necesitan bautizarlos o casarlos. Los m�s de estos indios agreg� no saben la doctrina cristiana, ni aun lo necesario para salvarse [...]".
Si la real c�dula de 1672 propon�a como soluci�n congregarlos en pueblos y repartirles las tierras, Manuel de Mendoza suger�a algo m�s eficaz a�n: "La congregaci�n en pueblos, pero en sus naturalezas"; esto es, sin sacarlos de su h�bitat.